Пинхас не мог владеть знаниями в области бактериологии. А без таких знаний фанатичное стремление к дисциплине во время эпидемии вполне выглядит самодурством.

Мы четко знаем почему он убил. И он поступил правильно не смотря на то, что формально нарушил существовавшие в тот момент законы.

У евреев немного другое понятие о том, что такое чудо. То, что этот мир существует во всем его многообразии и сложности - вполне чудо вне зависимости от того что тебе раскажут професора в университете.
Пинхас не мог знать что такое бактерии. Но он знал, что Б-г приказал поступать определенным образом. И он был полон решимости исполнить приказ. Но тут он встречает человека, который ДЕМОНСТРАТИВНО нарушает предписания. Такое поведение хоть и подсудно, но не карается смертью. И Пинхас не имел права его убить. Но у него было этической чувство, котороев этих обстоятельствах вошло в противоречие с законом, запрещающим убивать. Он поступил по совести и оказался в высшей степени прав. Более прав, чем законы Торы, данные евреям к тому моменту.