Вот странное дело, в начале статьи автор объясняет, что он имеет в виду под наукой религией: объект науки "процессы, происходящие в физическом мире", способ отношения к объекту "эмпирические исследования", объект религии "трансцендентная действительность в плане цели и значения в мире", способ отношения к объекту "система верований". Так что и объекты совершенно разные и отношения к объектам разные. Ведь "трансцендентная действительность" это совсем не "физический мир", а "система верований" никаким образом не "эмпирические исследования".

Казалось бы, из такого определения может следовать только вариант, который автор называет "Модель непересекающихся магистерий".

Тем не менее, он склоняется к четвёртому варианту "Модель дополнительности", хотя сам же пишет "эта модель утверждает, что наука и религия обращаются к одной действительности". Но ведь в его собственном определении ясно сказано, что к разным? Мало того, и обращаются-то по-разному.

Что же он, к концу статьи забыл, что писал в начале? :)

Не думаю, что здесь обязательно стоит усматривать противоречие. Конечно "трансцендентная действительность" и "физический мир" - это разные вещи, вопрос в том, как они соотносятся? Для сторонников модели конфликта наши знания о физическом мире (скорее всего) исключают возможность существования чего-то трансцендентного (эта гипотеза считается избыточной); для сторонников модели синтеза - это две стороны одной реальности, которые можно исследовать сходными методами; для сторонников модели дополнительности - две различные, но взаимосвязанные области; для модели NOMA - то, что Вы сказали.

"для сторонников модели дополнительности - две различные, но взаимосвязанные области"
Если исходить из определений, данных самим автором в начале статьи, эти области совершенно никак не взаимосвязаны. Вот о чём речь. Не о том, что думают сторонники различных моделей, а о том, что следует и что не следует из определений автора.

По-моему, начальные определения автора говорят только о том, что это разные области. Но это не значит, что между ними обязательно нет никаких взаимосвязей.