Graphviz умеет отрисовывать подграфы, но не умеет их соединять стрелочками. Вместо этого есть какие-то костыли.
* Вот же ебанизм.
А, это dot не умеет. Умеет fdp вроде.
* Но fdp не умеет стрелочки. Надо подыскивать альтернативный рендерер графов (сразу интерактивный).