Пользовательский rc.lua — в ~/.config/awesome. При одном пользователе на компьютере можно было бы и системный править, наверное. Про автостарт — там в rc.lua простенькая функция, запускающая все программы в папке ~/.config/autostart, при отсутствии этой папки оно, видимо, загрустит, да (можно попробовать создать такую папку или закомментировать вызов функции autostart, в моём варианте конфига это две последние строчки).

Между 3.0 и 3.1 есть довольно серьёзная разница в формате конфига, так что, в принципе, с моим конфигом версия 3.1 работать вроде как и не должна.