вариант USE="-libnotify -consolekit -gtk3 -systemd -cups -dbus -gpm -avahi -gnome -tls-heartbeat"

но еще нужно создать /etc/portage/package.mask/shit с таким вот содержанием,
sys-apps/systemd
sys-fs/udev
media-video/libav
gnome-base/gconf
>=app-crypt/gnupg-2.0.22
app-accessibility/at-spi2-atk
app-accessibility/at-spi2-core
sys-apps/dbus
sys-auth/consolekit
sys-auth/polkit
gnome-extra/polkit-gnome
dev-util/gdbus-codegen
gnome-base/dconf
>=x11-libs/gtk+-3.0.0

use flags только работают когда есть выбор, а package.mask вообще нафиг предотвращают установку всего этого