Солнечный ветер's Journal
 
[Most Recent Entries] [Calendar View]

Tuesday, September 28th, 2021

    Time Event
    1:36p
    От выполненного проекта syn3.0 - к проекту минимышь, от минимыши - к оптимизации генома человека
    Генофонд человечества, это огромная свалка фрагментов ДНК-кода, который хаотически пишется 4-буквеннным алфавитом. И эта процедура накопления мусора идет более двух миллиардов лет с эры докембрия, когда возникли первые многоклеточные – наши прямые предки.
    Естественный отбор лишь отбраковывает такие комбинации фраз, которые оказались совсем неудачными. Как турнирная таблица Паралимписких игр. В соревновании кто-то вылетает, но выигравший не перестает быть инвалидом. Так вот: генофонд человечества - свалка. Геном человека состоит из трех миллиардов букв. Эти буквы местами образуют более-менее понятные фразы примерно по 3000 букв: гены. У человека где-то 20 тысяч генов, это 60 миллионов букв.
    60 миллионов из трех миллиардов. Примерно 2 процента генома - это понятные фразы, кодирующие разные РНК и протеины для жизни. Геном человека – zip-архив, в котором 2 процента это сжатая картинка человека, а 98 процентов это мусор, смесь из бессмысленного балласта и всякой вредной дряни вроде вирусов, червей, и троянов.
    (Букет для улитки. Решето джамблей - 2 )


    Проект syn3.0 (минимальный жизнеобеспечивающий бактериальны геном)* завершен в 2016 году*

    Условно-минимальный жизнеобеспечивающий геном JCVI-syn3.0 был получен путем урезания и так очень экономичного прототипа (генома бактерии-микоплазмы, содержащего около 600 тысяч "букв") - примерно на 10% (473 гена против 525 в прототипе - по данным nkj)
    Любопытно, что работа велась "методом тыка" - т.е. всю ДНК бактерии-прототипа разбили на несколько сегментов, и начали их комбинировать между собой, в каждом случае экспериментально выясняя, жизнеспособен ли получающийся организм.
    По сути, команда исследователей перенесла в генную инженерию - методологию реверс-инженерии (reverse engineering, обратное проектирование), широко применявшуюся в 1940-х - 1980-х в советском, в 1970-х - 2000-х в китайском, а в 1990-х - 2010-х - в северокорейском промышленном пиратстве.

    Реверс-инженерия это исследование готового устройства, полученного без документации - с целью понять принцип его работы в достаточной мере, чтобы затем воспроизводить и модифицировать такое устройство и проектировать его аналоги.
    Ключевые слова: "понять в достаточной мере". В случае биоинженерии нам необязательно знать все о механизме функционирования генома. Нас не должно пугать, например, открытие, сделанное в проекте syn3.0 - что в геноме прототипа
    содержатся 149 условных генов, функции которых не удалось выяснить, однако стало известно, что они почему-то необходимы (практически в неизменном составе) как биохимически-самостоятельным бактериям, так и у высшим организмам. Когда-нибудь мы узнаем, как работают эти 149 условных генов - но пока достаточно знания о том, что их следует включать в создаваемые синтетические геномы.

    Здравый смысл подсказывает, что такой метод реверс-биоинженерии следует перенести далее на геномы более высокоорганизованных существ. Эти геномы значительно более замусорены - поскольку возникли намного позже чем геномы бактерий (как уже отмечалось выше - в среднем мусора тем больше, чем больше было случайных эволюционных блужданий, приведших к данному биологическому виду).
    - У бактерий, появившихся более 2 миллиардов лет назад, генетического мусора минимальное количество, и эффективность кода около 1000 "букв" на 1 ген. Это, видимо, близко к предельной эффективности.
    - У высших насекомых, появившихся в позднем палеозое 250 миллионов лет назад, геномы составлены из примерно 200 миллионов "букв" при 10 тысячах генов. Если даже считать, что сами гены стали сложнее и требуют в среднем 3000 "букв", то получается, что содержательная часть генома - 30 миллионов букв, а 170 миллионов "букв" (85%) это слепой эволюционный мусор
    - у лягушек, появившихся примерно тогда же, когда и высшие насекомые - но более запутанным эволюционным путем геномы составлены из примерно 1.7 миллиардов "букв" при 20 тысячах генов (доля эволюционного мусора - 96.5%). Впрочем, это относится к лягушкам, у которых диплоидный набор хромосом (как у млекопитающих), а у большинства лягушек тетраплоидный набор хромосом, что дает им ряд очень серьезных биологических преимуществ, о чем в другой раз.
    - у человека, появившегося примерно миллион лет назад, примерно 3 миллиарда "букв" при тех же примерно 20 тысячах генов (доля эволюционного мусора - 98%)
    Впрочем, это касается всех высших млекопитающих (в геноме мыши ненамного меньше "букв", он на 80% просто совпадает с человеческим, а принципиальные различия составляют порядка 1%).

    Можно спорить, являются ли насекомые столь же высокоорганизованными, как приматы (включая людей), но в отношении лягушек такого спора нет**.
    Так что исследования по уборке генетического мусора вполне можно вести начиная с лягушек, затем заняться мышами, а затем (установив минимально рабочий мышиный геном - этакую минимышь) перейти к оптимизации генома человеком.
    Разумеется, это не значит, что надо стремиться к минимизации генома. Возможно, освободив геном от мусора, имеет смысл далее увеличить его, достроив генами и фрагментами, или дополнительными копиями, расширяющими биологический возможности человека.
    О преимуществах тетраплоидного набора у лягушек уже упомянуто выше.
    Еще один пример - геном аксолотля***, 32 миллиарда "букв", на порядок больше, чем у человека. При этом аксолотли способны регенерировать разрушенные лапы, глаза, участки мозга, и т.п., в общем - почти любые части тела, кроме тех, утрата которых быстро приводит к гибели организма.
    И последний пример (ближе к человеку). В 2011-м расшифрован геном голого землекопа, близкого родственника обыкновенной мыши, но с продолжительностью жизни на порядок больше (30 лет против 2 - 3 лет), и еще несколькими свойствами, которые здорово пригодились бы людям****

    ...Такие дела...
    -------------------------
    *) О проекте syn3.0
    26 марта 2016 Создан синтетический организм с минимальным набором генов
    https://nkj.ru/news/28446/
    https://en.wikipedia.org/wiki/Mycoplasma_laboratorium#JCVI-syn3.0
    https://ru.wikipedia.org/wiki/Mycoplasma_laboratorium
    https://ru.wikipedia.org/wiki/Искусственный_геном#Минимальный_геном
    **) 30.04.2010 Ученые обнаружили, что структура генома тропической лягушки во многом аналогична структуре человеческого генома. Это раскрывает детали эволюции позвоночных и позволяет использовать лягушек в качестве модельных животных для изучения болезней человека.
    https://ria.ru/20100430/228554070.html
    ***) 29.01.2018 ГЕНОМ АКСОЛОТЛЯ ПОМОГ РАЗОБРАТЬСЯ В ЕГО СПОСОБНОСТИ К РЕГЕНЕРАЦИИ
    https://scientificrussia.ru/articles/genom-aksolotlya-pomog-razobratsya-v-ego-sposobnosti-k-regeneratsii
    ****) Марс будет принадлежать голым землекопам?
    https://alex-rozoff.livejournal.com/66743.html
    9:31p
    О ножницах Афраниуса: срабатывание Пи-прогноза последствий глобальной власти амбициозных идиотов
    Формулировка "ножниц Афраниуса" https://alex-rozoff.livejournal.com/430727.html
    "Не следует приписывать мировому заговору рациональные мотивы и последовательные планы, поскольку его цели и сценарий взяты из шизоидных доктрин, и выплескиваются в социальную практику по невнятному заказу слабоумных лидеров, методами и средствами заведомо безмозглой бюрократической структуры"
    была придумана 14 июля 2021 под влиянием двух концепций:
    1) Бритва Хэнлона https://alex-rozoff.livejournal.com/247057.html
    2) ЦРУ как мифологема https://author.today/work/138513
    22 июля 2021 тут https://author.today/post/185590 Кирилл Еськов (автор "ЦРУ как мифологемы") высказался по поводу формулировки ножниц Афраниуса в том смысле, что нет в них ничего удивительного. И правда - нет. Все в стиле капитана Очевидность
    Пи-прогноз от 8 февраля 2019 https://alex-rozoff.livejournal.com/85436.html тоже был в стиле капитана Очевидность.

    В общем-то даже безобразное шоу "covid-19" не изменило ситуацию в принципе, хотя добавило остроты в блюдо. Для Пи-сценария хватило бы и предыдущего идиотизма ("зеленый поворот", доктрина "устойчивого развития"/"пределов роста", приоритет "цифрового" над реальным, и финансовый эффект Рэя Далио). На пороге IV квартала 2021 мы наблюдаем феерическую картину обвала основы реальной экономики - ее энергетического фундамента.
    23 сентября 2021 Газовый кризис в Европе. Кто виноват: ковид, погода или "Газпром"? За 100 дней до Рождества дефицит газа грозит Европе ростом цен и перебоями с продовольствием. В некоторых странах уже не хватает удобрений, нечем оглушать свиней на скотобойнях, охлаждать ядерные станции и газировать пиво и лимонад. Растут счета за свет и газ, а с ними и недовольство избирателей. В среду министры энергетики стран ЕС обсудили ситуацию и ничего не решили, но еврокомиссар Кадри Симсон пообещала, что Еврокомиссия в ближайшие недели разработает общие рекомендации: как облегчить кризис для 450 млн жителей 27 стран крупнейшего политического союза на планете.
    https://www.bbc.com/russian/features-58585717
    27 сентября 2021 В Китае масштабные отключения электричества. Людей просят не включать микроволновки и бойлеры

    Проблемы с электричеством в Китае начались еще летом. В июле власти начали плановые отключения в Пекине и Сиане. Агентство Блумберг со ссылкой на китайскую электросетевую корпорацию тогда сообщало, что перебои возможны в 11 провинциях на востоке и в центре страны - потребление в этих провинциях выросло до рекордных значений. Тогда аналитики связывали это с жаркой летней погодой.
    Теперь, с приближением зимы, на севере страны начинает холодать. Министерство энергетики Китая распорядилось, чтобы поставщики угля и газа готовились к зимнему скачку потребления. Во вторник инвестиционный банк Goldman Sachs снизил прогноз по экономическому росту Китая. Теперь он ожидает роста на 7,2% вместо 8,2%. Ранее свои прогнозы также снизили Morgan Stanley, China International Capital Corporation и японский финансовый гигант Nomura. По оценке Goldman Sachs, перебои с электричеством коснулись 44% промышленной деятельности Китая. Еще один фактор, который в этом году замедлит экономический рост по мнению банкиров, - кризис с гигантской строительной компанией Evergrande, задерживающей платежи по своим гигантским долгам.
    https://www.bbc.com/russian/news-58685232
    27 сентября 2021 Дефицит электроники усугубится из-за плановых отключений электроэнергии в Китае
    https://3dnews.ru/1049934/defitsit-elektroniki-usugubitsya-izza-planovih-otklyucheniy-elektroenergii-v-kitae
    27 сентября 2021 Эксперты заявили о дефиците электроэнергии в Китае на фоне «зеленого перехода»
    В ключевых экономически развитых провинциях Китая наблюдается острая нехватка электроэнергии и закрываются энергоемкие предприятия. Это происходит из-за скачков цен на электричество, а также из-за того, что власти страны директивно снижают выбросы углекислого газа в рамках «зеленого перехода». Об этом сообщает Bloomberg со ссылкой на доклад японского финансового холдинга Nomura Holding.
    Как выяснили эксперты, в целом почти половина провинций КНР страдает от недостатка энергии. Больше всех ощутили этот принудительный дефицит три ключевых для страны региона — Цзянсу, Чжэцзян и Гуандун. На них приходится до трети ВВП Китая. По данным Nomura Holding, власти провинции Гуандун призывают жителей полагаться на естественное освещение, а также ограничивать использование кондиционеров после отключения электричества на некоторых заводах.
    Yunnan Aluminium, крупный китайский производитель алюминия, сократил производство металла под давлением Пекина, требующего уменьшения выбросов. В Цзянсу, провинции близ Шанхая, закрыты сталелитейные заводы, в ряде городов провинции временно отключено уличное освещение. В Чжэцзяне было закрыто около 160 энергоемких компаний, включая текстильные фабрики. В провинции Ляонин на границе с КНДР 14 городов приняли решение об аварийном отключении электроэнергии.
    Приостанавливали производство и поставщики комплектующих для Apple и Tesla на некоторых своих предприятиях в КНР, это подтверждает также и агентство Reuters. О временной остановке работы на своих предприятиях в Китае объявили производитель электронных компонентов для Apple Foxcon и поставляющая американской корпорации компоненты для наушников Concraft Holding. Сотрудничающая с Apple Unimicron Technology объявила об остановке производства на своих трех дочерних предприятиях в Китае с 26 сентября до 30 сентября. Наконец, китайские власти ограничивают энергопотребление и в пищевой промышленности. Так, в городе Тяньцзинь были временно отключены от питания дробилки сои, которые перерабатывают урожай в пищевые масла и корм для животных.
    Снижение энергопотребления, по данным Nomura Holding и источников Reuters, обусловлено растущим спросом на электроэнергию и резкими скачками цен на уголь и газ, а также жесткими целями Пекина по сокращению выбросов, так называемой программой «чистого неба» сроком на 2022 г. — летнюю Олимпиаду в Пекине.
    https://www.vedomosti.ru/society/news/2021/09/27/888467-eksperti-zayavili-o-defitsite-elektroenergii-v-kitae
    28 сентября 2021 В Китае — массовое отключение электроэнергии. Люди запасаются питьевой водой и переходят на сокращенную рабочую неделю
    https://hromadske.ua/ru/posts/v-kitae-massovoe-otklyuchenie-elektroenergii-lyudi-zapasayutsya-pitevoj-vodoj-i-perehodyat-na-sokrashennuyu-rabochuyu-nedelyu
    28 сентября 2021 Топливный кризис в Британии. На заправках по-прежнему очереди, армия готовится помогать
    В Великобритании четвертый день подряд продолжается масштабный топливный кризис. На заправочных станциях выстроились огромные очереди людей, которые пытаются наполнить свои баки, опасаясь нехватки бензина и дизельного топлива. Правительство страны заявило, что в случае необходимости для перевозки горючего могут быть задействованы военнослужащие.
    Ажиотажный спрос возник на фоне сообщений о нехватке водителей цистерн, развозящих топливо по АЗС - при том, что, по заверениям властей, на нефтеперерабатывающих заводах его предостаточно. В результате на некоторых заправочных станциях закончились запасы, а улицы во многих районах страны оказались заблокированы длинными пробками из водителей, пытающихся купить топливо.
    Британские власти утверждают, что виной нынешнему кризису стали действия граждан, массово скупающих топливо "на всякий случай". Однако они не отрицают реальность проблемы недостатка рабочей силы: по оценкам, в стране не хватает более 100 тыс. водителей грузовиков, что создает проблемы для ряда отраслей, включая поставщиков топлива, продуктов питания и супермаркеты.
    https://www.bbc.com/russian/news-58721489
    28 сентября 2021 Стоимость нефти Brent достигла трехлетнего максимума, цены на газ бьют рекорды. Почему?
    В июле страны-члены ОПЕК+ согласились увеличить свою добычу, чтобы снизить цену на нефть и ослабить давление на мировую экономику. В прошлом году ОПЕК и партнеры сократили добычу на рекордные 10 млн баррелей в сутки на фоне спада спроса и цен, вызванных пандемией. По прогнозу организации, в 2022 году спрос на нефть достигнет 100,8 млрд баррелей в сутки - это больше, чем до пандемии.
    Однако многие участники рынка опасаются, что ОПЕК+ все же не сможет оперативно увеличить добычу в ответ на повышенный спрос.
    "Ряд членов альянса уже сейчас испытывает затруднения с восстановлением производства. Африканские экспортирующие страны Нигерия и Ангола в этом году добывают в среднем на 276 тысяч баррелей в сутки меньше, чем им позволяет их средняя совокупная квота в 2,83 млн", - отмечает эксперт по фондовому рынку "БКС Мир инвестиций" Игорь Галактионов в комментарии по рынку.
    О временных перебоях с поставками пишет и ОПЕК: в Северной Америке, например, на добычу нефти повлиял ураган "Ида", который поразил юго-восточную часть США в августе и сентябре этого года, а также пожар на трубопроводе в Мексиканском заливе в июле. Падает добыча и Северном море.
    Цены на энергоносители растут также на фоне опасений участников рынка, что зимой потребители могут столкнуться с дефицитом топлива, говорит старший директор группы по природным ресурсам и сырьевым товарам международного рейтингового агентства Fitch Дмитрий Маринченко.
    https://www.bbc.com/russian/news-58721757
    28.09.2021 Цена одной тысячи кубометров газа на рынке Европы впервые в истории превысила порог в тысячу долларов США (около 855 евро). Стоимость октябрьского фьючерса на хабе TTF в Нидерландах во вторник, 28 сентября, вплотную приблизилась к отметке в 1030 долларов. Из-за дефицита газа в Европе биржевые цены на энергоносители в последние недели выросли более чем на 250 процентов. Увеличилась и стоимость электроэнергии, так как она связана с ценой на газ.
    https://p.dw.com/p/40yLr

    ...Такие дела...

    << Previous Day 2021/09/28
    [Calendar]
    Next Day >>

Солнечный ветер   About LJ.Rossia.org