Про хранение вложенных файлов в отдельном каталоге.
Зачем это надо?
Если реально надо, можно сделать такую утилиту, которая будет брать файл mailbox, вытягивать оттуда отдельные письма и складывать их в отдельные каталоги, экспортировав туда же вложенные файлы.
Но только зачем?

Короче, замену качалки мы тебе нашли :)

Я обычно использую OpenOffice, но к твоим нуждам может неплохо подойти Abiword или KOffice.

Насчёт переносов, у нас нормально в PDF'ках слова переносятся, при генерации PDF мы его прогоняем через Latex, а там видать с переносами всё ОК.