Войти в систему

Home
    - Создать дневник
    - Написать в дневник
       - Подробный режим

LJ.Rossia.org
    - Новости сайта
    - Общие настройки
    - Sitemap
    - Оплата
    - ljr-fif

Редактировать...
    - Настройки
    - Список друзей
    - Дневник
    - Картинки
    - Пароль
    - Вид дневника

Сообщества

Настроить S2

Помощь
    - Забыли пароль?
    - FAQ
    - Тех. поддержка



Пишет ivanov_petrov ([info]ivanov_petrov)
@ 2006-12-01 20:31:00


Previous Entry  Add to memories!  Tell a Friend!  Next Entry
Черданцев, Морфогенез и эволюция. ВВЕДЕНИЕ (7)
Для самой теоремы фон-Неймана возникают проблемы с работой автомата С, того, который должен следить за порядком действий автоматов А и В – следить за тем, чтобы программа действий автомата А не попала бы в еще не достроенный автомат. Для того, чтобы не было обратной связи между информацией и структурой, они должны быть разделены в пространстве и во времени, но для этого пространство и время сами должны иметь структуру, то есть разделение структуры и информации в конечном счете оказывается мнимым. На самом деле теорема фон Неймана описывает самовоспроизведение не структуры, а ориентированной (в пространстве или во времени) серии структур, возможное только в структурированном пространстве и времени, то есть в грубом, а не информационном пространстве.

Вообще же для биологического самовоспроизведения не только не обязательно, но и не нужно, чтобы организм воспроизводил сам себя. У инфузорий, когда их длина превышает некоторую пороговую длину, в экваториальной зоне клетки образуется новое ротовое отверстие, и задняя половина тела становится новой особью, которая повторяет материнскую особь в частности потому, что они имеют общую антеропостериорную ось тела (Frankel, 1981). Для того чтобы материнская и дочерняя особь были тождественны, материнская особь, после отделения от нее дочерней особи, должна просто достроить свою заднюю половину, по мере того как ее исходная задняя половина становится новой особью и отделяется от материнской особи. Самовоспроизведение представляет грубую (асимметричную) бифуркацию, потому что материнская и дочерняя особи различимы - одна и та же особь получается разными способами. Материнская особь не разветвляется на две дочерних особи, но дочерняя особь ответвляется от материнской, и преемственность информации на самом деле является преемственностью структур, имеющих одно и то же направление главной оси тела.

Современные организмы используют единый генетический код, но даже и он не является чисто информационным кодом. Мало того, что в тексте, который представляют последовательности нуклеотидов, встречаются анаграммы, но без анаграмм невозможно, по-видимому, опознавание нуклеотидных последовательностей белками, то есть невозможно (в частности) генетическое управление развитием. Простейший (наиболее изученный) случай – палиндромы (типа ропот – топор, или более сложные), образуемые последовательностями нуклеотидов в регуляторной зоне регуляторных генов фага λ (Пташне, 1988). Регуляторный белок читает палиндромы как зеркально симметричные структуры, которые он отличает от фрагментов нуклеотидного текста, не имеющих зеркальной симметрии. Последовательность нуклеотидов читается не только как определенный текст, правила чтения которого заданы генетическим кодом, но и как структура с определенным типом пространственной симметрии, когда ее признаки (конкретная последовательность нуклеотидов) менее важны, чем она сама.

Изменение признаков развивающейся системы изменяет ее структуру путем их локализации в системе как целом. Новая структура получается тогда, когда любые признаки, которые первоначально могли появляться в любой части развивающейся системы, становятся принадлежностью только одной из ее частей, то есть ее новой частью, масштаб которой соизмерим с масштабом всей системы (Черданцев, 1987; Cherdantsev et. al., 1996). В системе возникает новый пространственный домен, усложняющий ее структуру, потому что как целое система приобретает новые направления изменчивости – например, возможность изменять форму домена движением его границы, а не изменением признаков, которыми он отличается от своего окружения.

Различие порядка сложности – единственное, что позволяет различать структуры независимо от выбора признаков, по которым мы их различаем, и проблема эволюции грубых (естественных) механизмов морфогенеза есть прежде всего проблема усложнения биологических структур.

Для информационных систем, которыми занимается современная биология, сложность является величиной, а не качеством, и вопрос о природе их усложнения нельзя даже поставить. Если мы считаем, что признаки не принадлежат структуре, а образуют ее (то есть структура является такой же «иллюзией единства», как особь, не более чем названием определенной совокупности признаков), то ее усложнение ничем не отличается от возникновения новых (более громоздких) комбинаций признаков уже существующих структур, где само слово структура просится в кавычки.

Современная теория эволюции – теория эволюции признаков – в своем нынешнем виде мало применима к эволюции морфогенеза биологических структур и еще меньше – к образованию эволюционно новых структур и их усложнению (Cherdantsev et. al., 1996; Conrad, 1996). На языке генов и признаков единственным свойством фенотипа, подлежащим прямому отбору, является приспособленность, и эволюция фенотипа сводится к совокупности прямых и коррелированных эффектов отбора по приспособленности.

Собственно же эволюция структур относится к иному кругу эволюционных процессов, которые, по аналогии с термином «эпигенетические процессы» (Waddington, 1946), можно назвать «эписелекционными» (Северцов и др., 1991; Cherdantsev et. al., 1996). Они возникают тогда, когда структура – только благодаря своему усложнению, то есть образованию новых структурных доменов – приобретает новые признаки (новые потенциальные направления отбора), и это не зависит от изменения вклада в общую приспособленность фенотипа ее исходных признаков. Такое изменение возможно (и даже вероятно), но только задним числом, когда они принадлежат уже другой структуре, и только потому, что они ей принадлежат. Если в эволюционном усложнении биологических структур вообще есть закономерность (именно это предстоит выяснить), то она должна быть иной и более общей, чем любые закономерности адаптивной эволюции.


(Добавить комментарий)


[info]ivanov_petrov@lj
2006-12-01 17:33 (ссылка)
Основные понятия и термины. Для грубых систем критерием их усложнения является понижение порядка симметрии, если оно может происходить при малых случайных флюктуациях. Оплодотворенное яйцо лягушки имеет ось симметрии (анимально-вегетативную ось) и бесконечное множество проходящих через нее плоскостей симметрии, а после оплодотворения остается всего одна такая плоскость. Если место образования дорсальной стороны зародыша (серый серп) имеет связь с местом проникновения в яйцо сперматозоида (обычно он располагается напротив точки его проникновения) то в системе яйцо-сперматозоид порядок симметрии не изменяется. Если же различие дорсальной и вентральной сторон яйца возникает и тогда, когда сперматозоид проникает в яйцо с его анимального полюса, не нарушая исходной симметрии, то можно говорить о морфогенетической самоорганизации развивающейся системы, то есть об усложнении ее структуры за счет малых случайных флюктуаций, разрушающих исходное (пространственно однородное) состояние.

Флюктуации могут быть бесконечно малыми, или же могут иметь конечную амплитуду. Если мы сжимаем ластик с его торцов, то рано или поздно деформация сжатия станет энергетически менее выгодной, чем деформация изгиба, ластик прогнется, и одна из его сторон, прежде неразличимых, станет выпуклой, а другая – вогнутой. Это может происходить при сколь угодно малых флюктуациях его исходной (плоской) формы, если деформация сжатия, оставляющая форму плоской, исчерпала свою устойчивость. В этом случае говорят о мягкой потере устойчивости, или же о потере устойчивости в мягком режиме (Белинцев, 1990). Теперь представим себе, что сжимаемый с торцов ластик еще сохраняет плоскую форму, но если щелкнуть по нему пальцем, то он прогибается, и его новая (более сложная) форма оказывается устойчивой. В этом случае говорят о потере устойчивости в жестком режиме (жесткая потеря устойчивости). Система еще не дошла до порога, за которым деформация изгиба становится более выгодным ответом на механическое напряжение, чем деформация сжатия, но находится недалеко от него. Такое состояние системы называется метастабильным, и внешнее возмущение, имеющее конечную амплитуду, но в остальном произвольное (щелчок пальцем), переводит ее в другое устойчивое состояние, с пониженным порядком симметрии и меньшей потенциальной (механической) энергией.

(Ответить)


[info]ivanov_petrov@lj
2006-12-01 17:33 (ссылка)
Пока что морфогенетическая самоорганизация ничем не отличается от самоорганизации физических систем (физического морфогенеза), то есть с яйцом лягушки происходит то же самое, что и с ластиком. Различие же состоит в том, что в физическом морфогенезе за усложнением формы ничего не следует. При мелкой тряске (капиллярная рябь), или же в температурном градиенте, многие жидкости образуют ячеистые структуры, очень похожие на клетки (Хакен, 1980; Рабинович, Езерский, 1998). Порядок структурной симметрии понижается, потому что возникает различие самих ячеек и их границ, которого раньше не было, однако новая структура не производит никаких новых действий, которые могли бы вытекать из ее усложнения. Когда в живой цитоплазме образуются ячеистые структуры (пенистые структуры Бючли), хорошо видимые на светооптическом уровне, они начинают изменять свою форму, и делают это вполне упорядоченным образом, потому что изменение формы одной ячейки вызывает сходное изменение формы соседних с ней ячеек. Ячеистые же структуры, образующиеся, например, на поверхности горячего какао (фигуры Бенара, см. Хакен, 1980) ничего такого не делают, и вообще ничего не делают – они просто существуют до тех пор, пока какао не остыло (пока сохраняется различие температуры его верхних и нижних слоев), а потом бесследно исчезают.

(Ответить)

палиндромы из нуклеотидов
[info]willich@lj
2006-12-01 21:12 (ссылка)
интересно, что в словарных палиндромах-фразах семантическая структура предложения никак не связана с фактом зеркальной симметричности знакомест относительно условного центра! :)

(Ответить) (Ветвь дискуссии)

Re: палиндромы из нуклеотидов
[info]ivanov_petrov@lj
2006-12-02 04:54 (ссылка)
сломал голову. увы, это мне понять трудно - но хоть верхним чутьем уловил, куда это относится

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)

Re: палиндромы из нуклеотидов
[info]willich@lj
2006-12-02 19:53 (ссылка)
т.е. сомнительно, чтобы палиндром нуклеотидов и в генетике играл какую-то роль, гораздо интереснее фрагменты несимметричные, вот они-то и могут быть знаковыми, а что?

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)

Re: палиндромы из нуклеотидов
[info]ivanov_petrov@lj
2006-12-03 05:23 (ссылка)
ну, автор считает, что как раз палиндромы важны... Там разная знаковость - кодирующая и самой своей формой

(Ответить) (Уровень выше)


[info]kaktus77@lj
2006-12-02 23:29 (ссылка)
Для того, чтобы не было обратной связи между информацией и структурой, они должны быть разделены в пространстве и во времени,

Здесь я не понял логику. Откуда требование на обязательное разделение. И что за такая обратная связь.

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2006-12-03 05:38 (ссылка)
насколько я понял, это к объяснению примера с тремя автоматами тьюринга. автору надо перейти от негрубой модели неймана к грубым процессам

(Ответить) (Уровень выше)


[info]ivanov_petrov@lj
2006-12-03 11:53 (ссылка)
да, кстати... Вы ж в Австралии. Если дадите адрес - я файл книги скину Вам в почту

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]kaktus77@lj
2006-12-03 14:36 (ссылка)
Спасибо, было бы интересно

anvar77 (at) hotmail.com

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2006-12-03 14:49 (ссылка)
отправил

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]kaktus77@lj
2006-12-03 15:46 (ссылка)
Большое спасибо.Все получил

(Ответить) (Уровень выше)