pam_pkcs11
Вынужден признать, что поддержка сертификатных токенов для логина в линуксе трагически омерзительна.
Как минимум, в Fedora 18.
Плюнул и выкинул.

Всего-то хотелось -- вставил-разлочилось, вынул-залочилось. Нет, спляши с бубном и напильниками.
opensc, если кому интересны детали.