оно отличалось отсутствием стандартизации и, соответственно, дикой несовместимостью версий

Ну, обратная совместимость поддерживается — декларируйте используемую версию формата, и все дела (иначе не было бы смысла развивать ту же Мутопию). А так… ну, мне с 2.0 на 2.11 пришлось довольно серьёзно переучиваться, да. Сохранится ли такая ситуация дальше, не знаю.

MusiXTeX произвёл менее удручающее впечатление

MusiXTeX и ABC довольно игрушечные, увы. Ну, т.е., конечно, я ни на то, ни на другое давно не смотрел, но последний раз, когда я этим вопросом интересовался, это было именно так.

А теперь найдите там Берга или Шёнберга :-)

На мутопии их нет, да. Копирайт, чтоб его, как и сказано в обсуждаемом посте. Набрать произведение Шёнберга или Веберна в LilyPond технической проблемы не составляет.