Войти в систему

Home
    - Создать дневник
    - Написать в дневник
       - Подробный режим

LJ.Rossia.org
    - Новости сайта
    - Общие настройки
    - Sitemap
    - Оплата
    - ljr-fif

Редактировать...
    - Настройки
    - Список друзей
    - Дневник
    - Картинки
    - Пароль
    - Вид дневника

Сообщества

Настроить S2

Помощь
    - Забыли пароль?
    - FAQ
    - Тех. поддержка



Пишет ivanov_petrov ([info]ivanov_petrov)
@ 2010-10-17 08:41:00


Previous Entry  Add to memories!  Tell a Friend!  Next Entry
Про генокопии
Попалось подробное популярное объяснение. А то сейчас-то все знают, но говорят как-то коротко, без напевности, будто сызмальства знали
В книге Бейтсона "Разум и природа":
"...иллюстрируется в знаменитых экспериментах моего друга Конрада Уоддингтона, демонстрирующих то, что он назвал генетической ассимиляцией. Самый впечатляющий из них начался с производства фенокопий, являющихся результатом воздействия на плодо-вую мушку гена под названием bithorax. Все обычные члены обширного по-рядка Diptera, за исключением бескрылых блох, имеют два крыла и вторую пару крыльев, редуцированную до небольших стержней с шишками на кон-цах, служащими, как полагают, органами равновесия. Под действием гена bithorax рудименты крыльев в третьем сегменте грудной клетки становятся почти совершенными крыльями, и получается четырехкрылая муха.

Эта очень глубокая модификация фенотипа, пробуждающая весьма древнюю, подавленную теперь морфологию, могла быть также произведена соматическим изменением. Когда куколок отравляли этиловым эфиром в надлежащих дозах, то мухи, вылупившись, имели вид bithorax. Это значит, что признак bithorax был известен и как продукт генетики, и как продукт резкого нарушения эпигенеза.
Уоддингтон выполнил свои эксперименты на многочисленных популяциях мух в больших клетках. В каждом поколении он подвергал эти популяции эфирному отравлению, чтобы произвести формы bithorax. И в каждом поколении он отбирал тех мух, которые наилучшим образом представляли его идеал совершенного развития bitorax. (Все они были существа весьма жалкого вида, совершенно неспособные летать). Из этих отобранных индивидов он выводил следующее поколение, чтобы подвергнуть его, в свою очередь, действию эфира, а затем отбору.

Из каждого поколения куколок он отделял, перед отравлением, несколь-ко экземпляров и давал им вывестись в нормальных условиях. В конце концов, после тридцати поколений, полученных в этих экспериментах, формы bithorax начали появляться в не подвергавшейся обработке контрольной группе. Как показало потомство этих экземпляров, они были произведены в действительности не единственным геном bithorax, а комплексом генов, совместно создававших четырехкрылых мух. В этом эксперименте не было свидетельства о каком-либо прямом наследовании приобретенных признаков. Уоддингтон предположил, что физиологический ущерб, причиненный орга-низмам, не повлиял на перегруппировку генов в половой репродукции и на частоту мутаций. Его объяснение состояло в том, что отбор в астрономических масштабах, возможно, устраняющий из потенциального существования много тонн мух, отобрал ограниченное число насекомых с bithorax. Он пола-гал, что это справедливо было рассматривать как отбор индивидов с наиниз-шим порогом произведения аномалии bithorax.

Мы не знаем, к чему привел бы эксперимент без отбора Уоддингтоном «наилучших» bithorax. Может быть, за тридцать поколений он произвел бы популяцию, иммунную по отношению к эфиру, или, как можно себе также представить, популяцию, нуждающуюся в эфире. Но возможно – если моди-фикация bithorax, подобно большинству соматических изменений, отчасти адаптивна – что популяция, подобно экспериментальным популяциям Уод-дингтона, произвела бы генетические копии (генокопии) результатов эфирной обработки.

Этим новым словом «генокопия» я хочу подчеркнуть, что соматическое изменение может в действительности предшествовать генетическому, так что более уместно рассматривать в качестве копии генетическое изменение. Иными словами, соматические изменения могут отчасти определять пути эволюции; и это будет еще больше проявляться в более обширных гештальтах (in larger gestalten), чем в рассматриваемых здесь. Это значит, что мы должны снова расширить набор логических типов в нашей гипотезе. Таким образом, можно различить три этапа в построении теории:
а. На индивидуальном уровне окружающая среда и опыт могут вызвать соматическое изменение, но не могут повлиять на гены индивида. Не существует прямого наследования в смысле Ламарка, и такое наследо-вание без отбора необратимо уничтожило бы соматическую гибкость.
б. На уровне популяций, при надлежащем отборе фенотипов, окружающая среда и опыт порождают более приспособленных индивидов, над которыми может работать отбор. В этом смысле популяция ведет себя как ламарков индивид. Несомненно, именно по этой причине биологический мир выглядит как результат ламарковой эволюции.
в. Но если мы хотим доказать, что соматические изменения играют первичную роль в направлении эволюционного изменения, то для этого требуется другой уровень логических типов – более широкий гештальт. Для этого приходится привлечь коэволюцию, предположив, что окружающая экосистема или некоторые смежные виды изменяются, чтобы приспособиться к соматическим изменениям индивидов. Можно предста-вить себе, что такое изменение окружения действует как матрица, предпочитающая какую-нибудь генокопию соматического изменения."
http://www.koob.ru/bateson_gregory/


(Добавить комментарий)


[info]d_igor_po@lj
2010-10-17 03:21 (ссылка)
+++ Все обычные члены обширного по-рядка Diptera, за исключением бескрылых блох...

За новостями систематики не слежу. А что, блохи -- уже официально Диптера?

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-10-17 03:26 (ссылка)
http://tolweb.org/Endopterygota/8243

нет. Но это очень близкие группы и иногда говорится, что блохи - о сути, такое ответвление мух. В общем, у Бейтсона это, кажется, на правах метафоры

(Ответить) (Уровень выше)


[info]boldachev@lj
2010-10-17 09:22 (ссылка)
В Эпигенетической теории эволюции (которую заложил тот же Уоддингтон) это называется "генетическая ассимиляция морфозов".

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-10-17 09:42 (ссылка)
да

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]boldachev@lj
2010-10-17 09:54 (ссылка)
А механизм? А отношение к этой ассимиляции СТЭ? Ведь предшествование изменения морфологии и изначально эпигенетическое закрепление нового морфоза с последующей фиксацией нового пути онтогенеза в геноме (по ЭТЭ) противоречит мутационной гипотезе СТЭ.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-10-17 11:01 (ссылка)
По механизмам немного накопали, если не ошибаюсь. Что же до СТЭ, то это проблемы СТЭ. сейчас мало кто придерживается фанатично какой-то теории - кому какая разница, СТЭ или СТЭ-прим с поправками

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]boldachev@lj
2010-10-17 11:13 (ссылка)
Угу. Хотя следует отметить, что СТЭ остается СТЭ только при признания ее основного догмата - барьера Вейсмана, признания первичности генных мутаций. Вот тут уж либо СТЭ, либо "ассимиляция" :).

(Ответить) (Уровень выше)


[info]e_samusenko@lj
2010-12-10 09:56 (ссылка)
"А отношение к этой ассимиляции СТЭ?"

Позитивное. Эффект Болдуина с которого начиналась эта идея в 1896 году - СТЭ засчитывает в актив себе.Как сообщают мне ее апологеты.
http://macroevolution.livejournal.com/43595.html?thread=1978443#t1978443

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]boldachev@lj
2010-12-10 10:17 (ссылка)
Да, тяжелый случай. Смотрим, А.Марков "И я, пожалуй, тоже готов съесть свою шляпу, если найдут ламарковское наследование. Чтобы некая информация, полученная в течение жизни, адаптивным способом кодировалась и записывалась в ДНК - этого почти наверняка не существует. Нет в природе такого механизма (http://m-batin.livejournal.com/94156.html)" и сравниваем "Ну, влияет осмысленное поведение на направленность отбора. Ну, можно даже (если есть склонность к ярким образам и громкой риторике) сказать, что "ход эволюции управляется сознанием". А вот драмы не вижу. По-моему, все вполне сочетается и укладывается.".

Тут идет балансировка на очень тонкой грани между тезисами (1) "все изменения фенотипа закрепляются естественным отбором" и (2) "все изменения фенотипа, закрепленные отбором, есть следствие изменения генома". Вроде с позиции СТЭ верен только второй тезис и за него Марков согласен съесть шляпу. Но его утверждение по поводу эффект Болдуина вроде уже достаточный повод для начала пережевывания головного убора.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]e_samusenko@lj
2010-12-10 10:29 (ссылка)
Про еще одну шляпу, на этот раз за Ламарка - не знал. Ай-молодца!

В другом ответет вам я написал, что пусть управляется сознанием, но в результате случайных мутаций.

Прочтите мои комменты далее в ЖЖ Маркова. Там есть фраза Северинова: механизм Ламарка существует.
Пошел за шляпой для Маркова!
Шучу.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]boldachev@lj
2010-12-10 11:00 (ссылка)
Спасибо. Я читал. :))

(Ответить) (Уровень выше)


[info]macroevolution@lj
2010-12-11 11:22 (ссылка)
Извините, но, при всем уважении, все вы на свете перепутали с Болдачевым ;)
И шляпа, кстати, абсолютно одна и та же самая. В комменте к вашему посту и в интервью. И эффект Болдуина - вовсе не ламаркизм. Когда я пытался вам про CRISPR объяснить, вы сказали "я не биолог и лекцию Северинова не комментирую". Т.е. комментировать, как не биолог, отказываетесь, а делать ошибочные далеко идущие выводы из лекции биолога - запросто. А слушать объяснения и вникать в тонкости - не, я не биолог. Когда я вам дал ссылку на реплику Кунина (это как минимум не менее крупный биолог, чем Северинов) о том, что адаптивное мутирование опровергнуто, вы ответили, что ничего там такого не написано. После этого я решил, что дискутировать с вами не буду. И не буду. Но дам один совет. Про шляпу и ламаркизм прочитайте, пожалуйста, "Расширенный фенотип" Докинза. Эта книга только что вышла на русском языке.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]e_samusenko@lj
2010-12-11 11:31 (ссылка)
Когда я вам дал ссылку на реплику Кунина (это как минимум не менее крупный биолог, чем Северинов)

Я не нашел самой ссылки на реплику Кунина, я бы ее с интересом прочел.
Вы дали не ссылку на Кунина, а ссылку на какое-то обсуждение. Дайте ссылку на Кунина, я ее прочту.

"про CRISPR объяснить" - я все прекрасно понял, что вы пытались объяснить. Никто и нигде не пытался нарушить основную догму мол. биологии.Зачем обсуждать то, что информация уже изначально была записана на языке ДНК.

Спасибо за рекламу книги. Я знаю о ее выходе по вашему журналу. Для меня Северинов намного больший авторитет, чем Докинз.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]e_samusenko@lj
2010-12-11 11:35 (ссылка)
Если вы хотите записать Болдуина в актив ортодоксальной СТЭ - откройте мою книгу и прочтите, что такое "сознание" в моем изложении. Сразу пропадет такое желание.
Конечно Болдуин не ламаркист, он на каждой странице это повторяет, ну и что?

30 лет назад, скорее всего, некоторые товарищи обещали съесть шляпу, если идея Оловникова в отношении укорочения теломер - подтвердится. И где эти товарищи, и где идея - на нобелевском олимне.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]e_samusenko@lj
2010-12-11 11:42 (ссылка)
"я не биолог и лекцию Северинова не комментирую"

Если вы настаиваете - я обязательно свяжусь с Севериновым и узнаю его мнение по поводу вашего с Куниным утверждения об опровержении идеи адаптационных мутаций Кернса.
Если вы опровергаете его утверждение (Севернинова) - что же я, дилетант, могу вставить в спор двух докторов биологических наук.
Приведите докузательства - я приму вашу сторону и напишу Северинову, что он на лекциях вводин слушателей в заблуждение. Не приведете - я пишу вам, что ваши утверждения - абсолютно безосновательны, оставаясь на стороне утверждения Северинова.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]e_samusenko@lj
2010-12-11 11:48 (ссылка)
Нашел комментарий Кунина, изучу обязательно.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]e_samusenko@lj
2010-12-11 11:57 (ссылка)
Изучил.

Авторы этой известной статьи думали, что они опровергли Центральную Догму. Не совсем так. Исследование вызвало открытие чрезвычайно интересных механизмов вызванного напряжением mutagenesis, но никакого "единорога в саду".

Ну и что? Совершенно согласен с этим комментарием.Именно об этом сказал Северинов - опыт Кернса не удался.
"КАЖДЫЙ ИЗ ЭТИХ ПРОЦЕССОВ МОЖЕТ ЛЕЖАТЬ В ОСНОВЕ МЕХАНИЗМА НАСЛЕДОВАНИЯ ПРИОБРЕТЁННЫХ СВОЙСТВ» Д. Кэрнс.
И сам Кернс именно об этом сказал. Может лежать, может не лежать.

Но он так же сказал, что у статьи есть основная цель, и она не лежит в области представления механизма наследования приобретенных свойств, а в другой области:

ОСНОВНАЯ ЦЕЛЬ ДАННОЙ СТАТЬИ – ПОКАЗАТЬ, НАСКОЛЬКО СОМНИТЕЛЬНА НАША ВЕРА В СПОНТАННОСТЬ (СЛУЧАЙНОСТЬ) БОЛЬШИНСТВА МУТАЦИЙ


Кернс начал отсчет новой ВЕРЫ, а совсем не завершение доказательства ее убедительной победы.

(Ответить) (Уровень выше)

Центральная ДОГМА и эпигенетика
[info]e_samusenko@lj
2010-12-11 12:41 (ссылка)
"Когда я вам дал ссылку на реплику Кунина (это как минимум не менее крупный биолог, чем Северинов) о том, что адаптивное мутирование опровергнуто, вы ответили, что ничего там такого не написано".

Вы явно передергиваете:
Кунин сказал: Авторы этой известной статьи думали, что они опровергли Центральную Догму. Не совсем так. Исследование вызвало открытие чрезвычайно интересных механизмов вызванного напряжением mutagenesis, но никакого "единорога в саду".

Где же здесь информация об опровержении адаптивного мутирования? ОПРОВЕРЖЕНИЕМ принято считать другой эксперимент, который дает выводы различающиеся с теми, которые необходимо проверить.
Дайте ссылку на такой эксперимент.

Кунин говорит о том, что не удалось ни в каких других эксперимнетах найти оснований для опровержения Цент. Догмы. Не удалось найти - это не значит, что удалось доказать. Как была просто ДОГМА - так ею и осталась. Ничем не подтвержденной, просто вопросом ВЕРЫ. Вы в нее верите - пожалуйста, я - нет.

А теперь эксперимент с CRISPR - "адаптивная мутация", но "наша" ортодоксальная, в рамках ДОГМЫ, потому, что использует информацию в той же форме.
Но до Кернса не было даже такого термина "адаптивная мутация", все мутации были случайными.

Теперь есть "наша", дарвинистская "адаптивная мутация" и "не наша" ламаркистская "адаптивная мутация" , если она использует необходимую для этого информацию не в виде ДНК.
И кто с этим спорит? Вопрос времени, если "адаптивная мутация" уже есть, осталось дождаться совсем не открытия механизма перевода соматической информации в генетическую, а доказательства, что в этом нет никакой необходимости.
Если существует генетический механизм, который позволяет порвать вирус и перенести из него идентификационную информацию, то что мешает в качестве необходимой использовать уже имеющуюся в собственном геноме информацию.

Нужно просто прочесть Шмальзаузена, который писал, что абсолютная адаптация невозможна. Адаптивная модификация генома возможна только в пределах той информации, которая на нем же и записана!
Морская рыба может адаптироваться в пресной воде, получив генокопию адаптивной модификации, но пресноводная рыба не может адаптироваться в морской воде - нет возможности построить модификацию генома.Шмальзаузен делает вывод, что это возможно, если ранее морская рыба была пресноводной и в ее геноме записана информация, какой фенотип этому соответсвует, а пресноводная рыба не была морской и ее геном не имеет информации о необходимом для этого фенотипе.

Никакого разрушения ДОГМЫ - вся информация имеется на самом геноме организма, не нужно ловить вирусы и добывать из них информацию.
Это и есть эпигенетическая модель, но в рамках ДОГМЫ.

(Ответить) (Уровень выше)

Братание между Ламарком и Дарвиным
[info]e_samusenko@lj
2010-12-11 12:56 (ссылка)
Если "классическая модель" теперь допускает адаптивную, а не случайную мутацию, если информация необходимая для этого изначально представлена в той же форме, пусть и на другом объекте, что ей мешает принять, что в качестве такой информации можно использовать часть смоего же генома, как это доказал Шмальгаузен 50 лет назад. Если ничего не мешает - то в чем спор? Ортодоксальная модель подверглась модификации, стала не ортодоксальной, а совмеренной, но при этом мутации перестали быть абсолютно случайными.

Принимается? По рукам?
Всегда считалось, что Дарвин - это случайность, Ламарк - адаптивность. Никаких условий, что адаптивность не должна быть абсолютной, а только в пределах имеющейся под рукой генетической информации - никто не ставил.

Есть любой вид адаптивной мутации - Ламарк вернулся и обнял брата Дарвина. Никто не проиграл - выиграла наука.


(Ответить) (Уровень выше)

Шмальгаузен и современность
[info]e_samusenko@lj
2010-12-11 13:08 (ссылка)
Что это я так о Шмальгаузене беспокоюсь, можете задать вопрос. Не о нем, а о нас с ним.

Откройте на стр.33 мою книгу и посмотрите вот это выделение:

Определение ограничения третьего уровня адаптации
Физиологические изменения организма субъекта, необходимые для достижения его равновесия со средой обитания, возможны только в тех пределах, в которых они уже были произведены ранее психикой живого организма.

Термины не биологические, но и определение из теории психологии. И говорится в нем о том же о чем говорил Шмальзаузен, о необходимости генетической информации для осуществления адаптивной модификации генома, но написано совершенно независимо от него, без знания о его существовании и его работ.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]manpupunera@lj
2010-10-18 09:31 (ссылка)
Мутационная гипотеза середины прошлого века, мягко говоря, дополнена в настоящее время данными об обратной транскрипции, эпигенетическом метилировании ДНК, перестройках мобильных элементов генома, альтернативном сплайсинге, горизонтальном переносе генов и многих других эффектах, которые опровергают концепцию первичности мутаций ДНК. За последние 60 лет со времён Уоддингтона генетика несколько развилась, что отмечено несколькими нобелевками, например.

Согласитесь, какой смысл сейчас удивляться, что гипотеза о ведущей роли флогистона в термодинамике, выдвинутая в 17 веке не очень согласуется с данными Кельвина, Карно и Лавуазье рубежа 18-19 веков? Эта гипотеза давно относится к области истории науки, как и гипотеза о первичном накоплении мутаций в СТЭ середины прошлого века.

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-10-18 09:47 (ссылка)
Возможно, я не в курсе. Как это "опровергают концепцию первичности мутаций ДНК"? Вы хотите сказать - дополняют?

И еще. Есть генетика - в частности, альт. сплайсинг и прочие чудеса. и есть то, как прилагают генетику, как думают об этом - к примеру, в теориях о генетике поведения и генетическом обеспечении эмоций, или теориях эволюции, или мыслях о выстраивании эмбриогенеза. Скажите, как изменились все эти дочерние теории с тех пор, как генетика стала настолько умнее?

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]manpupunera@lj
2010-10-18 12:59 (ссылка)
Я не точно выразился, опровергнута Центральная Догма, помимо ДНК-РНК-Белок выявлены и другие пути передачи наследственной информации, в т.ч. и от предков к потомкам. Поэтому мутации кодонового текста ДНК не являются единственным исходным источником наследственной изменчивости, как это представлялось в СТЭ полувековой давности. Соответственно и "дочерние" теории изменились в соответствии с этими данными.

На мой взгляд, современное зачаточное состояние генетики и эпигенетики, когда до 2003 года ещё заключали пари "сколько окажется генов в геноме человека 20 или 100 тысяч", свидетельствует о том, что надёжное теоретическое обоснование с этой стороны для построения теорий в других областях биологии будет возможно далеко не в ближайшие десятилетия, так что "строить дорогу" сейчас целесообразно вовсе не с этого конца. Пока генетика делает лишь первые шаги, разбираясь с буквами и слогами, способами их чтения/записи, до того, как будут созданы поэмы о функционировании хотя бы насморка или наследовании формы носа, не говоря уж о возникновении хоботов, я точно не доживу и Вам не советую.

(Ответить) (Уровень выше)