Протоиерей Александр Мень был убит утром 9 сентября 1990 года на тропинке к железнодорожной станции "Семхоз". Неизвестный ударил его тяжелым предметом (вероятно, топором) по голове. Священник дошел до своего дома, рядом с которым умер от потери крови.  В убийстве сознались не менее 15 человек, но единственный из них, чье дело дошло до суда, был оправдан.

Секретарь митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия игумен Лазарь (Солнышко) был убит  26 декабря 1990 года в Москве.
Прокуратура подозревала, что он мог "слишком много знать" о делах патриархии. По другой версии, игумен был гомосексуалистом и погиб от рук ревнивого любовника.
Правоохранительные органы задержали сотрудника Отдела внешних церковных сношений МП Михаила Потемкина (ставшего позднее епископом одного из ответвлений РИПЦ под именем Мануила (Платова). Тогда он просидел в Бутырском следственном изоляторе почти два года Следствие так и не кончилось судом.

Настоятель храма Рождества в Путинках игумен  о. Серафим (Сергей Шлыков). Труп священнослужителя был обнаружен 2 февраля 1991 года   в квартире на Красносельской  улице. Похищены деньги, радио  и видеоаппаратура.

Три монаха Оптиной пустыни - иеромонах Василий, инок Трофим и инок Ферапонт - убиты 18 апреля 1993 г., на Светлое Воскресение Христово, в Оптиной пустыни. Преступник Николай Аверин оказался дьяволопоклонником, который рассказал следствию, что получил "приказ от дьявола".

Настоятель храма Рождества Богородицы села Жарки Юрьевецкого района иеромонах Нестор (в миру Савчук Николай Иванович)  был зверски убит в ночь с 30 на 31 декабря 1993 года в келье настоятельского дома. Иеромонах Нестор был найден лежащим лицом вниз в луже крови, распростёртый у распятия  Иисуса Христа без признаков жизни. Тело его было полностью обескровлено. После убийства пропала крупная сумма денег из дипломата иеромонаха, которая была пожертвована ему в этот день предпринимателями на строительно ремонтные работы в храме. Юрьевецкий районный суд приговорил виновного в убийстве к четырем годам лишения свободы. Суд счел, что убийца был не вполне вменяем.

Священник Анатолий Чистоусов, настоятель Михаило Архангельского храма г. Грозный, до рукоположения - офицер Российской армии, был убит 14 февраля 1996 года в чеченском плену. Вплоть до похищения чеченцами (29.01.1996), не взирая на то, что храм оказался в эпицентре боевых действий (находится недалеко от бывшего дворца Дудаева), не прекращал окормления паствы, регулярно совершал богослужения. В новогоднюю ночь 1995 года был насильно привезен бандитами на грозненский ж.д. вокзал, где ему приказали обратиться к держащим оборону российским солдатам с требованием сдаться. В ответ на это отец Анатолий благословил солдат на ратное дело.

20 августа 1997 года в поселке Форос (Крым) зарезан священник московского патриархата Петр (Посаднев). В 1999 году за убийство с целью ограбления приговорены двое местных жителей. Тем не менее, по одной версии украинских СМИ, убийцы были наняты, чтобы забрать у священника документы тайной киевской конференции о готовящемся расколе РПЦ, а по другой — компромат на начальника Ялтинского горотдела службы безопасности Украины.

Священник Георгий Зяблицев, высокопоставленный сотрудник Отдела внешних церковных сношений Московской Патриархии, погиб в 1997 году. Он был убит по возвращении из за границы в собственной квартире после нескольких часов жестоких истязаний. Скончался в результате многочисленных ножевых ранений предположительно 22 или 23 сентября. Отец Георгий отвечал за католический сектор и много путешествовал по казенным делам, распоряжался значительными суммами денег.

В сентябре 1997 года настоятель петербургского храма во имя святой преподобномученицы Елисаветы при городской больнице номер 3 в Санкт Петербурге протоиерей Александр Жарков был убит  несколькими выстрелами в грудь и голову. Тело было найдено 14 сентября в окрестностях города Пушкина. Незадолго до этого он перешел из РПЦ МП в РПЦЗ. Причиной убийства явилась борьба за храм св. Елисаветы и землю, на которой он был построен. Исполнители находились в контакте с некоторыми священнослужителями, желавшими получить храм. Убийцы не найдены.

Настоятель Свято-Никольской церкви протоиерей Михаил Сацюк был убит 12 октября 1998 года в Бресте. В тот же день на выезде из города в автомобиле был найден его труп. Следствие пришло к выводу, что причиной убийства был экономический мотив, убийца преследовал цель ограбления.

Старообрядческий священноинок Димитрий (Расстегаев)  зверски убит в январе 1998 года в Ярославской области. Причиной его смерти стала квартира в Ярославле, которую молодой священник собрался продать, уезжая на новый приход в Белую Криницу. Банда квартирных грабителей, обосновавшаяся на Ярославщине под вывеской риэлтерской фирмы "Партнер", убила священнослужителя, расчленила тело и бросила в подпол избы, в которой началась пьяное застолье. Бандитов поймали через три года.

Протоиерей Борис Пономарев был убит 16 июля 1999 года в деревне Ильинская Слобода Можайского района Московской области. Убийство милиция раскрыла довольно быстро. Как оказалось, со священником расправились трое рецидивистов. Они были прихожанами его церкви, и протоиерей иногда приглашал их к себе в гости. Преступники приметили в его доме несколько старинных икон и решили ограбить священника. Ночью они ворвались к Пономареву, связали его жену и родственницу, а самого протоирея убили.

В 1999 году был похищен чеченцами и убит протоиерей Петр Сухоносов, настоятель Покровского храма в станице Слепцовская (Ингушетия).

23 августа 2000 года произошло убийство иеромонаха Симеона (Аносова), настоятеля храма Андрея Первозванного в Барнауле (Алтайский край). Убийцей стал бывший водитель иеромонаха Константин Шиленков, ранее неоднократно судимый.

8 января 2001 года совершено убийство иеромонаха Александра (Кулакова) в селе Сабаево (Мордовия). Убийца Алексей Максимов скрывался в Иоанно Богословском монастыре близ Саранска под именем Алексей Светов. Во время службы в армии он убил сослуживца, а потом, скрываясь от трибунала, совершил еще ряд тяжких преступлений.

Настоятель храма в поселке Тура Красноярского края иеромонах Григорий (Яковлев) зверски убит 21 марта 2001 года в Эвенкии в Туре, в церкви Святой Троицы. Отсеченную голову священника преступник отнес в алтарь и бросил ее на престол.  Подозреваемый заявил, что он якобы кришнаит и совершил это преступление по "приказу Кришны".

13 мая 2001 года в г. Тырныаузе (Кабардино-Балкария) был убит священник Игорь Розин, которому до того неоднократно угрожали местные жители, а за две недели предупредили о готовящемся убийстве. Явившись в храм и уединившись со священником, 23 летний Ибрагим Хапаев нанес отцу Игорю три удара ножом. Позднее суд признал Хапаева невменяемым.

Настоятель сельской церкви Тихвинской иконы Божией Матери Московского патриархата 85-летний игумен Иона (Ефимов) был убит в Татарстане 14 октября 2002 года . Его тело было найдено утром в палисаднике собственного дома. Преступник ударил священнослужителя тяжелым предметом в висок. Травма оказалась смертельной. Причина убийства - ограбление.

8 августа 2003 года был убит иеромонах Нил (Савленков), настоятель Волдозерской Ильинской пустыни в Карелии. Убийца - 38-летний уроженец Тольятти Андрей Наседкин, ранее судимый.

2 ноября 2003 года произошло убийство иеромонаха Исаии (Яковлева) возле села Раифа (Татарстан) ранее судимым 19-летним местным жителем Дмитрием Новиковым, находившимся в подпитии.

25 декабря 2003 года был убит иеромонах Александр (Тыртышный) в селе Колосовка (Омская область). Ранее судимый 23-летний местный житель Дмитрий Литвинов попросил исповедовать его, но не в церкви, а у себя дома. Иеромонах согласился на просьбу, а когда, придя в дом, отец Александр облачился в рясу, убийца напал на него с ножом.

Священник отец Герман убит 26 июля 2005 года  в Чеховском районе Подмосковья. Его тело было обнаружено  в келье монастыря Давыдова пустынь в поселке Новый Быт.  У священника были связаны руки. Кроме того, у него были обнаружены черепно-мозговые травмы. Вещи в келье были разбросаны, а сейф, находившийся там же, был вскрыт.

В селе Прямухино Тверской области при пожаре погибли в собственном доме православный священник, трое его детей и жена Ксения. Отец Андрей Николаев сгорел с семьей в ночь на 2 декабря 2006 года.  Дом был облит бензином и подожжен. За несколько месяцев до этого священник обращался в милицию и просил помощи и защиты. Отец Андрей Николаев каждую ночь с ружьем в руках охранял церковь от местных воров. Местные жители разворовывали церковь, чтобы купить спиртное. Незадолго до этого дом священника уже был сожжен.

В Алапаевском районе Свердловской области в ночь на Рождество с 6 на 7 января 2007 года убит настоятель местного храма Петра и Павла иерей Олег (Ступичкин). Тело священника было обнаружено в храме после пожара. Из храма были похищены более 20 икон. Преступление раскрыто по "горячим следам". Задержаны двое подозреваемых. Это местные жители, безработные, ранее неоднократно судимые. У погибшего священника остались жена и четверо детей.

В селе Посевное Черепановского района Новосибирской области рано утром 12 февраля 2007 года неизвестные подожгли дом настоятеля храма во имя святого великомученика и целителя Пантелеимона, священника Дмитрия Сташенко. Дом загорелся в считанные секунды, и священник, разбив окно, выбросил в снег четырех малолетних детей (старшим девочкам было 4,5 и 2,5 годика, младшим мальчикам - 1 год 8 месяцев и 8 месяцев), а затем выбрался через него сам с супругой. Дом сгорел полностью. Все члены семьи были раздеты, из за сильного переохлаждения  заболели. У отца Димитрия, ко всему прочему, отморожены пальцы ног, так как ему пришлось бежать босиком по снегу. Священник предполагает, что это был поджог, поскольку за домом со стороны огорода на снегу остались следы неизвестных людей.

4 марта 2007 года было совершено нападение на настоятеля Никольского храма г.Воронежа отца Петра (Петрова). Неизвестный нанес священнику несколько ножевых ранений в подбородок и шею. Отец Петр был госпитализирован. Нападавшего, жителя Центрального района Воронежа, 1987 года рождения, задержали очевидцы. По данным ГУВД области, это психически больной человек.

9 июня 2007 года в Зеленограде перед началом утренней литургии на иерея Павла Ходзинского с ножом напал душевнобольной мужчина.  Нападавший (им оказался 38-летний местный житель, состоящий на учете в психоневрологическом диспансере) подбежал к священнику, когда он стоял на ступенях храма святителя Филарета и перочинным ножом  успел нанести священнослужителю несколько касательных порезов руки, после чего был задержан прихожанами и передан милиции. Потерпевшему медицинская помощь была оказана на месте происшествия, и от госпитализации он отказался.

В ночь на 22 августа 2007 года в городе Фурманове Ивановской области  в собственном доме был убит настоятель прихода Вознесения Господня  игумен Авенир (в миру Смолин Алексей Юрьевич, 1978 года рождения). Следствие полагает, что преступление совершено с целью грабежа, так как из дома предположительно пропало личное имущество погибшего и небольшая сумма денег. Однако отрабатываются все версии убийства.

24 ноября 2007 года в Архангельске был подожжен  дом настоятеля Свято Ильинского кафедрального собора протоиерея Владимира Кузива. По предварительной версии следствия, около 4.30 неизвестный злоумышленник бросил в окно дома священнослужителя бутылку с зажигательной смесью, отчего внутри произошел пожар. От огня пострадали кровля и чердачные перекрытия на площади шесть квадратных метров, а также комната. В доме в этот момент находился священник и его семья   жена и трое детей, младшему из которых 18 лет.  В результате пожара отец Владимир получил ожоги.

7 февраля 2008 года священник отец Анатолий (Нагорный), возвращался домой с вечерней службы в храма Святителя Митрофана Воронежского, когда неизвестный напал на него с ножом. Преступник ударил священника сзади в шею и скрылся. Попытки ограбления он не предпринял. Священник  самостоятельно вернулся в церковь на Хуторской улице, откуда вызвал милицию и врачей. С обильным кровотечением его  госпитализировали в НИИ скорой помощи им. Н. В. Склифосовского.

9 марта 2008 года был убит настоятель прихода во имя Державной иконы Божией Матери в Белореченске Краснодарского края Алексей Горин. По подозрению в совершении этого преступления задержан старший сын Горина. По версии следствия, он в состоянии аффекта нанес отцу несколько ранений, одно из которых оказалось смертельным.

28 ноября 2008 года неизвестные сожгли дом руководителя миссионерского отдела Ярославской епархии, проректора Ярославской духовной семинарии иеромонаха Серапиона (Митько). Его дом находится в селе Петрово Ярославского района близ областного центра. Дом практически сразу загорелся с трёх сторон. Священнику удалось выбраться на улицу. По словам священника, позже очевидцы рассказали ему, что видели на окраине села машину без номеров, в которой находились трое мужчин. После того как дом был подожжён, эти люди скрылись.

30 ноября 2008 года в храме святителя Николая Чудотворца в Бирюлеве в Южном округе Москвы произошел взрыв. Представители правоохранительных органов сообщили, что, по предварительным данным, взрывное устройство было самодельным. В результате взрыва пострадали два человека. Здание храма не было повреждено.

В ночь со 2 на 3 января 2009 года двое молодых людей, одному из которых 15 лет, другому   21 год, избили 50-летнего иеромонаха Ефрема, который отказался дать им денег или алкоголя. Инцидент произошел в скиту в деревне Волобуевка Рыльского района Курской области. Утром водитель обнаружил уже мертвого священнослужителя. До этого злоумышленники избили послушника местного скита, который также отказал им в их требовании. В результате послушник попал в реанимацию. Обвиняемые задержаны и сознались в преступлениях

Вечером (около 23 ч.) 19 ноября 2009 в храм св. Апостола Фомы ворвался человек в маске и выстрелил четыре раза: два раза - в регента, два - в отца Даниила Сысоева. Священник, православный миссионер о. Даниил Сысоев умер от ран около 00 часов 15 минут 20 ноября, находясь в машине скорой помощи.
Отец Андрей Кураев отметил, что убитый священник по национальности был татарин, "и его миссия во многом была направлена на мусульманскую интеллигенцию.

Источники:
http://rian.ru/society/20090111/158926977.html
http://www.kommersant.ru/doc.aspx?DocsID=1279139
http://kirillfrolov.livejournal.com/726460.html
http://diak-kuraev.livejournal.com/
http://kuraev.ru/