Там всё как-то мутно, вроде бы порядок групп идёт по порядку их создания или что-то подобное.... а не по названиям.

(Reply to this) (Thread)

Импортироваться должно с тем-же порядком.

(Reply to this) (Parent) (Thread)

Нет, порядок отображения групп на страницах редактирования в LJ и LJR разный:

LJ

1 Круг
2 Круг
Писатели
Сообщества

LJR

2 Круг
Писатели
1 Круг
Сообщества

(Reply to this) (Parent)