А почему rsync, а не incremental backup с использованием tar? У меня была подобная ситуация, бэкапил два компа, скрипт гонялся на одном из них, диски с другого монтировались по сети (mount -t nfs или нечто вроде), а потом зазипованный тар отсылслся через smbclient на компутер со съемным жестким диском, который гонял винду. Разумеется, самое слабое место был этот самый самба-клиент, плюс под ext2 файл больше 2 ГБ не создашь, но, насколько я понимаю, у тебя таких проблем нет.