Если должность главы региональной исполнительной власти должна согласовываться с главой гоударства, то такую страну нельзя называть федерацией. В федерации у центрального правительства могут быть свои представители в регионах с широкими полномочиями в пределах ведения федерации, но у них не должно быть права совать нос в вопросы, сугубо относящиеся к ведению региона. Это, извиняюсь, любой индус скажет.

По поводу якобы разрешенных референдумов: что-то не припомню, когда последний раз проводился референдум. Должно быть, в России уже давно нет вопросов, достойных всенародного обсуждения.

Наконец насчет того, что общественные объединения якобы равны перед законом. Когда в последний раз власти запрещали или ограничивали митинг "Наших" или "Молодой гвардии"? А когда митинг с участием Касьянова или Каспарова или Лимонова легально прошел там, где они этого хотели?

Насчет федерации - Вы не правы, федерации бывают разные. В российской Федерации строится модель централизованной федерации и этим все сказано.
А насчет всего остального - в суд. Если Вы считаете, что происходит ущемление ваших прав - боритесь за них, но в рамках закона.