У Шафирова было много дипломатических заслуг (см., например,
http://www.rulex.ru/01250319.htm).
Но, подозреваю, особое расположение Петра он снискал "идеологическим обеспечением" войн со шведами и выхода к Балтийскому морю, а также тем, что после крупной неудачи Петра в русско-турецкой войне (Прутский поход 1711 г.), добровольно вызвался сидеть заложником в турецком плену (1.5 года), что дало Петру возможность отойти с армией (Прутский договор) и подготовиться к более успешному развитию событий на русско-турецком фронте...
Была большая подробная статья про Шафирова в журнале "Лехаим". К сожалению, в Интернете её не нашел. Поэтому даю ссылку на мой рассказик, в котором эта статья фактически процитирована на 2/3, правда, лишь в той части, которая касается потомков Шафирова:
http://www.bootyavka.org.ru/ftp/Ircovshiki/Graph/name.txt