Разумные возражения c-ts / j-y, спасибо! Впрочем в английском самом тоже есть проблема в слове типа Beethoven.

Апостроф как разделитель (неразличение ь и ъ) кажется реферанс советской реформе, так писали до войны, но один знак для палатализации и для глоттал стоп неудобны _изучающим_ язык. Носители взаимозаменяют эти знаки на письме: пишут "обезъяна" и "предьявить". Как и е/ё - обьяснить где надо читать ё неносителю и почему фамилия ученого Flyorov дала химэлемент Flerovium это пясдетс.

В самом русском факт, что ь это бывшая гласная, вызвал интересную орфографическую шизофрению - постпозитивное указание палатализации. Логично же наоборот, указывать что следующая буква смягчена до этой буквы, а не после: обеьзяна. В испанском для этого тильду имеют хотя бы. У сербов лигатурные буквы.

>Осмысленного применения w я пока не придумал, хотя есть предложения применять его вместо ш или щ,но выглядит это совершенно безумно.

В интернете в чатах компьютерных игр использовали w как щ, потому что в английском это малоудобный триграф sch, а в немецком это уже занято для "ш" (Чувашия как Tschuwaschien) и используется зубодробительный квадриграф shch.

>Икс можно применять как х,но не факт, что это разумно

Это разумно: в МФА густое "русское" х, именно иксом и обозначается. Звука h в нормативном русском нет.