На сервисе не разрешается хранить файлы архивов, защищенные паролем. (http://narod.yandex.ru/disk/agreement/)

Так чта...

ну нигде же не написано что нельзя хранить файли с произвольными данными. переименовываем архив и все.
в конце концов шифрованые файлы вообще не отличаются от случайных данных и определить что в них даже по сигнатуре невозможно.

Просто шифрованные файлы - да, не отличаются. Однако шифрованные архивы легко определяются по заголовку. Не каждый ведь будет прогонять файло целиком в каких-нибудь PGP тулзах, чтобы выложить для скачивания.

Тоже верно )