Войти в систему

Home
    - Создать дневник
    - Написать в дневник
       - Подробный режим

LJ.Rossia.org
    - Новости сайта
    - Общие настройки
    - Sitemap
    - Оплата
    - ljr-fif

Редактировать...
    - Настройки
    - Список друзей
    - Дневник
    - Картинки
    - Пароль
    - Вид дневника

Сообщества

Настроить S2

Помощь
    - Забыли пароль?
    - FAQ
    - Тех. поддержка



Пишет ivanov_petrov ([info]ivanov_petrov)
@ 2010-02-11 14:26:00


Previous Entry  Add to memories!  Tell a Friend!  Next Entry
Три основные части...
А.Г. Васильев, И.А. Васильева. 2009. Гомологическая изменчивость морфологических структур и эпигенетическая дивергенция таксона: основы популяционной мерономии

Монография об 500 страниц. Вид эээ... темно-зеленый, этакого провокативного зеленого цвета. Текст сухой, напичканный терминологией и невнятной цифирью. Читать скучно. Специальная монография.

За этим барьером находится примерно вот что.

Авторы давно исследуют морфологическую изменчивость грызунов. Тема препочтенная, примерно как для литературоведа - рифмы Пушкина. Сверхклассика, а потому разработано до самого донышка. Материал книги - давняя, с 70-х годов у нас очень распространенная фенетика. То есть детальнейший и скучнейший учет мельчайших внутривидовых (ну и межвидовых) морфологических различий между черепами мышек всяких и полевок. С учетом частоты этих признаков, их изменчивости, типов проявления, замешанный на крутой статистике. Это - материал, он мог бы заполнять совсем разные формы. Яблоков чем-то таким заполнял идеи о фенетике, думая, что таковая изменчивость мышек что-то говорит о генах. Другие заполняли еще что-то. В данном случае этот классический, хорошо проработанный материал выполняет форму совсем других идей, и то и интересно - какие же идеи теперь настолько привлекательны, что их берут для прояснения фактов из этой классической области.

Берется три группы идей, каждая, надо сказать - не-мейнстрим в своей области, но - признанный немейнстрим. Не ересь - слишком мало сторонников. Но и не одиночное высказывание - напротив, давно известно, что это - самый интеллектуальный шик и маковка.

Итак. Идея номер раз - эпигенетическая теория эволюции М.А. Шишкина, то есть подновленная идеология И.И. Шмальгаузена и Уоддингтона. Разговор о креодах развития, желобах, руслах онтогенеза, ответвлениях, эпигенетическом наследовании и таких вещах.

Идея номер два. Типология Мейена. То есть ряд идей Н.И. Вавилова, Л.С. Берга, Н.П. Кренке и некоторых других, из которых Мейен сплавил цельную концепцию морфологического типа. Мейенова мерономия, классы частей организма, образующие архетип, изменчивость данного архетипа, взятая как мерономическая изменчивость.

Идея номер три. Экологическая теория эволюции - автор называет имена С.С. Шварца и В.В. Жерихина, забывая А.С. Раутиана - но это именно она, едва не самое значительное достижение эволюционной мысли ХХ века, о котором, как это и обычно бывает, знают только спецы и те не используют. Комплекс идей очень интересный, называемый с легкой руки Гилберта eco-devo, экологическая теория эволюционного развития.

И вот этот набор очень глубоких идей, лучшего, что есть в биологической мысли - что выжило в прополках, которым эта мысль подвергалась весь ХХ век.... А пололи ее вовсе не лысенковцы, это фрукты местного распространения, а вовсе даже англосаксы, овощи всемирные и занимающиеся прополкой мыслей в глобальном масштабе - так вот, то, что удалось протащить через ХХ век - взято как идеальная форма для классического (последней трети ХХ века) морфологического материала по тонкой изменчивости на популяционном уровне.

Что-то такое вот получилось. Можно ли было сыграть эти идеи на этом материале лучше - мне судить трудно. Важно, что - сыграно.

Глава 1 - проблемы гомологии. Это, как сейчас становится понятно все большему числу специалистов, основополагающее биологическое понятие, которое даже и определять-то затруднительно, покольку прочее через него определяется, и сейчас трактовка гомологий - столь же классическое место туманных и глубоких рассуждений, как сто лет назад - проблема вида. История понятия, архитектоника с тектологией Беклемишева, современные ссылки на англоязычные и наши обзоры Татаринов, Мамкаев, Павлинов, Крэкрефт, Гилберт, Бок...

Глава 2 - номотетические подходы к изменчивости. То есть речь о законах изменчивости. Берг, Любищев, Кренке, Беклемишев, Терентьев, Мейен, Корона. Гомологический закон Вавилова, правило Кренке и далее понятно. Обсуждение признака, мерона, рефрена и прочая теоретическая морфология.

Глава 3 - гомологическая изменчивость у грызунов. Авторы формулируют на своем грызунячьем материале архетип. Едва не самая длинная глава книги, сплошь морфометрия зубов и отверстий в черепе с подсчетами изменчивости и картинками, как эта изменчивсть друг с другом соотносится.

Глава 4 - эпигенетика. Каспар Вольф, Уоддингтон, Шмальгаузен, Шишкин. Креоды и канализованное развитие. Alberch 1980 самостоятельно сделал эпигенетику на английском. Попытка опрокинуть понятия эпигенетики на популяционный слварь - эпигенетический ландшафт популяции и пр. фенетические игры. Пороговые изменения признаков. Состояние фенетики сейчас - особенности развития яблочной ветви в СССР и России и параллельно на английском огромный пул работ, сходства и различия.

Глава 5 - молекулярная эпигенетика. Раскрытие глаз на современное состояние молгенетики для нечитавших (разумеется, не для генетиков предназначено). Малые РНК и их роль. Передача РНК>ДНК и другие штуки, с белками, прионы и пр. Построение белка на "матрице" другого белка. Альтернативный сплайсинг, считывание разных генных продуктов с одной цепочки ДНК. Петли, интроны, их роль. Энхансеры как регуляторы транскрипции и пр. Редактирование мРНК. Шапероны - белки, исправляющие другие белки. Псевдогены и мобильные элементы. Метилирование ДНК и эпигенетическая наследственность. Короче, краткое перечисление чудес, накопанных молекулярной биологией, после которых рассуждения эпигенетики становятся вполне нефантастическими - да еще и недостаточными (скажу так от себя; материал уже много богаче теорий, которые предлагаются ля его осмысления).

Глава 6 - эксперименты по устойчивости фенов. Фенетика, смотрели в разных средах и условиях изменчивость тех же тонких признаков, различающих популяции.

Глава 7 - эпигенетические основы мерономии. Авторы "женят" эти две теории, эпигенетику Шишкина и мерономию Мейена. Показывают, как морфологическая теория (типология) уточняет и структурирует основы, закладываемые эпигенетической теорией. Им нужны трактовки, разворот смысла типологической концепции. Основные упоминаемые авторы - Мейен и Беклемишев, Урманцев и Павлинов, Чайковский, Любарский, Корона, Белоусов.

Глава 8 - визуализация эпигенетического ландшафта. На грызунячьем материале показыавают, как разные популяции по суммам тех морфопризнаков расходятся - в н-мерном пространстве отдельные области - это называется, что видно те самые эпигенетические креоды. Дискриминантным анализом. Схема структуры архетипа - теоретическая, разные виды меронов - факультативные, латентные и пр.

Глава 9 - фенотипирование. Идея классификации фенотипов и вообще понятие фенотипа. Шишкин, Васильева, Кренке. Создание технологии фенотипирования. Если совсем грубо. Раньше думали, что фенетику можно приспособить к генетике, чтобы без генетического анализа определять генетическую структуру у всяких мышек. Оно не очень. Авторы приспосабливают теперь ее к эпигенетике - чтобы фены маркировали уже не гены, а онтогенетические креоды. То есть берем тот же материал, надеваем на него слова вроде "мероны", потом трактуем полученную изменчивость как следы креодов развития, и опля - получаем возможность говорить про всякие там эволюционные возможности. Разуммется, как и прежде, никто не запрещает всякие виды-двойники и промежуточные формы обсуждать в терминах морфологической изменчивости - кто-то перекрывается, кто-то отдельно живет на графиках.

Глава 10 - мерономия и сравнительная фенетика грызунов. Примерно то же. Тут еще обсуждается реальность надвидовых таксонов. Поскольку это - корреляции признаков и их просто видно опытному взгляду, то - реальны.

Глава 11 - эво-эко анализ гомологичных фенов. Опять грызунячья глава, под завязку набитая материалом. Но - как и говорилось - с эволюционными интерпретациями. Виды разного происхождения, но сходной специализации - имеют сходне паттерны частот фенов. параллеьно они, то есть, развиваются. (ох. это к бабке не ходи).


(Добавить комментарий)


[info]jack_of_hearts_@lj
2010-02-11 09:36 (ссылка)
На фоне такой почтенной сложности даже неудобно, но спрошу: не подскажете, что по современному состоянию молекулярной генетики почитать? Вот именно для нечитавших.

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-02-11 10:14 (ссылка)
К сожалению, хорошо ответить не могу. В разных книгах на русском - вроде вот этой или более специальных - скажем, инге-Вечтомова - рассказывается как раз об этом, но это всегда не современное состояние, а все же лет на десять-семь-пять прошлое. Если это устраивает - пожалуйста. Типа http://www.pereplet.ru/obrazovanie/stsoros/91.html Сингер М., Берг П. Гены и геномы. М., Мир, 1998, том1, том2 Хесин Р.Б. Непостоянство генома. М., Наука, 1984 Но - как понятно - это прошлый век, а дисиплина в состоянии революции, там уже позапрошлогодние данные сильно устарели. А на английском я ориентируюсь плохо - не могу сказать, какая из великого множества книг хороша.

Может быть, кто-нибудь из более образованных, чем я, читателей ответит.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]natchalnik@lj
2010-02-11 12:46 (ссылка)
Кажется, у Жимулёва в Новосибирске несколько книжек вышло, в т.ч. учебник даже...

(Ответить) (Уровень выше)


[info]marina_fr@lj
2010-02-11 16:37 (ссылка)
Если не сугубо специальное, то с этого можно начать
http://bookz.ru/authors/golubovskii-md/golubovsk01/1-golubovsk01.html

(Ответить) (Уровень выше)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-02-11 16:55 (ссылка)
http://ivanov-petrov.livejournal.com/1337599.html
http://bookz.ru/authors/golubovskii-md/golubovsk01/1-golubovsk01.html

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]jack_of_hearts_@lj
2010-02-12 06:47 (ссылка)
Спасибо!

(Ответить) (Уровень выше)


[info]natchalnik@lj
2010-02-11 09:56 (ссылка)
evo-devo, исправь, плиз

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-02-11 10:15 (ссылка)
Не могу, ваш-ство. Это именно eco-devo, о чем в этой книжке и говорится, экологическая, а эво-дево - это уже старая штука, это эволюция с эмбриологией, другое.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]natchalnik@lj
2010-02-11 12:20 (ссылка)
Вот поди ж ты!... Век живи - век учись!..

(Ответить) (Уровень выше)


[info]kiploks@lj
2010-02-11 13:15 (ссылка)
А можно один профанский вопрос про эпигенетику?
Не появилось ли фактов, свидетельствующих в пользу прямого закрепления в геноме приобретённых признаков?
Теоретически можно придумать систему запоминания индивидуального опыта организма в наследственной информации. Но как инженер, я должен считать, что такая система будет динамически неустойчива. То есть, если нечто подобное будет реализовано в живом организме, то такие организмы не образуют стабильный биологический вид. Скорость приспособления к изменяющимся условиям будет громадная, а инерция, необходимая для сохранения полезных качеств, будет минимальна - и вид проиграет в конкуренции более стабильным существам.
Но вдруг я не прав, и природа нашла какой-то обходной путь, которого я не замечаю?

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


(Анонимно)
2010-02-11 13:49 (ссылка)
http://www.paleo.ru/forum/index.php/topic,2645.msg60571.html

(Ответить) (Уровень выше)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-02-11 14:44 (ссылка)
это у них в разделе Метилирование ДНК и эпигенетическая наследственность.
Таких фактов довольно много, работают разные механизмы. Обычно с внешней стороны это длительные модификации. Есть и другие. А с внутренней стороны, механизма - разные штуки.У разных групп - тем более.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]welshterrier@lj
2010-02-12 07:45 (ссылка)
Кто-нибудь знает исследователей практикующих на куда более крупных формах, скажем собаках или лошадях?
Английские селликционеры "шутят", что успешное разведение это 10% кровь и 90% удача.
Например, мы скрещиваем АА и ВВ. с первым поколением все хорошо, имеем АВ во всех вариантах. второе же нам даст АА, АВ, ВВ, АВ. Мне нужно только АВ.
Рождается один детеныш. Мало того, что я не знаю, какого он генетического типа, хорошо если догадаюсь по фенотипу, так я совершенно не могу запрограммировать рождение искомого АВ, я могу только уповать на это. Более того, я могу десять раз повторить это сочетание, но так и не дождусь желаемого. Конечно, если мы получим все возможное потомство от этих двух производителей, оно "разложится" по Менделю, но на практике это невозможно. Или возможно?

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-02-12 08:20 (ссылка)
ну, по Менделю в смысле 3:1 далеко не всегда... Только полное доминирование и прочие дела. Это понятно. А практикуют очень много всего. И коров, и собак, и лошадей - ясное дело, разводят, и еще как.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]dvoenas@lj
2010-02-13 18:13 (ссылка)
А что вы думаете о первой из этих теоретических предпосылок - эпигенетической теории?

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-02-14 02:59 (ссылка)
Это для меня трудный вопрос. Кратко сказать, где слабые места - не смогу. Если все же пробовать в формате ЖЖ - я думаю, что теория Шмальгаузена - это высшее достижение развития теории эволюции на сегодняшний день, то есть не в ХХ веке, а посейчас. Эпигенетическая теория - это попытка другим человеком думать похожим образом. Получилось хуже, но примерно на голову лучше, чем у многих конкурентов.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]dvoenas@lj
2010-02-14 06:21 (ссылка)
Что касается Шмальгаузена (и Уоддингтона), с вами, наверное, тут почти все согласятся (в т.ч. я) - все-таки это классика в русской традиции. Мне же интересно Ваше мнение об эпигенетике в качестве энтомолога - в том, что касается объяснений результатов опытов Шапошникова и т.п.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-02-14 06:39 (ссылка)
Не знаю, что отвечать. Опыты Шапошникова могут быть объяснены любой теорией эволюции. У теории эпигенетики довольно мало специфических примеров - которые бы показывали именно ее собственную объяснительную силу. Они есть, эти примеры, но их не так много. "мнение об эпигенетике в качестве энтомолога" - для меня звучит странно. Вроде бы эта теория никак предметно на энтомологию не зацеплена.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]dvoenas@lj
2010-02-21 20:33 (ссылка)
я имел в виду, что объекты и у Шапошникова, и у Уоддингтона были энтомологические, а между тем - может, у насекомых и у млекопитающих механизмы формообразования различны - например, условно говоря, насекомые сильнее/быстрее реагируют на изменения внешней среды (но не все и не во всем?)

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-02-22 03:31 (ссылка)
Показаны примеры быстрого видообразования у рыб (менее 7 лет).

Общие темпы эволюции насекомых намного медленней, чем у млекопитающих.

Так что - скорее, наоборот

(Ответить) (Уровень выше)

Андрей Быструшкин
(Анонимно)
2010-04-19 05:48 (ссылка)
Толковая книга и оригинальный сплав идей, опирающийся на солидный эмпирический материал. Обобщений подобного уровня последнее время не так уж и много. Жалко, что Алексей Геннадьевич последнее время перегружен административной работой, каждый раз обсуждая с ним проблемы эволюции и теоретической морфологии удивляюсь, насколько продуктивным это оказывается для моей работы, понимаю почему они с В.В.Короной так моментально и хорошо "спелись".

(Ответить) (Ветвь дискуссии)

Re: Андрей Быструшкин
[info]ivanov_petrov@lj
2010-04-19 07:44 (ссылка)
Да, хорошая книга

(Ответить) (Уровень выше)