Бывает и такое.

Например, до придумывания и регистрации нейтрино, квантовая теория противоречила либо себе, либо закону сохранения энергии.

До синтеза с генетикой и осознания дискретной природы наследственности, теория Дарвина противоречила своим же представлениям о наследственности как среднем значении между параметрами предков, это называлось "кошмар Дженкинса".