Для них естественнее (чем для выпускников ИТМО) идти в аспирантуру мат-меха и, для математиков, ПОМИ. Поэтому выбор не между ИТМО и Америкой, а между мат-мехом и Америкой. Причём из программистов, мне кажется, мат-мех становится домом родным для бОльшего количества, чем ИТМО для КТшников.
(Хотя формально выпускники ИТМО в равном с ними положении (и, сами знаете, бывают исключения и аспиранты в ПОМИ и на мат-мехе и из ИТМО, и из Политеха, и...), но фактически переход из университета в университет внутри города у нас даже на уровне аспирантуры редко случается, такой уж менталитет, да и по естественным причинам - научный руководитель дипломной работы чаще всё-таки из того же университета.)