Я так понял, PC-BSD -- это та же FreeBSD, только сбоку.

>обратить свой /home из ext3fs в UFS2 без потери данных
Если /home на отдельном разделе, то его, наверно, можно подмонтровать не конвертируя в UFS2.

>Меня интересуют, в принципе, такие вещи, как стабильность системы
Система стабильна, иксы периодически виснут

>надёжное шифрование данных
Есть cfs, она старая и автором давным-давно не поддерживается. В ней известны дыры, которые, впрочем, актуальны лишь если взломщик сидит в той же локалке. Альтернативы не нашёл.

>win-приложения с помощью эмулятора
wine в BSD работает отвратительно

>Соответственно, меня не интересует возня с консолью
Unix без консоли -- это что-то из области фантастики. Неужели в линуксе получалось?