Войти в систему

Home
    - Создать дневник
    - Написать в дневник
       - Подробный режим

LJ.Rossia.org
    - Новости сайта
    - Общие настройки
    - Sitemap
    - Оплата
    - ljr-fif

Редактировать...
    - Настройки
    - Список друзей
    - Дневник
    - Картинки
    - Пароль
    - Вид дневника

Сообщества

Настроить S2

Помощь
    - Забыли пароль?
    - FAQ
    - Тех. поддержка



Пишет ivanov_petrov ([info]ivanov_petrov)
@ 2010-11-02 07:29:00


Previous Entry  Add to memories!  Tell a Friend!  Next Entry
Реальный антропогенез
Шутка это, просто шутка по поводу деталей работы молбиологов. А то народ нервный, мало ли
http://galicarnax.livejournal.com/25773.html
///"Проект разработки Homo Sapiens на стадии завершения. Беседуют заведующие двумя отделениями. Первое - метаболическое (М), второе - генетическое (Г). В первом случае накосячило метаболическое отделение, во втором - генетическое.

1. Неканонические аминокислоты

М: Алло, мы тут пытаемся вывести первые экземпляры Homo Sapiens в инкубаторе. Обнаружилась проблема - дохнут на пятом месяце. Причину выявили, можно пофиксить введением селенопротеинов. Но есть другая беда - мы тут прикинули, селеноцистеин в белке никак не удастся получить посттрансляционно нашими методами. Поэтому обращаемся к вам. Нужно, чтобы он вставлялся в белок во время трансляции.
Г: Вы же прекрасно знаете - заказчик потребовал, чтобы было ровно двадцать аминокислот.
М: Знаем. И про 20 аминокислот знаем, и про то, чтоб они все левой формы были - знаем. И про другие капризы заказчика знаем. Мы и так выжали все возможное. Попробуйте спроектировать запрошенное с такими ограничениями! Ну, чуть-чуть просчитались, бывает. Разъясним заказчику, что невозможно построить белковые организмы с запрошенными параметрами, используя только 20 аминокислот. Места в коде много осталось, 64 кодона, как-никак. Можно было еще кучу аминокислот закодировать.
Г: Нет, генетический код менять нельзя. Он уже утвержден на Всевышнем Совете. Наши программисты немало времени потратили на его оптимизацию. Но выход есть - попробуем сделать патч. Пришлите нам список генов, в которые нужно вставлять селеноцистеин. Мы добавим в конце этих генов специальные патч-записи (SECIS http://en.wikipedia.org/wiki/SECIS_element). Далее, нужно будет выбрать какой-нибудь кодон, который в этих генах с помощью патч-записей будет интерепретироваться не так, как указано в коде, а как селеноцистеиновый. Как насчет фенилаланинового UUU?
М: Лучше использовать один из стоп-кодонов, например, UGA. Тем более, он недалеко от цистеиновых кодонов, а селеноцистеин отличается от цистеина всего лишь селеном вместо серы.
Г: Ok. Значит так: кодон UGA будет по умолчанию стоп-кодоном, но если в конце гена, в некодирующей его области, имеется патч-запись, кодон UGA будет в этом гене транслироваться как селеноцистеин. Устраивает?
М: Вполне. Кстати, похожая проблема в параллельном проекте есть, с метаногенными археями. Там тоже надо вставлять нестандартную аминокислоту - пирролизин. Может, сделаете заодно таким же образом?
Г: Хорошо, тогда для нее мы отведем другой стоп-кодон - UAG. Чтоб не запутаться.

С тех пор две неканонические аминокислоты - селеноцистеин и пирролизин - кодируются наряду с двадцаткой стандартных хитрым способом, без изменения генетического кода (подробнее на Элементах.ру).

2. Редактирование РНК (RNA editing)

М: Алло, у нас тут другая проблема. Некоторые гены производят не тот белок, что нужно. Мы проверили наши исходники - аминокислотные последовательности, которые отсылали вам, - там все правильно. Значит, это вы где-то в ДНК накосячили.
Г: Хорошо, проверим и перепишем геном.
М: Но у нас уже произведено около сотни экземпляров яйцеклеток. Их списывать, что ли? Проект не окупится. Может, патч сделаете?
Г: Можно. Мы приготовим маленькие шаблонные РНК, по которым будут исправляться некорректные мРНК. ДНК-копии этих патчевых РНК вам нетрудно будет вшить в имеющиеся геномы.

С тех пор матричные РНК, скопированные с некоторых "неправильных" генов, корректируются перед трансляцией в белок. Для коррекции используется "правильная" информация на отдельных шаблонных молекулах РНК:



----------------------
Кто не смущается, можно освежить этот текст:
http://samaraig.narod.ru/h_proj_men.htm
"ПРОЕКТ GENESIS

(из коpпоpативной пеpеписки)

Генеpальномy диpектоpy Иегове
от начальника маpкетингового отдела Гавpиила


Исследования, пpоведенные нашим отделом в pамках пpоекта Genesis, показали, что наилyчшие пеpспективы на pынке имеют системы следyющей конфигypации:

a. Планета: 1 шт.
b. Радиyс: 3 000 км
c. Сила тяжести: 0.5g
d. Соотношение сyша/вода: 1:1
e. Темпеpатypа: +24
f. Атмосфеpа: кислоpод
g. Моpя: пpесн. вода
h. Реки: молоко, мед
i. Фаyна: тpавоядная

Пеpифеpия:
светила 2 шт. (дн./ночн.), скоpость: 0.0007 RPM (1 об/сyт)

Резолюция: Hапpавить в отдел стpатегического планиpования для подготовки ТЗ
Иегова ..."


(Добавить комментарий)


[info]golosptic@lj
2010-11-02 03:49 (ссылка)
Не скажу за разработку человеков, а в реальных проектах всё в таком стиле и происходит.

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-11-02 03:58 (ссылка)
а что делать, делать-то что?

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]golosptic@lj
2010-11-02 04:24 (ссылка)
А что специального нужно делать?
Расслабиться :).
Всё нормально, всё так и должно быть.
Ничего удивительного, что в таком сложном проекте, как человек, стоят временные костыли и патчи. Удивительно скорее, что этот проект вообще удалось запустить - похоже у проджект менеджера была почти безвыходная ситуация в смысле альтернативных предложений работы. Современный офисный планктон сбёг бы давно к конкурентам (и бродил бы между ними раз в 2-3 года).

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-11-02 04:31 (ссылка)
_овременный офисный планктон сбёг бы давно к конкурентам (и бродил бы между ними раз в 2-3 года_

Это о горизонтальном переносе генов

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]golosptic@lj
2010-11-02 05:03 (ссылка)
Кстати, да :)))

(Ответить) (Уровень выше)


[info]misha_makferson@lj
2010-11-02 07:05 (ссылка)
Тем более, что азиатский проект закончился крахом и менеджера уволили :-)

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]virtualwhiskers@lj
2010-11-02 12:11 (ссылка)
Это который? :)

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]misha_makferson@lj
2010-11-03 04:15 (ссылка)
Ну рамапитеки, гигантопитеки и всё такое. Гоминизация азиатских человекообразных.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]alamar@lj
2010-11-02 03:53 (ссылка)
Есть интересное название для таких подходов к исправлению проблем: "система из палки и верёвки".

А что, селенопротеины только у человека бывают?

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-11-02 03:58 (ссылка)
конечно нет
http://en.wikipedia.org/wiki/Selenoprotein
Selenoproteins exist in all major forms of life, eukaryote, bacteria and archaea.

У всех

(Ответить) (Уровень выше)


[info]idelsong@lj
2010-11-02 04:29 (ссылка)
На физиологическом уровне то же самое. Светочувствительные клетки, закрытые от источника света сетью сосудов и нервов, и специальная дырка, где сосуды и нервы должны пересекать слой светочувствительных клеток, - тоже своеобразное инженерное решение.

Или, например: столько усилий затрачено на организацию tight junctions в тонком кишечнике, чтобы ничего не проходило парацеллюлярно. А при этом у птиц и у летучих мышей, которым для экономии веса надо всасывать быстрее - всё проходит парацеллюлярно. И ничего плохого не происходит.

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-11-02 04:33 (ссылка)
Воплощают идею на базе имеющихся материалов и с имеющимся коллективом разработчиков. Уж как в данном месте можно, так и воплощают.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]pasha_semionov@lj
2010-11-02 05:42 (ссылка)
Мне понравилось - юмористически и познавательно!

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-11-02 05:44 (ссылка)
угу. мне тоже

(Ответить) (Уровень выше)


[info]vlad_suh@lj
2010-11-02 06:13 (ссылка)
Мда.. Компьютерные программы пишут точно так же.

(Ответить)


[info]qaraabayna@lj
2010-11-02 09:17 (ссылка)
"Пришлите нам список генов, в которые нужно вставлять селеноцистеин. "

А вот этого не надо: только что программа споткнулась на

transl_except (pos:complement(xxxxxx..yyyyyyy),aa:Sec)

Реальные базы заменены на xxxxx, чтобы никто не догадался, какой геном я лопачу.

(Ответить)