По идее, там вся функция набивает строку $newdata (изначально пустая) из $data (её передали в функцию), пропуская $data через парсер, а потом меняет $data на новое. Почему они делают это по ссылке, вместо того, чтобы вернуть $newdata return-ом - не знаю, может их волновал вопрос производительности, а может иначе там никак.

Если воткнуть этот регэксп в самое начало (где see_request\.bml), то парсер получит уже очищенные данные, если в конце (где 1 while $newdata =~) - данные очистятся перед обратным присваиванием, так что, наверное, разницы не будет. По идее этот регэксп не должен влиять на тэги никоим образом. По-хорошему, конечно, это всё вживую проверять надо, там уж больно страшный код. Я смог протестировать только на текстовом файле.