Да, работает не очень.

Опытным путём получилось в похожих настройках (только что емакс с gtk3) получить рабочий копипаст во все стороны в xterm только при указании ttf-шрифта и -lc (xterm -fn 7x13 -fa "Liberation Mono:size=10:antialias=false" -lc), иначе будет ###.

В aterm ничего приличного не получается, а вот rxvt заработал сразу и без настроек (rxvt-unicode 9.22). Авторы aterm, к слову, пишут что "aterm is deprecated and in a maintenance mode only; there will be no further updates. Use rxvt-unicode instead". Наверное это был бы лучший вариант, терминал там сам по себе вполне неплохой.

Если же лазить по различным внутренностям емакса, то что-то одно перестаёт работать.