После начала Гражданской войны Унамуно занимает сторону повстанцев. Летом 1936 года обращается к европейской интеллигенции с призывом поддержать мятежников, которые выступают защитниками западной цивилизации и христианской традиции. В начале октября 1936 года Унамуно встречался с Франко, на этой встрече он тщетно пытался добиться помилования нескольких друзей, которые были убеждёнными республиканцами — Прието Карраско (алькальд Саламанки), Хосе Андрес и Мансо (депутат), Сальвадор Вила (ректор университета Гранады) и Атилано Коко (протестантский пастор). Вскоре после этих репрессий Унамуно публично выразил сожаление за свою поддержку мятежников.
22 октября Франко подписал декрет об увольнении Унамуно с поста ректора. Последние дни жизни (с октября по декабрь 1936) Унамуно содержался под домашним арестом.