Преимущество - архитектура заточена под объектные языки, а это значит что есть шанс получить бОльшую скорость при использовании таких языков. Как я понимаю, всякие там си/с++ идут лесом, но, к примеру, ява и с# должны под такую архитектуру пойти "как родные".
Отказаться от сишного кода сейчас уже реально: приложения переписываются быстро (посмотри хотя бы как быстро обрастают приложениями новые платформы), так что если поставить задачу, то основное появится быстро, а неосновное потом допишут по потребности.

> Альтернативы возможны там где есть параметры по которым удается конкурировать

Удобство/скорость разработки ПО (кстати, dz это позиционирует как преимущество фантома). Пользователь это косвенно, но ощущает - например, когда в маках была встроенная CMS, а в винде не было, фотошоп сначала выходил для мака, а потом, как-нибудь и когда-нибудь - для писюков.
С другой стороны - если использовать уже существующие языки - разницы не будет (кроме, возможно, скорости работы), если придумать свой - будет проблема убедить разработчиков что оно им нужно.

> Мне кажется более реалистичен другой вариант - когда новая архитектура вплетается в существующую, как случилось с x64 или например с дополнительными командами SSE.

В принципе да - можно и так. Но старый код придётся запускать "почти что в пробирке" - т.е. вся система работает в "новом" режиме, а "старый" режим ограничен своей областью памяти и наружу не допускается. Но вариант, согласен.

>Как я понимаю, всякие там си/с++ идут лесом

Просто для информации - есть такая штука c++/cli, это ms изобрел для стыковки managed кода и c++. Теперь это стандарт. Там можно миксовать native и managed код или писать все на managed, тогда вместо указателей будут ссылки (^ вместо *), и garbage collector.

>Отказаться от сишного кода сейчас уже реально: приложения переписываются быстро

Вобщем да, но такой путь для каких-нибудь iphone больше подходит, где количество софта для старта не очень большое требуется. А вообще коммерческого C-шного кода дофига, провались он пропадом.