э… а какие, собственно, возможности линкера надо проверять? нет, я действительно озадачен. вот сколько делаю всякое — от приветмиров до немалых проектов, — ни разу мне не было это интересно. линкер умеет линковать. ar умеет ar'овать. что ещё надо-то?
и да, проверять систему — самый простой и нормальный вариант. а если юзер воткнул себе в систему что-то нестандартное, то его не затруднит и накормить сборщик нужными флагами.
есть, впрочем, ещё более расово верный вариант: «нам нужен gcc не ниже x.y.z и вот такой вот набор библиотек. все остальные берут трубу и барабан, после чего с весёлым маршем отправляются нахуй.» решает две задачи сразу: позволяет избавиться от идиотских конфигураторов и избавляет исходный текст от кучи ifdef'ов.
максимум, что можно сделать — пнуть pkg-config и врубить/вырубить некоторые опции сборки. у кого pkg-config нет, тем не повезло.
чем дольше авторы софта поддерживают идиотский зоопарк, тем дольше он будет существовать.