Войти в систему

Home
    - Создать дневник
    - Написать в дневник
       - Подробный режим

LJ.Rossia.org
    - Новости сайта
    - Общие настройки
    - Sitemap
    - Оплата
    - ljr-fif

Редактировать...
    - Настройки
    - Список друзей
    - Дневник
    - Картинки
    - Пароль
    - Вид дневника

Сообщества

Настроить S2

Помощь
    - Забыли пароль?
    - FAQ
    - Тех. поддержка



Пишет ivanov_petrov ([info]ivanov_petrov)
@ 2010-05-16 08:45:00


Previous Entry  Add to memories!  Tell a Friend!  Next Entry
Ген не является физическим объектом
For biological research, the 20th century has arguably been the century of the gene. Te central importance of the gene as a unity of inheritance and function has been crucial to our present understanding of many biological phenomena. Nonetheless, we may well have come to the point where the use of the term “gene” is of limited value and might in fact be a hindrance to our understanding of the genome. Although this may sound heretical, especially coming from a card-carrying geneticist, it reflects the fact that, unlike chromosomes, genes are not physical objects but are merely concepts that have acquired a great deal of historic baggage over the past decades. (Gelbart, 1998)
William Gelbart

http://virus.chem.ucla.edu/gelbart
http://www.cnsi.ucla.edu/institution/personnel?personnel_id=45350


(Добавить комментарий)


[info]tanner_of_kha@lj
2010-05-16 01:50 (ссылка)
Подпись: Ваш К. О.

(Ответить)


[info]rezoner@lj
2010-05-16 02:13 (ссылка)
1998 год - как-то слишком давняя ссылка. Только что разговаривал с человеком, который открыл несколько штук разных важных генов. Наверное, он бы удивился, прочитав это.

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-05-16 02:22 (ссылка)
тут же не сказано, что генов не существует

(Ответить) (Уровень выше)


[info]morontt@lj
2010-05-16 02:20 (ссылка)
Ни слова не понимаю, что там написано не по нашему, но думаю, что имеется в виду нечто аналогичное выражению "компьютерный файл не является физическим объектом"

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-05-16 02:23 (ссылка)
примерно да

(Ответить) (Уровень выше)


[info]kcmamu@lj
2010-05-16 02:45 (ссылка)
Скорее даже не файл, а что-то типа подпрограммы.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]ptitza@lj
2010-05-16 08:23 (ссылка)
мне как раз аналогия с файлом нравится
потому что подпрограмма - это как бы очевидно, а файл нет
впрочем, не совсем понимаю, что чем подпрограмма в этом смысле отличается от программы

но дело не в этом; сначала аналогия показалась очевидной, а теперь нет; не знаю, является ли файл физическим объектом или нет? и если да (нет), то почему

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]kcmamu@lj
2010-05-16 09:36 (ссылка)
Файл -- штука не физическая, но достаточно реальная: практически всегда можно сказать, принадлежит ли конкретный бит в общем объеме информации какому-то файлу или нет, а если да -- то какому именно. А вот подпрограммы более туманны: они могут содержать друг друга, содержать общие части, при оптимизации смешиваться с частями "чужого" кода и даже вообще исчезать и т. п.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]vlkamov@lj
2010-05-16 03:08 (ссылка)
Британские ученые ?

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-05-16 03:15 (ссылка)
Los Angeles расположен в США.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]vlkamov@lj
2010-05-16 03:16 (ссылка)
В послужном списке University of Leeds и какая-то британская премия ;-)

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-05-16 03:21 (ссылка)
ай, беда

(Ответить) (Уровень выше)

"что-то" не является физическим объектом
[info]alexlotov@lj
2010-05-16 04:00 (ссылка)
Мы не можем отделить движение материи от движения информации.

В силу принципа целостности Единственного Мира (присоедини к нему все, что я забыл) можно постулировать, что материя есть сущность, изоморфная потоку математических моделей.

В этом смысле, все есть информация и все есть так же и материя.

Метафорически можно записать: (Мир=(материЯ=энергиЯ)=информациЯ) Где "Я" — наблюдатель. Я - материален. Я - энергичен. Я - обладаю информацией.

Таким образом, ген есть физический объект, потому что все в этом Единственном Мире — материально))

(Ответить)


[info]prahvessor@lj
2010-05-16 04:06 (ссылка)
с одной стороны, конечно, да, потому что - включать ли в ген его промотор? а регуляторную область? а если она хрен знает где? а если две части гена живут далеко друг от друга (транс-сплайсинг)? а альтернативный спайсинг? а если в результате альтернативного сплайсинга образуются два белка, не имеющих ничего общего - это сколько было генов, один или два? а гены (?) регуляторных РНК? и т.д.

с другой стороны, слово тоже не является физическим объектом, и тоже есть проблемы в пограничных случаях - но лингвисты как-то не очень парятся

и потом, с хромосомами тоже не совсем ладно - вот туча минихромосом в макронуклеусе инфузорий - это, вообще, что? Или где проходит граница между хромосомами и большими плазмидами у бактерий?

мораль: надо читать, что там дальше по ссылке (к чему оно было сказано), а леееень.

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-05-16 04:27 (ссылка)
_лингвисты как-то не очень парятся_
да.
Ничего страшного, что не является физическим объектом. На свете существует много такого, что не является физическим объектом, и в самом деле - не надо париться.

Но вокруг всего нарастают разные выдумки, и народ думает, что знает. Мне казалось полезным напомнить - не генетикам, конечно, а тем, кто думает, что знает, что такое генетика - элементарные вещи.

(Ответить) (Уровень выше)

А кстати,
[info]sgustchalost@lj
2010-05-16 04:51 (ссылка)
где проходит граница между хромосомами и большими плазмидами у бактерий?

А то я сейчас обзор по боррелиозам пишу (мы тут новую инфекцию открыли - надо разъяснять).
Так у этих боррелий до 50 и более плазмил, причем больше половины линейных. И "хромосома" тоже линейная и не намного больше. И, более того, боррелии этими плазмидами и не обмениваются почти, но наследуют от мамы, как и хромосому.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)

Re: А кстати,
[info]prahvessor@lj
2010-05-16 08:03 (ссылка)
а кто ж знает. Я бы считал, что если на плазмиде есть essential genes, без которых зверюшка жить не может никак - то это хромосома. а если нет - то плазмида, и плевать на размер

другое дело, что это не очень инструментальное определение: кое-что, конечно, должно быть ясно просто из анализа генома, но, видимо, не все

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)

Ххосподи, у этой сволочи
[info]sgustchalost@lj
2010-05-16 08:35 (ссылка)
до 50% essential genes на плазмидах и не теряются.

Просто, если сказать о бактерии с 20 хромосомами - кому-то и плохо станет.

Я это дело крайне плохо знаю - но типичные хромосомы вроде, с теломерами, харпинами.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)

Re: Ххосподи, у этой сволочи
[info]prahvessor@lj
2010-05-16 10:40 (ссылка)
с теломерами, это у нас с Вами, а у "этой сволочи" никаких теломер. Впрочем, как устроены концы линейных бактериальных хромосом, честно говоря, не знаю.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)

Надеюсь уточнить за неделю.
[info]sgustchalost@lj
2010-05-16 11:23 (ссылка)
статьи уже на столе.

(Ответить) (Уровень выше)

Re: Ххосподи, у этой сволочи
[info]track_max@lj
2010-05-17 09:36 (ссылка)
говорят, ковалентно зашиты в шпильку.

(Ответить) (Уровень выше)

Re: Ххосподи, у этой сволочи
[info]sgustchalost@lj
2010-05-25 06:05 (ссылка)
усё есть

"Genome linearization of Borrelia is
sustained by telomeres, terminal small inverted repeats with
covalently closed hairpin ends [37,38]. Similar features have been
described for Poxvirus, African swine fever virus, Chlorella viruses,
the mtDNA of yeasts and protozoa, and the Escherichia coli phage
N15 [37–39]. Replication of telomeres from a bidirectional origin
[40,41] produces intermediates for which the replicated telomeres
comprise dimer junctions between inverted repeats of the original
plasmid [19]. Replicated telomeres are then processed by ResT,
the essential B. burgdorferi cp26-encoded telomere resolvase
responsible for a particular DNA breakage and reunion event
that regenerates the hairpin telomeres [20,42,43]. When cp26 was
deleted in B. burgdorferi cells, viability was lost [44]. ResT acts via a
catalytic mechanism analogous to that of tyrosine recombinases
and type IB topoisomerases [45]. We found ResT in relapsing
fever Borrelia, in agreement with the concept of telomere-mediated
genome linearization among these organisms. ResT was recently
also shown to perform a reverse reaction that fuses telomeres from
unrelated replicons. In the Lyme disease group, initiation of
replication occurs in the central region of the linear chromosome
that comprises a polar CG skew and proceeds bidirectionnaly
[40,46]. The observed parallel genome architecture suggests an
identical replication mechanism among the relapsing fever group."

Lescot M, Audic S, Robert C et al. The genome of Borrelia recurrentis, the agent of deadly louse-borne relapsing fever, is a degraded subset of tick-borne Borrelia duttonii. PLoS.Genet. 2008; 4:e1000185

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)

Re: Ххосподи, у этой сволочи
[info]prahvessor@lj
2010-05-25 11:32 (ссылка)
... что нашей (натур)философии не снилось

Андрей Остерман говорил, что любой метаболический путь, имеющийся у многоклеточных, найдется и у какой-нибудь бактерии. Видимо, это распространяется и на другие функциональные системы.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]aosypov@lj
2010-05-16 05:35 (ссылка)
дык вся биология имеет центральной проблемой выделение своего объекта.
ген - особь - вид - экосистема, например.
и даже ... - онтогенез - филогенез - сукцессионный ряд не очень помогают.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]drandrandr@lj
2010-05-16 05:12 (ссылка)
Наверное есть в этом взгляде какая-то скрытая сермяжная правда, раз с завидной регулярностью снова и снова такие банальные рассуждения заводятся (хотел вот тут в скобках щедро примеров сыпануть, но понял, что не могу выбрать - их сотни, причем какую науку ни возьми). "Главный вопрос философии" (в смысле "что первично...") таким образом, что ли, через все щели лезет? :)
Или это цитата, вырванная из какого-то полемического, учебно-дидактического контекста? Тогда ладно.

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-05-16 05:29 (ссылка)
в зависимости от того, что Вам кажется банальным

(Ответить) (Уровень выше)


[info]fregimus@lj
2010-05-16 07:02 (ссылка)
Охохонюшки, опять физическим объектам досталось на орехи ни за что, ни про что. Был у меня где-то даже черновик в защиту физических объектов от привычных заблуждений, видно, пора его приводить в божеский вид. Тут можно долго вглубь залезать — и там, в глуби этой, окажется, что словосочетание «физический объект», в общем-то, оксюморон, в силу того, что выделение объекта происходит в уме, а, значит, никакой «физичностью» не регламентируется. Вы и сами об этом говорили. Но тут все проще, мне кажется: физический — такой, который можно потрогать, взвесить или аршином каким… Ежели мы утверждение доктора примем, то как быть с климатом, например? Объектом изучения климатологии получится нефизический объект. А про лингвистику еще такое сказать — побьют. И правильно сделают.

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-05-16 07:35 (ссылка)
Именно. После долгих веков успехов физических наук термин "физический объект" потерял смысл, то туманное нечто, что появляется у большинства в головах при этом звукосочетании, мало чему соответствует.

было б хорошо, если б Вы могли написать четкий текст - что это означало в, к примеру, 17-18 вв., и как потом менялся смысл.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]prahvessor@lj
2010-05-16 08:04 (ссылка)
ага. и от дать для публикации в Троицкий вариант :-) Чего ж добру пропадать

(Ответить) (Уровень выше)


[info]fregimus@lj
2010-05-16 10:32 (ссылка)
Про эволюцию понятия. Ага, спасибо, хорошая идея. Постараюсь раскопать.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]nickel1@lj
2010-05-17 08:37 (ссылка)
Тэкс! А атом, стало быть, является физическим объектом?
Ну, так бы сразу и сказали. Ген является объектом математическим!

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]fregimus@lj
2010-05-17 12:00 (ссылка)
Ну, если по определению — атом как минимальная частица той же материи — то сомнений в физическом содержании возникать не должно. С геном все хуже — я уже как минимум три разных понятия нашел.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]track_max@lj
2010-05-16 10:02 (ссылка)
в общем, понятно, что он имеет ввиду, это у него игра слова такая.

это не то, что вы думаете.

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-05-16 12:21 (ссылка)
а что он имеет в виду?

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]track_max@lj
2010-05-17 09:34 (ссылка)
ну примерно то же, что и прохфессор - он играет на сложности дать точное определение гена, чтоб не делать сносок, что оно, конечно, так, но бывает еще и так, хотя, как правило, если так, то это противоречит определению а у воооон тех бактерий еще и вот этак.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-05-17 09:41 (ссылка)
ну да. Это оно и есть. Это не просто сложность определения. Это просто иное определение.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]track_max@lj
2010-05-17 09:45 (ссылка)
боюсь, что ваше "иное определение" будет построено по типу определений, даваемые детьми в детском саду, когда определение объекта дается через перечисление его свойств и того, что он делает - типа "мяч - это такое круглое, оно бывает красное и отскакивает".

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-05-17 09:50 (ссылка)
а если оно будет функциональным - то, значит, детским?

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]track_max@lj
2010-05-17 09:56 (ссылка)
а вопрос как раз и в том, что gene function - как раз очень трудно формулируемое понятие, хотя первым делом разбираются с loss of function, gain of function.

(Ответить) (Уровень выше)

Зря вы, батенька
[info]natchalnik@lj
2010-05-16 11:32 (ссылка)
Э-э-э... как бы повежливее. Современное научное сообщество никогда не примет такую точку зрения! Ибо для начала надо долго и нудно объяснять что ген не равен цистрону. Что ген - это не физическое понятие, а проекция признака неизвестно куда, на ДНК, наверное.

(Ответить) (Ветвь дискуссии)

Re: Зря вы, батенька
[info]ivanov_petrov@lj
2010-05-16 12:34 (ссылка)
ну, вдруг на какой-то тысяча пятьсот сорок шестой раз и поймут

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)

Re: Зря вы, батенька
[info]natchalnik@lj
2010-05-16 12:37 (ссылка)
См. каменты...

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)

Re: Зря вы, батенька
[info]sergius_v_k@lj
2010-05-16 15:35 (ссылка)
Не сразу Рим строился.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)

Re: Зря вы, батенька
[info]natchalnik@lj
2010-05-16 15:38 (ссылка)
Похоже, сначала Карфаген должен быть разрушен. И тогда мало никому не покажется...

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)

Re: Зря вы, батенька
[info]sergius_v_k@lj
2010-05-16 15:54 (ссылка)
Рим строился раньше.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)

Re: Зря вы, батенька
[info]natchalnik@lj
2010-05-16 15:58 (ссылка)
Полная аналогия в нашем случае, на мой взгляд - не проходит

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)

Re: Зря вы, батенька
[info]sergius_v_k@lj
2010-05-16 16:07 (ссылка)
Научных направлений много.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)

Re: Зря вы, батенька
[info]natchalnik@lj
2010-05-16 16:10 (ссылка)
По мнению большинства "нормальных" ученых (я в этом отношении вполне ненормален), болтовня о словах (определениях) - не наука, а именно болтовня... Увы!..

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)

Re: Зря вы, батенька
[info]sergius_v_k@lj
2010-05-16 17:03 (ссылка)
Это длинный разговор, но в данном случае, мне крайне интересно, какие именно факты мешают понимать ген как физ. объект. Остальное - чистая идеология, она может быть маргинальной или всевластной, но не может быть ни наукой, ни философией.

(Ответить) (Уровень выше)

Re: Зря вы, батенька
[info]sergius_v_k@lj
2010-05-17 14:18 (ссылка)
http://kaganov.f5.ru/post/215761#f5cut_215761_1

(Ответить) (Уровень выше)