Если у каталога Access denied, то, возможно, при установке были выставлены права на каталог (что автоматически означает, что зараза еще и поигралась с безопасностью и список пользователей тоже надо будет почистить).
Выставь их себе через свойства папки - возможно, для этого достаточно выставить галочку "Allow ingeritable permissions to propagate ...", а возможно, придется сделать change ownership (через advanced).

Процессы, запущенные через Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run, вообще-то должны быть видны Task Manager'у , значит, их можно убить. По-моему, скрыть нельзя, но я не системщик.
Есть способ запустить задачу как service, тогда этот сервис надо искать и останавливать (через control panel или Computer Management).