как выяснилось, просто написать программу для линуха, которая хочет от жизни чуть побольше, чем libc.so, и при этом легко ставится на любой (хотя бы из не очень старых и не очень экзотических) дистрибутивов линуха достаточно нетривиально.

Речь о закрытом или открытом продукте?

Если о закрытом, то это не проблема платформы. Это проблема менеджмента, который выбрал бизнес-модель, плохо совместимую с данной конкретной платформой. iPod нельзя увидеть как стандартный съёмный USB-носитель, но никто не обвиняет в этом кривизну USB.

Если об открытом, то, по-моему, проблемы (если мы не пишем дистроспецифичную конфигурационную утилиту) не наблюдается. Если использовать хорошо написанные библиотеки типа Qt и правильные утилиты управления сборкой (хотя бы automake/autoconf), то точно всё хорошо.