Протоиерей Александр Мень был убит утром 9 сентября 1990 года на тропинке к железнодорожной станции "Семхоз". Неизвестный ударил его тяжелым предметом (вероятно, топором) по голове. Священник дошел до своего дома, рядом с которым умер от потери крови.  В убийстве сознались не менее 15 человек, но единственный из них, чье дело дошло до суда, был оправдан.

Секретарь митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия игумен Лазарь (Солнышко) был убит  26 декабря 1990 года в Москве.
Прокуратура подозревала, что он мог "слишком много знать" о делах патриархии. По другой версии, игумен был гомосексуалистом и погиб от рук ревнивого любовника.
Правоохранительные органы задержали сотрудника Отдела внешних церковных сношений МП Михаила Потемкина (ставшего позднее епископом одного из ответвлений РИПЦ под именем Мануила (Платова). Тогда он просидел в Бутырском следственном изоляторе почти два года Следствие так и не кончилось судом.

Настоятель храма Рождества в Путинках игумен  о. Серафим (Сергей Шлыков). Труп священнослужителя был обнаружен 2 февраля 1991 года   в квартире на Красносельской  улице. Похищены деньги, радио  и видеоаппаратура.

Три монаха Оптиной пустыни - иеромонах Василий, инок Трофим и инок Ферапонт - убиты 18 апреля 1993 г., на Светлое Воскресение Христово, в Оптиной пустыни. Преступник Николай Аверин оказался дьяволопоклонником, который рассказал следствию, что получил "приказ от дьявола".

Настоятель храма Рождества Богородицы села Жарки Юрьевецкого района иеромонах Нестор (в миру Савчук Николай Иванович)  был зверски убит в ночь с 30 на 31 декабря 1993 года в келье настоятельского дома. Иеромонах Нестор был найден лежащим лицом вниз в луже крови, распростёртый у распятия  Иисуса Христа без признаков жизни. Тело его было полностью обескровлено. После убийства пропала крупная сумма денег из дипломата иеромонаха, которая была пожертвована ему в этот день предпринимателями на строительно ремонтные работы в храме. Юрьевецкий районный суд приговорил виновного в убийстве к четырем годам лишения свободы. Суд счел, что убийца был не вполне вменяем.

Священник Анатолий Чистоусов, настоятель Михаило Архангельского храма г. Грозный, до рукоположения - офицер Российской армии, был убит 14 февраля 1996 года в чеченском плену. Вплоть до похищения чеченцами (29.01.1996), не взирая на то, что храм оказался в эпицентре боевых действий (находится недалеко от бывшего дворца Дудаева), не прекращал окормления паствы, регулярно совершал богослужения. В новогоднюю ночь 1995 года был насильно привезен бандитами на грозненский ж.д. вокзал, где ему приказали обратиться к держащим оборону российским солдатам с требованием сдаться. В ответ на это отец Анатолий благословил солдат на ратное дело.

20 августа 1997 года в поселке Форос (Крым) зарезан священник московского патриархата Петр (Посаднев). В 1999 году за убийство с целью ограбления приговорены двое местных жителей. Тем не менее, по одной версии украинских СМИ, убийцы были наняты, чтобы забрать у священника документы тайной киевской конференции о готовящемся расколе РПЦ, а по другой — компромат на начальника Ялтинского горотдела службы безопасности Украины.

Священник Георгий Зяблицев, высокопоставленный сотрудник Отдела внешних церковных сношений Московской Патриархии, погиб в 1997 году. Он был убит по возвращении из за границы в собственной квартире после нескольких часов жестоких истязаний. Скончался в результате многочисленных ножевых ранений предположительно 22 или 23 сентября. Отец Георгий отвечал за католический сектор и много путешествовал по казенным делам, распоряжался значительными суммами денег.

В сентябре 1997 года настоятель петербургского храма во имя святой преподобномученицы Елисаветы при городской больнице номер 3 в Санкт Петербурге протоиерей Александр Жарков был убит  несколькими выстрелами в грудь и голову. Тело было найдено 14 сентября в окрестностях города Пушкина. Незадолго до этого он перешел из РПЦ МП в РПЦЗ. Причиной убийства явилась борьба за храм св. Елисаветы и землю, на которой он был построен. Исполнители находились в контакте с некоторыми священнослужителями, желавшими получить храм. Убийцы не найдены.

Настоятель Свято-Никольской церкви протоиерей Михаил Сацюк был убит 12 октября 1998 года в Бресте. В тот же день на выезде из города в автомобиле был найден его труп. Следствие пришло к выводу, что причиной убийства был экономический мотив, убийца преследовал цель ограбления.

Старообрядческий священноинок Димитрий (Расстегаев)  зверски убит в январе 1998 года в Ярославской области. Причиной его смерти стала квартира в Ярославле, которую молодой священник собрался продать, уезжая на новый приход в Белую Криницу. Банда квартирных грабителей, обосновавшаяся на Ярославщине под вывеской риэлтерской фирмы "Партнер", убила священнослужителя, расчленила тело и бросила в подпол избы, в которой началась пьяное застолье. Бандитов поймали через три года.

В ночь со 2 на 3 января 2009 года двое молодых людей, одному из которых 15 лет, другому   21 год, избили 50-летнего иеромонаха Ефрема, который отказался дать им денег или алкоголя. Инцидент произошел в скиту в деревне Волобуевка Рыльского района Курской области. Утром водитель обнаружил уже мертвого священнослужителя. До этого злоумышленники избили послушника местного скита, который также отказал им в их требовании. В результате послушник попал в реанимацию. Обвиняемые задержаны и сознались в преступлениях

Вечером (около 23 ч.) 19 ноября 2009 в храм св. Апостола Фомы ворвался человек в маске и выстрелил четыре раза: два раза - в регента, два - в отца Даниила Сысоева. Священник, православный миссионер о. Даниил Сысоев умер от ран около 00 часов 15 минут 20 ноября, находясь в машине скорой помощи.
Отец Андрей Кураев отметил, что убитый священник по национальности был татарин, "и его миссия во многом была направлена на мусульманскую интеллигенцию.

Источники:
http://rian.ru/society/20090111/158926977.html
http://www.kommersant.ru/doc.aspx?DocsID=1279139
http://kirillfrolov.livejournal.com/726460.html
http://diak-kuraev.livejournal.com/
http://kuraev.ru/