У Гротендика йога означала фундаментальные принципы (если угодно, философию) математической теории, сформулированные неформально, а не как набор определений и теорем.
Сама теория при этом может быть разработанной или нет, это не так важно.
Дмитрий, спасибо за ваш ответ. пост на mof я видел. Собственно, вот это мое "понимание" вопроса и основывалось исключительно на обсуждении, ссылку на которое вы дали. Из той части "Урожаев...", что переведена на русский, не сильно понятно.
Кстати, может знаете, почему все-таки "йога"? Связь/ гармония/ союз?