1. Наличие туннеля хотя бы на одном участке движения говорит о том, что габариты вагонов должны вписываться в них.
2. Верхнее ограничение по габаритам, даже при отсутствии туннеля - высота контактного провода, и того, на чем они крепятся - картинку ля примера предлагаю - http://www.rus-etrain.ru/re_ed2t_0010_06.html

http://www.rus-etrain.ru/re_ed2t_0010_06.html

Вот это - габарит используемый пока для строительства вагонов пригородных электропоездов и специализированных вагонов промышленного транспорта http://kts.8m.com/images/psa.gif

А вот это - ГОСТ 9238-83 ГАБАРИТЫ ПРИБЛИЖЕНИЯ СТРОЕНИЙ И ПОДВИЖНОГО СОСТАВА ЖЕЛЕЗНЫХ ДОРОГ КОЛЕИ 1520 (1524) мм

http://www.vashdom.ru/gost/9238-83/

Ясно видно, что в принципе ничего подобного вроде установки "Автобусной остановки" в процессе движения сделать не позволяют размеры. При стоянке где-то, и при отсутствии контактного провода - принципиально можно, не не в движении.
Не рассматриваю также саму идею хищения крыши электропоезда - у меня почему-то очень сильное подозрение, что вагоны являются сварными и не могут быть откручены просто так, т.е. без сварки не обойтись. Оставив вне рассмотрения даже тот момент, сто нужно доставить несколько сварочных аппаратов, как-то их подключить, не задеть при этом электрическую проводку внутри вагона - ибо результат будет летальный, исключая даже тот момент, что пантографы перестанут принимать электричество и вагоны заметно потяжелеют, т.е. ехать будет сложнее, исключая даже слепоту машинистов, которые не смотрят на пниборы - все равно - произвести резку одного вагона - за 40 минут это сделать точно не удасться (40 минут идет поезж от С-Посада до Пушкино. Ну и естетвенно, вопрос из жизни Барона мюнхгаузена - а как выдернуть крышу из под себя?