Чепрачный тапир – скрытное ночное животное, которое предпочитает держаться в густых дождевых лесах. Известны сезонные миграции – во время сухого сезона тапиры встречаются в низинах, в то время как во время сезона дождей – в гористых местностях. Так, на Суматре тапиров наблюдали в горах на высотах до 1500-1200 м над уровнем моря (Ngampongsai, Santiapilli & Ramono 1989). Другие миграции связаны с лесными пожарами и ухудшающимися кормовыми условиями; в Таиланде тапиры в сухой сезон переселяются из листопадных в вечнозелёные леса.[7] В условиях освоения первозданных лесов тапиры всё чаще стали встречаться на вырубках, опушках и на плантациях. Тапиров обнаруживали даже неподалёку от таких крупных городов Малайзии, как Серембан и Куантан
Кормятся в основном после заката и перед рассветом, иногда выходя на открытые места и на поля. Тапиры – нежвачные травоядные животные. Питаются главным образом молодой листвой (86.5% рациона) и побегами, реже травой, плодами, мхами, в целом употребляя в пищу порядка 115 видов растений. Определённых кормовых мест не имеют. Во время бодрствования тапир передвигается по лесу, опустив хобот к земле; часто идёт зигзагами. Прокладывают в лесу хорошо заметные тропы, которые метят, разбрызгивая мочу.
Тапиры – преимущественно одиночные животные; при встрече с сородичами ведут себя агрессивно. Ранее считалось, что тапиры образуются пары только на время спаривания. Однако независимые наблюдения на Суматре, в Белизе, Коста-Рике, Эквадоре и Бразилии выявили, что взрослые тапиры всех четырёх видов зачастую встречаются парами (Todd & Matola 1998).[8] При встрече с людьми пытаются скрыться, однако при необходимости яростно защищаются. Между собой общаются посредством пронзительных криков и своеобразных свистов.
Чепрачные тапиры любят прохладу и всегда живут поблизости от воды, в сырых болотистых лесах с ручьями и стоячими водоёмами. Проложенные ими тропы часто выходят к водопоям. Прекрасно плавают и ныряют, жаркие дни предпочитают проводить в воде; могут, полностью погрузившись, ходить по дну водоёма.
При опасности тапиры довольно быстро бегают; способны взбираться на крутые склоны холмов и гор. Из-за крупных размеров единственными их хищниками в природе являются тигры.