Да, какой-то процент мощности теряется. Точно не помню сколько. Примерно так: механическая ("ручная") коробка - это передача момента от двигателя на колеса через много шестеренок, а в ав(ничего аллитерация)томате присутствует так называемая гидромуфта, которая передает момент потоком масла с одной крыльчатки на другую. В общих чертах :)