потому и добавил последнее предложение (вряд ли это то, чего ты хочешь): _если бы он работал в utf8_ (т.е. системная локаль была бы такая на локальном компе), luit бы тебя спас (гипотетически): xterm корректно хватал бы utf-выход с emacs, пересылал бы utf на удаленный комп, а там luit отображал бы его в koi.

а, вот что интересно сделать:
скопировать из буфера emacs'а какую-нибудь русскую строчку (делая разные set-clipboard-coding-system - koi8 и utf8)
и набрать

xclip -o > clip.txt
а потом посмотреть, что лежит в clip.txt - так мы увидим, что emacs кладет в буфер.

xclip умеет и наоборот отправлять текст в буфер обмена; с помощью него можно посмотреть, кто где обламывается и глючит (emacs и/или xterm).

судя по тому, что ты говоришь - emacs; но все равно интересно, как именно он лажает.