Ну и компьютер мне вчера попался...
Всю эпопею борьбы за его живучесть пересказывать долго, скажу только, что там было и продалбливание отверстий для крепления вентиляторов перфоратором, и перепаивание вздувшихся конденсаторов газовой горелкой, и сканирование HDD на предмет трудночитаемых блоков (а фигли ж делать, если компьютер подвисает не только под рабочей виндой, но и под Live-CD? Вот только HDD оказался не виноват). В результате чистки старая Windows блестела, как новенькая (даже лучше!), загружалась за несколько секунд... но после загрузки стабильно подвисала на пару минут, после чего работала нормально.

Я анализировал загрузку через Procmon.exe -> boot logging, но причину не нашёл. Тогда я подумал, что виновата мышь, ведь тормоза проявлялись как невозможность вновь фокусироваться мышью на только что запущенной программе. Мышь ездила по окнам программ, которые мышью же только что были из ярлычков запущены, не в силах взаимодействовать с ними. То есть, после быстрой загрузки Windows и программ в автозагрузке (обычный набор — Скайп, торрент-клиент, веб-камера, принтер...) можно было запустить пару любых программ, но они запускались и переставали взаимодействовать с мышью, и ярлычки на рабочем столе переставали взаимодействовать, и кнопка Пуск... А через минуту-две как ни в чём не бывало размораживались.

Я подключил к системному блоку свою, заведомо исправную мышь... и получил абсолютно ту же ерунду. Даже когда все программы опять начинали взаимодействовать с мышью, в браузере средняя кнопка кликала по ссылкам без всякого взаимодействия с ними (как и средняя кнопка хозяйской мыши).

Значит, диск не виноват, мышь не виновата, но что тогда? Что у двух ОС общего, кроме оборудования?

Я полазил по форумам. Оказалось, что проблема не такая уж редкая. Но... люди переустанавливали Windows, покупали новый винчестер для операционной системы, и ничего не помогало. Некоторые грешили на чипсет, но это совсем дико. Наконец, на форуме iXBT, в теме, посвящённой этой проблеме, в последнем сообщении, его автор написал: решил! Нужно в BIOS выставить legasy USB support в disable! По крайней мере мышь, клавиатуру можно оставить.
Но мне это не помогло.

Короче, дело оказалось всё-таки в мышке. Но не в моей, а в хозяйской, которую я на время экспериментов просто отложил в угол, но не вынул из USB порта. С её отключенем все глюки пропали и все программы работали сразу после загрузки Windows. И средняя кнопка в браузере.