Resolved: Как подмонтировать телефон по MTP ?
Проблема явно не в телефоне. Nautilus нормально видит там Internal storage, и успешно там всё читает, копирует файлы туда и оттуда, удаляет, переименовывает..
А вот jmtpfs, которым я раньше тоже нормально монтировал этот телефон, чтоб можно было делать это всё из командной строки или mc, почему-то перестал работать:
$ jmtpfs phone/
Unable to open ~/.mtpz-data for reading, MTPZ disabled.
Device 0 (VID=12d1 and PID=107e) is UNKNOWN.
Please report this VID/PID and the device model to the libmtp development team
ignoring libusb_claim_interface() = -6PTP_ERROR_IO: failed to open session, trying again after resetting USB interface
LIBMTP libusb: Attempt to reset device
Android device detected, assigning default bug flags

После этого resetting'а и наутилус не может ничего прочитать:
Sorry, could not display all the contents of “Internal storage”:
libmtp error: could not get object handles.

После этого приходится в телефоне отключить файловый режим, потом включить обратно, и тогда наутилус опять нормально работает, а jmtpfs нет.
Как бы этот MTP смонтировать?

Upd: проблему удалось разрешить очень странными способами...
В Debian8 попробовал запустить jmtpfs несколько раз от рута, а не от простого юзера. Сначала вылезала та же самая ошибка, а потом всё же смонтировалось. Ещё несколько раз повыключал/повключал MTP в самом телефоне, повытыкал/повтыкал USB-кабель, но монтирование продолжало работать. А потом и от простого юзера тоже стало успешно работать. Хотя после запуска jmtpfs наутилус уже ничего не видит. Не понимаю, что там сегодня поменялось.. Систему точно не обновлял.

В Debian9 попробовал то же самое, но не сработало. Тогда разлогинился из X11, зашёл в текстовый терминал, а там jmtpfs таки сработал.
Потом залогинился обратно в иксы, а в тамошнем терминале при попытке ls phone/ вылезла ошибка вводе-вывода. И в текстовом терминале тоже.
Короче, оказалось, что там доступ возможен только от одного клиента - либо через jmtpfs, либо в оконном менеджере. Причём оконный менеджер подцепляет MTP по умолчанию, запуск наутилуса на это не влияет, он просто позволяет посмотреть в уже подмонтированный телефон. Но jmtpfs уже не работает.
А вот если его телефон после подключения к компьютеру сначала отмонтировать в оконном менеджере тем же наутилусом - в смысле, не eject, а просто umount, то после этого можно его подмонтировать jmtpfs'ом.