SuSE — невменяемое говно, и apt для неё не родной, кстати.

apt поверх rpm корректно (включая сюда грамотно организованный репозитарий) реализован в Alt Linux, другие крупные дистрибутивы с такой связкой мне не попадались.

В yum мне очень не понравились тормоза (apt существенно быстрее), неудобный поиск (у apt при задании нескольких ключевых слов выдаётся пересечение списков найденного по каждому слову, у yum — объединение) и патологическое стремление на ровном месте организовывать конфликты зависимостей (давеча сыграл на машине под федорой в увлекательную игру "подбери тот набор репозитариев, при котором и только при котором поставится пакет"; очень раздражает).

Впрочем, и то, что он есть — уже немало. Собственно, кажется, кроме него и emerge/equery, ничего сопоставимого сейчас не существует вообще (portupgrade не предлагать).