Насколько я понимаю ситуацию, спецхран вполне имел свой штамп. Лично видеть не доводилось, но краткий поиск в Сети привел в том числе и к изображению штампа спецхрана, судя по дальнейшему тексту, АН СССР. Вообще вся статья весьма по делу, вполне рекомендую.
С другой стороны, в библиотеках работают люди, и им свойственно ошибаться, а иногда просто пренебрегать своими должностными обязанностями - что, по всей видимости, и могло произойти в данном случае.
Скорее всего, этот конкретный экземпляр в спецхране не был. Что совершенно, впрочем, не означает того, что сама книга "в списках не значилась". Пропустили.
Возможно, оно и к лучшему: по крайней мере, про спецхран историко-архивного мне говорили, что условия для сохранения литературы там отсутствовали напрочь, и попавшие в спецхран издания элементарно сгнивали.