Квадратно-гнездовое мышление разработчиков Виндовса понемногу проникает на сторону *nix.
У Ubuntu может появиться упрощенный формат пакетов с установщиком - Click packages
На текущий момент система представляет собой следующее:

* отсутствие зависимостей у пакетов; присутствует лишь одна неявная зависимость от базовой системы,
* каждый пакет устанавливается в отдельную директорию,
* формат пакетов стандартизирован: сторонние скрипты запрещены
и так далее.