|
|
Пишет ivanov_petrov (![[info]](http://lj.rossia.org/img/userinfo.gif){kind=small} ivanov_petrov)@ 2007-08-30 18:03:00 |
 |
|
 |
|
|
|
|
|
|
 |
|
 |
Память и гомология 8
Уровневость жизни: вместо заключения
И генотип (в данном случае нуклеиновые кислоты), и фенотип – самовоспроизводящиеся системы. Живое представляет собой не простую самовоспроизводящуюся систему, а (минимально) двухуровневую – состоящую из качественно различных и связанных между собой уровней, каждый из которых представляет собой относительно независимую самовоспроизводящуюся систему, причем каждый уровень самовоспроизводится со своей скоростью (Kull, 1993, 1998).
Это же наложение самовосстанавливающихся систем создало предпосылки возникновения интуитивно важного качества жизни – «жизненного порыва». Ведь химреагенты не бегают друг за другом, чтобы вступить в реакцию, но даже прокариоты ориентируются по градиенту пищи. Живое заинтересовано в своем выживании – это качество нечасто привлекает внимание при обсуждении проблем эволюции. Эта грань между живым и неживым была преодолена тем же образованием двойной системы развития. Оба качественно различных этажа ее были самовосстанавливающимися системами и циклически функционировали, но различались не только надежность (и способ) хранения информации, но и скорость цикла. Именно включенность одних самовосстанавливающихся циклических процессов в другие придало системе вид «мотивированной», стремящейся к жизни, неравнодушной к гибели. Более вырожденный, абстрактный и внутренне «пустой» цикл придавал целевую функцию совокупности более быстрых метаболических циклов.
Появление генотипа не потому обозначает появление жизни, что геном есть жизнь или геном делает жизнь, а потому, что выдифференцировка генома обозначает появление особого типа организации развивающегося целого. Это стадия, когда потребовалось выделить постоянную память. Это сигнал о старте повышения организации фенотипа, а не само это повышение. Генотип есть редукция, высвобождающая возможность неограниченного роста сложности.
Гипотеза о том, что жизнь появляется в результате дифференцировки уже наличного, выделению нового типа памяти систем путем редукции наличной памяти, приводит к представлению об «уровневой» природе жизни. Ниже клетки и выше организма жизни нет. Экосистема не живая, как и молекулы. И в этом смысле жизнь зависит от точки зрения наблюдателя. Если наблюдатель будет полагать фундаментальными взаимодействия на уровне молекул, жизни он не заметит. То есть жизнь существует – и жизнь можно наблюдать – лишь как уровень организации, а не как «тело». Именно по этой причине мир может быть описан с физико-химической точки зрения, игнорирующей уровень жизни – и нигде такое описание с жизнью не столкнется.
Жизнь маркируется возникновением двойного развития, и как жизнь не существует ниже некоторого уровня организации (нет живых атомов и молекул), так ее нет и выше определенного уровня организации. Предживыми следует считать процессы сукцессии и филоценогенеза, развитие экосистем (биогеоценогенез), почв, ландшафтов и биосферы в целом.
Литература.
Барсков И.С, Жерихин В.В., Раутиан А.С. 1996. Проблемы эволюции биологического разнообразия // Журнал общей биологии. Т. 57. №. 2. С. 14-39.
Беклемишев В.Н. 1970. Биоценологические основы сравнительной паразитологии. М.: Наука. 502 с.
Белоусов Л.В. 1980. Введение в общую эмбриологию. М.: Изд. МГУ. 211 с.
Белоусов Л.В. 1987. Биологический морфогенез. М.: Изд. МГУ. 238 с.
Борхвардт В.Г. 1988. Гомология: живое учение или догма? // Вестник Ленинградского университета. Сер. 3. Вып. 4. № 24. С. 3-7
Бэр К.М. 1950. История развития животных. Т. 1. М.: Изд. АН СССР. 466 с.
Вернадский В.И. 1940. Биогеохимические очерки (1922-1932). М.;Л.: Изд. АН СССР. 250 с.
Вильсон К., Когут Дж. 1975. Ренормализационная группа и эпсилон-разложение // Серия "Новости фундаментальной физики". Вып. 5. М.: Мир. 253 c.
Волькенштейн М.В. 1981. Биофизика. М.: Наука. 591 с.
Гиляров М.С. 1964. Современные представления о гомологии // Успехи современной биологии. Т. 57. Вып. 2. С. 300-316.
Голубовский М.Д. 1985. Организация генотипа и формы наследственной изменчивости эукариот // Молекулярные механизмы генетических процессов. Молекулярная генетика, эволюция и молекулярно-генетические основы селекции. М.: Наука. С. 146-162.
Заварзин Г.А. 1984. Роль бактерий в геохимическом прошлом Земли // Сравнительная планетология. М.: Наука. С. 129-135.
Заварзин Г.А. 2003. Эволюция микробных сообществ. Доклад, прочитанный на теоретическом семинаре геологов и биологов "Происхождение живых систем". 15-20 августа 2003 г., Горный Алтай, стационар "Денисова Пещера". http://macroevolution.narod.ru/zavarzin
Жерихин В.В. 2003. Избранные труды. М.: КМК. 542 с.
Камшилов М.М. 1970. Биотический круговорот. М.: Наука. 160 с.
Кернс-Смит А. Дж. 1985. Первые организмы // В мире науки. № 8. С. 46-55.
Кузнецов А.Н. 1999. Планы строения конечностей и эволюция техники бега у тетрапод. М.: Зоомузей МГУ. 91 с.
Луман Н. 2005. Эволюция. М.: Логос. 256 с.
Любарский Г.Ю. 1996. Архетип, стиль и ранг в биологической систематике. КМК Scientific Press. 432 с.
Любищев А.А. 1925. О природе наследственных факторов // Известия Биологического н.-и. института при Пермском ун-те. Т. 4. Прил. 1. С. 1-142.
Ляпунов А.А. 1980. О соотношении понятий материя, энергия и информация // Проблемы теоретической и прикладной кибернетики. М.: Наука. С. 320-323.
Марфенин Н.Н. 2004. Современные представления о целостности биологических систем // Системный подход в современной науке (к столетию Людвига фон Берталанфи). М.: Прогресс-Традиция. 2004. С. 436-458.
Патрушев Л.И. 2000. Экспрессия генов. М.: Наука. 526 с.
Расницын А.П. 2006. Летопись и кладограмма // Ред. С.В. Рожнов. Эволюция биосферы и разнообразия. М.: КМК. С. 39-48.
Раутиан А.С. 1988. Палеонтология как источник сведений о закономерностях и факторах развития // Ред. В.В. Меннер, В.П. Макридин. Современная палеонтология. М.: Недра. Т. 2. С. 76-118.
Раутиан А.С. 1993. О природе генотипа и наследственности. // Журнал общей биологии. Т. 54. № 2. С.76-118.
Раутиан А.С., Жерихин В.В. 1997. Модели эволюции сообществ (филоценогенеза) и уроки экологических кризисов геологического прошлого Земли // Журнал общей биологии, Т. 58, № 4. С. 20-47.
Руттен М. 1973. Происхождение жизни (естественным путём). М.: Мир. 412 с.
Светлов П.Г. 1978. Физиология (механика) развития. Л.: Наука. Т. 1. 279 с. Т. 2. 263 с.
Северцов А.Н. 1939. Морфологические закономерности эволюции. М.-Л. Изд. АН СССР. 610 с.
Симаков К.В. 1999. Введение в теорию геологического времени. Магадан. 566 с.
Соколов Б.С., Барсков И.С. 1988. Палеонтология и эволюция биосферы // Ред. В.В. Меннер, В.П. Макридин. Современная палеонтология. М.: Недра. Т. 2. С. 245-254.
Стил Э., Линдли Р., Бландэн Р. 2002. Что, если Ламарк прав? Иммуногенетика и эволюция. М.: Мир. 237 с.
Таргульян В.О. 1986. Некоторые теоретические проблемы почвоведения как науки о Земле // Почвоведение. № 12. С. 107-116.
Таргульян В.О. 2005. Концепция памяти почв: развитие фундаментальной базы генетического почвоведения // Ред. Н.Ф. Глазовский. Многоликая география. М.: КМК. С. 114-131.
Таргульян В.О., Соколов И.А. 1978. Структурный и функциональный подход к почве: почва-память и почва-момент // Математическое моделирование в экологии. М.: Наука. С. 17-33.
Татаринов Л.П. 1984. Кладистический анализ и филогенетика // Палеонтологичексий журнал. №3. С. 3-16.
Уоддингтон К.Х. 1947. Организаторы и гены. М.: Иностр. Лит. 240 с.
Уоддингтон К.Х. 1964. Морфогенез и генетика. М.: Мир. 259 с.
Уоддингтон К.Х. 1970. Основные биологические концепции // На пути к теоретической биологии. 1. Пролегомены. М.: Мир. С. 11-36.
Хесин Р.Б. 1984. Непостоянство генома. М.: Наука. 472 с.
Чайковский Ю.В. 2003. Эволюция. М.: Центр системных исследований. 472 с.
Чернавский Д.С. 2004. Синергетика и информация: динамическая теория информации. М.: Эдиториал-УРСС. 287 с.
Шанцер Е.В. 1966. Очерки учения о генетических типах континентальных образований. М.: Наука. 239 с.
Шестаков С.В. 2003. О ранних этапах биологической эволюции с позиций геномики // Палеонтологический журнал. № 6. С. 50-57.
Шишкин М.А. 1981. Закономерности эволюции онтогенеза // Журнал общей биологии. Т. 42. № 1. С. 38-54.
Шишкин М.А. 1984а. Индивидуальное развитие и естественный отбор // Онтогенез. Т. 15. № 2. С. 115-136.
Шишкин М.А. 1984б. Фенотипические реакции и эволюционный процесс // Экология и эволюционная теория. Л.: Наука. С. 196-216.
Шишкин М.А. 1987. Индивидуальное развитие и эволюционная теория // Эволюция и биоценотические кризисы. М.: Наука. С. 76-124.
Шишкин М.А. 1988а. Эволюция как эпигенетический процесс // Ред. В.В. Меннер, В.П. Макридин. Современная палеонтология. Т. 2. М.: Недра. С. 142-169.
Шишкин М.А. 1988б. Закономерности эволюции онтогенеза // Ред. В.В. Меннер, В.П. Макридин. Современная палеонтология. Т. 2. М.: Недра. С. 169-209.
Шмальгаузен И.И. 1935. Основы сравнительной анатомии позвоночных животных. М.; Л.: Гос. изд-во биол. и мед. лит. 924 с.
Шмальгаузен И.И. 1940. Изменчивость и смена адаптивных норм в процессе эволюции // Журнал общей биологии. Т. 1. № 4. С. 509-525.
Шмальгаузен И.И. 1968. Факторы эволюции. М.: Наука. 451 с.
Шмальгаузен И.И. 1969. Проблемы дарвинизма. Л.: Наука. 493 с.
Шмальгаузен И.И. 1982. Организм как целое в индивидуальном и историческом развитии. Избр. тр. М.: Наука. 382 с.
Шмальгаузен И.И. 1983. Пути и закономерности эволюционного процесса. Избр. тр. М.: Наука. 360 с.
Эшби У.Р. 1959. Введение в кибернетику. М.: Иностранная литература. 430 с.
Abouheif E. 1997. Developmental genetics and homology: A hierarchical approach // Trends Ecol. Evol. V. 12. P. 405-408.
Abouheif E. 1999. Establishing homology criteria for regulatory gene networks: prospects and challenges // In: Bock G.R., Cardew G. (eds). Homology. Novartis Foundation Symp. № 222. Wiley, Chichester, UK. P. 207-221.
Baguna J., Garcia-Fernandez J. 2003. Evo-Devo: the Long and Winding Road // Int. J. Dev. Biol. V. 47. P. 705-713.
Balavoine G., Adoutte A. 2003. The segmented Urbilateria: a testable scenario // Integr. Comp. Biol. V. 43. P. 137-147.
Black D.L. 2000. Protein diversity from alternative splicing: a challenge for bioinformatics and post-genome biology // Cell. V. 103. № 3. P. 367-370.
Bock W.J. 1973. Philosophical foundations of classical evolutionary classifications // Systematic Zoology. V. 22. No. 4. Р. 375-392
Bolker J.A., Raff R.A. 1996. Developmental genetics and traditional homology // Bioessays. V. 18. P. 489-494.
Brigandt I. 2003. Homology in comparative, molecular, and evolutionary developmental biology: The radiation of a concept // J. Exp. Zool. (Mol. Dev. Evol.) V. 299B. P. 9-17.
Butler A.B., Saidel W.M. 2000. Defining sameness: Historical, biological and generative homology // Bioessays. V. 22. P. 846-853.
Cairns-Smith A. G. 1982. Genetic takeover and the mineral origins of life. Cambridge, UK: Cambridge University Press. 477 p.
Campbell D.T. 1974. Evolutionary Epistemology // Ed. Overman S. Methodology and Epistemology for Social Sciences. Chicago: The Univ. of Chicago Press. P. 393-434.
Campbell D.T. 1981. Levels of Organization, selection, and information storage in biological and social evolution // The Behavioral and Brain Sciences. V. 4. № 2. Р. 236-237.
Cohn M.J. 2002. Lamprey Hox genes and the origin of jaws // Nature. V. 416. P. 386-387.
Conway-Morris S. 2003. The Cambrian “explosion” of metazoans and molecular biology: would Darwin be satisfied? // Int. J. Dev. Biol. V. 47. P. 505-515.
Cracraft J. 2005. Phylogeny and evo-devo: Characters, homology, and the historical analysis of the evolution of development // Zoology. V. 108. P. 345-356.
Cycles of Contingency: Developmental Systems and Evolution (Life and Mind: Philosophical Issues in Biology and Psychology). 2001. Oyama S., P.E. Griffiths, R.D. Gray, eds. Cambridge, M.A.: MIT Press. P. 544
Davidson E.H., Peterson K.J., Cameron R.A. 1995. Origin of Bilaterian Body Plans: Evolution of Developmentary Regulatory Mechanisms // Science. V. 270. P. 1319-1325.
Davidson E.H., McClay D.R., Hood L. 2003. Regulatory gene networks and the properties of the developmental process // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. V. 100. P. 1475-1480.
de Beer G. 1971. Homology: An Unsolved Problem. Oxford Biology Reader. № 11. London: Oxford University Press. 61 pp.
de Pinna M.G.G. 1991. Concepts and tests of homology in the cladistic paradigm // Cladistics. V. 7. P. 367-394.
Dickinson W.J. 1995. Molecules and morphology: Where’s the homology? // Trends Genet. V. 11. P. 119-121.
Dillon N. 2003. Position, Please… // Nature, V. 425, P. 457.
Donoghue M.J. 1992. Homology // In: Keller E.F., Lloyd E.A. (eds). Keywords in Evolutionary Biology. Cambridge, MA: Harvard University Press. P. 170-179.
Doolittle W.F. 1998. You are what you eat: a gene transfer rachet could account for bacterial genes in eukaryotic genomes // Trends Genet. V. 14. P. 307-311.
Doolittle W.F. 1999a. Lateral genomics // Trends Cell. Biol. V. 9. P. 5-9.
Doolittle W.F. 1999b. Phylogenetics classification and the universal tree // Science. V. 284. P. 2124-2128.
Duboule D., Wilkins A.S. 1998. The evolution of “bricolage” // Trends Genet. V. 14. P. 54-59.
Ferrier D.E.K., Mingullon C. 2003. Evolution of the Hox/ParaHox gene clusters // Int. J. Dev. Biol. V. 47. P. 605-611.
Finnerty J.R. 2003. The origins of axial patterning in the metazoan: how old is bilateral symmetry? // Int. J. Dev. Biol. V. 47. P. 523-529.
Finnerty J.R., Martindale M.Q. 1999. Ancient origins of axial patterning genes: Hox genes and ParaHox genes in the Cnidaria // Evol. Dev. V. 1. P. 16-23.
Finta C., P.G. Zaphiropoulos. 2001. A Statistical View of Genome Transcription // Journal of Molecular Evolution. V. 53. P. 160-162.
Gerhart J., Kirschner M. 1997. Cells, Embryos, and Evolution. Boston: Blackwell Science.
Ghysen G. 2003. The origin and evolution of nervous system // Int. J. Dev. Biol. V. 47. P. 555-562.
Gilbert S.F. 2003. Opening Darwin’s blach box: teaching evolution through developmental genetics // Nature Rev. Genet. V. 4. P. 735-741.
Gilbert S.F., Opitz J.M., Raff R.A. 1996. Resynthesizing evolutionary and developmental biology // Dev. Biol. V. 173. P. 357-372.
Gilbert W. 1986. The RNA world // Nature. V. 319. P. 618.
Goldschmidt R. 1940. The Material Basis of Evolution. New Haven: Yale Univ. Press. 436 р.
Goodwin B.C. 1985. What are the Causes of Morphogenesis? // Bioessays. V. 3. P. 32-36
Goodwin B.C. 1994. Homology, development, and heredity // In: Hall B.K., ed. Homology: The Hierarchical Basis of Comparative Biology. San Diego: Academic Press. P. 229-247.
Gould S.J. 2002. The Structure of Evolutionary Theory. The Belknap Press of Harvard University Press, Cambridge (Mass.), London (England). 1433 pp.
Graveley B.R. 2001. Alternative splicing: increasing diversity in the proteomic world // Trends. Genet. V. 17. № 2. P. 100-106.
Griffiths P., Gray R.D. 1994. Developmental Systems and Evolutionary Explanations // J. of Philosophy. V. 91. P. 277-304.
Griffiths, P.E. and K. Stotz. 2006. Genes in the Postgenomic Era // Theoretical Medicine and Bioethics. 27 (6): 499-521.
Jain R., Rivera M.C., Lake J.A. 1999. Horizontal transfer among genomes: the complexity hypothesis // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. V. 96. P. 3801-3806.
Joyce G.F., Orgel L.E. 1993. Prospects for understanding the origin of the RNA world // Eds Gesteland R.F., Atkins J.F. The RNA World. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor. P. 1-25.
Hager A.J., Pollard J.D., Szostak J.M. 1996. Ribozymes: aiming at RNA replication and protein synthesis // Chem. Biol. Vol. 3. P. 717-725.
Hall B.K. 1992. Evolutionary Developmental Biology. Chapman and Hall, New York. 491 p.
Hall B.K. 1994a. Introduction // In: Homology: the Hierarchical Basis of Comparative Biology. Academic Press, San Diego, CA. P. 1-19.
Hall B.K. (ed). 1994b. Homology: the Hierarchical Basis of Comparative Biology. Academic Press, San Diego, CA. 483 p.
Hall B.K. 1998. Evolutionary Developmental Biology. London: Chapman & Hall. 491 p.
Hall B.K. 2003. Descent with modification: the unity underlying homology and homoplasy as seen through an analysis of development and evolution // Biol. Rev. V. 78. P. 409-433.
Harold F.M. 2001. The Way of the Cell: Molecules, Organisms and the Order of Life. New York: Oxford University Press. 305 p.
Hayward D.C., Samuel G., Pontynen P.C., Catmull J., Saint R., Miller D.J., Ball E.E. 2002. Localized expression of a dpp/BMP2/4 ortholog in a coral embryo // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. V. 99. P. 8106-8111.
Hinman V.F., Nguyen A.T., Cameron A., Davidson E.H. 2003. Developmental gene regulatory network architecture across 500 million years of chinoderm evolution // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. V. 100. P. 13356-13361.
Hobmayer B., Rentzsch F., Kuhn K., Happel C.M., Von Laue C.C., Snyder P., Rothbacher U., Holstein T.W. 2000. WNT signaling molecules act in axis formation in the diploblastic metazoan Hydra // Nature. V. 407. P. 186-189.
Hoffmeyer J. 1992. Some Semiotic Aspects of the Psycho-Physical Relation: The Endo-Exosemiotic Boundary // Th. A. Sebeok, J. Umiker-Sebeok (eds). Biosemiotics: The Semiotic Web 1991. Berlin: Mouton de Gruyter. P. 101-123.
Hoffmeyer J. 1997. Biosemiotics: Toward a New Synthesis in Biology // European J. for Semiotic Studies. V. 9. № 2. P. 355-376.
Hoffmeyer J., Emmeche C. 1991. Code-duality and the semiotics of nature // Eds M. Anderson, F. Merrell. On Semiotic Modeling. Mouton de Gruyter. P. 117-166.
Kapranov P., J. Drenkow, J. Cheng, J. Long, H. Gregg, S. Dike, and T.R. Gingeras. 2005. Examples of the Complex Architecture of the Human Transcriptome Revealed by Race and High-Density Tiling Arrays // Genome research. V. 15. P. 987-997.
Koonin E.V., Makarova K.S., Arvind L. 2001. Horizontal gene transfer in prokaryotes. Quantification and classification // Ann. Rev. Microbiol. V. 55. P. 709-742.
Kozmik Z., Daube M., Frei E., Norman B., Kos L., Dishaw L.J., Noll M., Piatigorsky J. 2003. Role of Pax genes in eye evolution: cnidarian PaxB gene uniting Pax2 and Pax6 functions // Dev. Cell. V. 5. P. 773-785.
Kull K. 1993. Semiotic Paradigm in Theoretical Biology // Kull K., Tiivel T. (eds) Lectures in Theoretical Biology: Second Stage. Tallinn: Estonian Academy of Sciences. P. 52-62.
Kull K. 1998. Organism as a self-reading text: anticipation and semiosis // Internat. J. of Computing Anticipatory Systems. V. 1. P. 93-104.
Laubichler M. 2000. Homology in development and the development of the homology concept // Am. Zool. V. 40. P. 777-788.
Levine M., Davidson E.H. 2005. Gene regulatory networks for development // Proc.Natl.Acad.Sci. V. 102. P. 4936-4942.
Lewontin R.C. 1992. The dream of the Human Genome // The New York Review, May 28. P. 31-40.
Lorenz K. 1973. Die Ruckseite des Spiegels: Versuch einer Naturgeschichte menschlichen Erkennens. Munchen/Zurich: Piper. 338 p.
Meyer A. 1999. Homology and homoplasy: the retention of genetic programmes // Homology Novartis Foundation Symposium 222. Bock G.R. and Cardew G. (eds). John Wiley & Sons, Chichester. 266 p.
Mitgutsch C. 2003. On Carl Gegenbaur’s theory on head metamerism and the selection of taxa for comparisons // Theory Biosci. V. 122. P. 204-229.
Owen R. 1843. Lectures on the Comparative Anatomy and Physiology of the Invertebrate Animals. Delivered at the Royal College of Surgeons, in 1843. London: Longman, Brown, Green, and Longmans.
Oyama S. 1995. The Accidental Chordate: Contingency in Developmental System // The South Atlantic Quarterly. V. 94. № 2. P. 509-526.
Panchen A.L. 1994. Richard Owen and the concept of homology. In: Hall B.K. (ed.) Homology: The Hierarchical Basis of Comparative Biology. San Diego: Academic Press. P. 21-62.
Patel N., Ball E.E., Goddman C.S. 1992. Changing role of even-skipped during the evolution if insect pattern formation // Nature. V. 357. P. 339-342.
Patterson C.1982. Morphological characters and homology // In: Joysey K.A., Friday A.E., eds. Problems of Phylogenetic Reconstruction. London: Academic Press. P. 21-62.
Petit J.-R., Mounier L., Louzel J., Korotkevich Y.S., Kotliakov V.M., Louris C. 1990. Paleoclimatological and Chronological Implications of the Vostok Core Dust Record // Nature. № 343. P. 56-58.
Plotkin H. 1987. Evolutionary Epistemology and the Synthesis of Biological and Social Science // Eds W. Callebaut, R. Pinxten. Evolutionary Epistemology. A Multiparadigm Program. D. Reidel. P. 75-96.
Plotkin H. 1988. Learning and Evolution // Ed. Plotkin H. The Role of Behavior in Evolution. The MIT Press. P. 133-164.
Pourquie O. 2003. Vertebrate somitogenesis: a novel paradigm for animal segmentation? // Int. J. Dev. Biol. V. 47. P. 597-603.
Queitsch C., Sangster T.A., Lindquist S. 2002. Hsp90 as a capacitor of phenotypic variation // Nature. V. 417. P. 618–624.
Reading H.G. 1996. Sedimentary Environments: Processes, Facies and Stratigraphy. Oxford: Blackwell Science. 688 p.
Remane A. 1952. Die Grundlagen des naturlichen System, der vergleichenden Anatomie und der Phylogenetik. Konigsstein: Otto Koeltz. Leipzig: Akademische Verlagsgesellschaft. 364 p.
Revilla-y-Domingo R., Davidson E.H. 2003. Developmental gene network analysis // Int. J. Dev. Biol. V. 47. P. 695-703.
Roth V.L. 1988. The biological basis of homology // In: Humphries C.J., ed. Ontogeny and Systematics. New York: Columbia University Press. P. 1-26.
Rudel D., Sommer R.J. 2003. The evolution of developmental mechanisms // Dev. Biol. V. 264. P. 15-37.
Rutherford S.L., Lindquist S. 1998. Hsp90 as a capacitor for morphological evolution // Nature. V. 396. P. 336–342.
Scholz C.B., Technau U. 2003. The ancestral role of Brachyury: expression of NemBra1 in the basal cnidarian Nematosella vectensis (Anthozoa) // Dev. Gen. Evol. V. 212. P. 563-570.
Scotland R., Pennington R.T. (eds.) 2000. Homology and Systematics. Taylor & Francis, London.
Smith K.K. 2001. Heterochrony revisited: the evolution of developmental sequences // Biol. J. Linn. Soc. V. 73. P. 169-186.
Seipp S., Schmich J., Leitz T. 2001. Apoptosis – a death-inducing mechanism tightly linked with morphogenesis in Hydractinia echinata (Cnidaria, Hydrozoa) // Development. V. 128. P. 4891-4898.
Snyder M., M. Gerstein. 2003. Defining Genes in the Genomics era // Science. V. 300. P. 258-260.
Sokol D.L., Murrey J.D. 1996. Antisense and ribozyme constructs in transgenic animals // Transgenic. Res. V. 5. P. 363-371.
Sprecher S.G., Reichert H. 2003. The urbilaterian brain: developmental insights into the evolutionary origin of brain in insects and vertebrates // Arthropod Struc. Dev. V. 32. P. 141-156.
Spring J., Yanze N., Josch C., Middel A.M., Winniger B., Schmid V. 2002. Conservation of Brachyury, Mef2, and Snail in the myogenic lineage of jellyfish: a connection to the mesoderm of bilateria // Dev. Biol. V. 244. P. 372-384.
Svensson M.E. 2004. Homology and homocracy revisited: gene expression patterns and hypotheses of homology // Dev. Genes Evol. V. 214. P. 418-421.
Technau U., Scholz C.B. 2003. Origin and evolution of endoderm and mesoderm // Int. J. Dev. Biol. V. 47. P. 531-539.
Todd A. Sangster, Susan Lindquist, and Christine Queitsch. 2004. Under cover: causes, effects and implications of Hsp90-mediated genetic capacitance // BioEssays. V. 26. P. 348–362.
Valentine J.W., Jablonski D. 2003. Morphological and developmental macroevolution: a paleontological perspective // Int. J. Dev. Biol. V. 47. P. 517-522.
Vehkavaara T. 1998. Extended concept of knowledge for evolutionary epistemology and for biosemiotics. Hierarchies of storage and subject of knowledge // Eds G.L. Farra, T. Oksala. Emergence, Complexity, Hierarchy, Organization. Selected and edited papers from ECHO III. Acta Polytechnica Scandinavica: Mathematics, computing and management in engineering series. № 91. Р. 207-216.
Wagner G. 1989. The biological Homology Concept // Annual review of Ecology and Systematics. V. 20. P. 51-69.
Wagner G.P. 2001. What is the promise of developmental evolution? Part II: a causal explanation of evolutionary innovations may be impossible // J. Exp. Zool. (Mol. Dev. Evol.) V. 291. P. 305-309.
Wake D.B. 2003. Homology and homoplasy // In: Hall B.K., Olson W.M. (eds). Keywords and concepts in evolutionary developmental biology. Harvard University Press. Cambridge, Mass., P. 191-201.
Waters C.K. 1994. Genes Made Molecular // Philosophy of Science. V. 61. P. 163-185.
Waters C.K. 2000. Molecules Made Biological // Rev. Int. de Philosophie. V. 4 (214). P. 539-564.
Wells J. 1996. Unseating Naturalism: Recent Insights from Developmental Biology // Presented at a conference on Mere Creation: Reclaiming the Book of Nature, Biola University, Los Angeles.
Wells J. 1997. Homology in Biology. A Problem for Naturalistic Science // Origin and Design. V. 18. N. 2. Conference on Naturalism, Theism and the Scientific Enterprise, University of Texas, Austin, Febrary 1997.
Wells J. 2000. Icons of evolution: science or myth?: why much of what we teach about evolution is wrong // Regnery, Washington DC, 338 p.
Wikramanayake A.H., Hong M., Lee P.N., Pang K., Byrum C.A., Bince J.M., Xu R., Martindale M.Q. 2003. An ancient role for nuclear b-catenin in the evolution of axial polarity and germ layer specification // Nature. V. 426. P. 446-450.
Williams G.C. 1966. Adaptation and Natural Selection: a Critique of Some Current Evolutionary Thought. Princeton, N.J.: Princeton University Press. 291 p.
Woese C.R. 1987. Bacterial evolution // Microbiol.Rev. V. 51. P. 221-271.
Woese C.R. 2000. Interpreting the universal phylogenetic tree // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. V. 97. P. 8392-8396.
Woese C.R., Kandler O., Wheelis L.M. 1990. Towards a natural systems of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria and Eucaria // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. V. 87. P. 4576-4579.
Wray G.A., Abouheif E. 1998. When is homology not homology? // Curr. Op. Genet. Dev. V. 8. P. 675-680.
Yanze N., Spring J., Schmidli C., Schmid V. 2001. Conservation of Hox/ParaHox-relared genes in the early development of a cnidarian // Dev. Biol. V. 236. P. 89-98.
Zuckerkandl E. 1994. Molecular pathways to parallel evolution: 1. Gene nexuses and their morphological correlates // J. Mol. Evol. V.39. P. 661-678.
Уровневость жизни: вместо заключения
И генотип (в данном случае нуклеиновые кислоты), и фенотип – самовоспроизводящиеся системы. Живое представляет собой не простую самовоспроизводящуюся систему, а (минимально) двухуровневую – состоящую из качественно различных и связанных между собой уровней, каждый из которых представляет собой относительно независимую самовоспроизводящуюся систему, причем каждый уровень самовоспроизводится со своей скоростью (Kull, 1993, 1998).
Это же наложение самовосстанавливающихся систем создало предпосылки возникновения интуитивно важного качества жизни – «жизненного порыва». Ведь химреагенты не бегают друг за другом, чтобы вступить в реакцию, но даже прокариоты ориентируются по градиенту пищи. Живое заинтересовано в своем выживании – это качество нечасто привлекает внимание при обсуждении проблем эволюции. Эта грань между живым и неживым была преодолена тем же образованием двойной системы развития. Оба качественно различных этажа ее были самовосстанавливающимися системами и циклически функционировали, но различались не только надежность (и способ) хранения информации, но и скорость цикла. Именно включенность одних самовосстанавливающихся циклических процессов в другие придало системе вид «мотивированной», стремящейся к жизни, неравнодушной к гибели. Более вырожденный, абстрактный и внутренне «пустой» цикл придавал целевую функцию совокупности более быстрых метаболических циклов.
Появление генотипа не потому обозначает появление жизни, что геном есть жизнь или геном делает жизнь, а потому, что выдифференцировка генома обозначает появление особого типа организации развивающегося целого. Это стадия, когда потребовалось выделить постоянную память. Это сигнал о старте повышения организации фенотипа, а не само это повышение. Генотип есть редукция, высвобождающая возможность неограниченного роста сложности.
Гипотеза о том, что жизнь появляется в результате дифференцировки уже наличного, выделению нового типа памяти систем путем редукции наличной памяти, приводит к представлению об «уровневой» природе жизни. Ниже клетки и выше организма жизни нет. Экосистема не живая, как и молекулы. И в этом смысле жизнь зависит от точки зрения наблюдателя. Если наблюдатель будет полагать фундаментальными взаимодействия на уровне молекул, жизни он не заметит. То есть жизнь существует – и жизнь можно наблюдать – лишь как уровень организации, а не как «тело». Именно по этой причине мир может быть описан с физико-химической точки зрения, игнорирующей уровень жизни – и нигде такое описание с жизнью не столкнется.
Жизнь маркируется возникновением двойного развития, и как жизнь не существует ниже некоторого уровня организации (нет живых атомов и молекул), так ее нет и выше определенного уровня организации. Предживыми следует считать процессы сукцессии и филоценогенеза, развитие экосистем (биогеоценогенез), почв, ландшафтов и биосферы в целом.
Литература.
Барсков И.С, Жерихин В.В., Раутиан А.С. 1996. Проблемы эволюции биологического разнообразия // Журнал общей биологии. Т. 57. №. 2. С. 14-39.
Беклемишев В.Н. 1970. Биоценологические основы сравнительной паразитологии. М.: Наука. 502 с.
Белоусов Л.В. 1980. Введение в общую эмбриологию. М.: Изд. МГУ. 211 с.
Белоусов Л.В. 1987. Биологический морфогенез. М.: Изд. МГУ. 238 с.
Борхвардт В.Г. 1988. Гомология: живое учение или догма? // Вестник Ленинградского университета. Сер. 3. Вып. 4. № 24. С. 3-7
Бэр К.М. 1950. История развития животных. Т. 1. М.: Изд. АН СССР. 466 с.
Вернадский В.И. 1940. Биогеохимические очерки (1922-1932). М.;Л.: Изд. АН СССР. 250 с.
Вильсон К., Когут Дж. 1975. Ренормализационная группа и эпсилон-разложение // Серия "Новости фундаментальной физики". Вып. 5. М.: Мир. 253 c.
Волькенштейн М.В. 1981. Биофизика. М.: Наука. 591 с.
Гиляров М.С. 1964. Современные представления о гомологии // Успехи современной биологии. Т. 57. Вып. 2. С. 300-316.
Голубовский М.Д. 1985. Организация генотипа и формы наследственной изменчивости эукариот // Молекулярные механизмы генетических процессов. Молекулярная генетика, эволюция и молекулярно-генетические основы селекции. М.: Наука. С. 146-162.
Заварзин Г.А. 1984. Роль бактерий в геохимическом прошлом Земли // Сравнительная планетология. М.: Наука. С. 129-135.
Заварзин Г.А. 2003. Эволюция микробных сообществ. Доклад, прочитанный на теоретическом семинаре геологов и биологов "Происхождение живых систем". 15-20 августа 2003 г., Горный Алтай, стационар "Денисова Пещера". http://macroevolution.narod.ru/zavarzin
Жерихин В.В. 2003. Избранные труды. М.: КМК. 542 с.
Камшилов М.М. 1970. Биотический круговорот. М.: Наука. 160 с.
Кернс-Смит А. Дж. 1985. Первые организмы // В мире науки. № 8. С. 46-55.
Кузнецов А.Н. 1999. Планы строения конечностей и эволюция техники бега у тетрапод. М.: Зоомузей МГУ. 91 с.
Луман Н. 2005. Эволюция. М.: Логос. 256 с.
Любарский Г.Ю. 1996. Архетип, стиль и ранг в биологической систематике. КМК Scientific Press. 432 с.
Любищев А.А. 1925. О природе наследственных факторов // Известия Биологического н.-и. института при Пермском ун-те. Т. 4. Прил. 1. С. 1-142.
Ляпунов А.А. 1980. О соотношении понятий материя, энергия и информация // Проблемы теоретической и прикладной кибернетики. М.: Наука. С. 320-323.
Марфенин Н.Н. 2004. Современные представления о целостности биологических систем // Системный подход в современной науке (к столетию Людвига фон Берталанфи). М.: Прогресс-Традиция. 2004. С. 436-458.
Патрушев Л.И. 2000. Экспрессия генов. М.: Наука. 526 с.
Расницын А.П. 2006. Летопись и кладограмма // Ред. С.В. Рожнов. Эволюция биосферы и разнообразия. М.: КМК. С. 39-48.
Раутиан А.С. 1988. Палеонтология как источник сведений о закономерностях и факторах развития // Ред. В.В. Меннер, В.П. Макридин. Современная палеонтология. М.: Недра. Т. 2. С. 76-118.
Раутиан А.С. 1993. О природе генотипа и наследственности. // Журнал общей биологии. Т. 54. № 2. С.76-118.
Раутиан А.С., Жерихин В.В. 1997. Модели эволюции сообществ (филоценогенеза) и уроки экологических кризисов геологического прошлого Земли // Журнал общей биологии, Т. 58, № 4. С. 20-47.
Руттен М. 1973. Происхождение жизни (естественным путём). М.: Мир. 412 с.
Светлов П.Г. 1978. Физиология (механика) развития. Л.: Наука. Т. 1. 279 с. Т. 2. 263 с.
Северцов А.Н. 1939. Морфологические закономерности эволюции. М.-Л. Изд. АН СССР. 610 с.
Симаков К.В. 1999. Введение в теорию геологического времени. Магадан. 566 с.
Соколов Б.С., Барсков И.С. 1988. Палеонтология и эволюция биосферы // Ред. В.В. Меннер, В.П. Макридин. Современная палеонтология. М.: Недра. Т. 2. С. 245-254.
Стил Э., Линдли Р., Бландэн Р. 2002. Что, если Ламарк прав? Иммуногенетика и эволюция. М.: Мир. 237 с.
Таргульян В.О. 1986. Некоторые теоретические проблемы почвоведения как науки о Земле // Почвоведение. № 12. С. 107-116.
Таргульян В.О. 2005. Концепция памяти почв: развитие фундаментальной базы генетического почвоведения // Ред. Н.Ф. Глазовский. Многоликая география. М.: КМК. С. 114-131.
Таргульян В.О., Соколов И.А. 1978. Структурный и функциональный подход к почве: почва-память и почва-момент // Математическое моделирование в экологии. М.: Наука. С. 17-33.
Татаринов Л.П. 1984. Кладистический анализ и филогенетика // Палеонтологичексий журнал. №3. С. 3-16.
Уоддингтон К.Х. 1947. Организаторы и гены. М.: Иностр. Лит. 240 с.
Уоддингтон К.Х. 1964. Морфогенез и генетика. М.: Мир. 259 с.
Уоддингтон К.Х. 1970. Основные биологические концепции // На пути к теоретической биологии. 1. Пролегомены. М.: Мир. С. 11-36.
Хесин Р.Б. 1984. Непостоянство генома. М.: Наука. 472 с.
Чайковский Ю.В. 2003. Эволюция. М.: Центр системных исследований. 472 с.
Чернавский Д.С. 2004. Синергетика и информация: динамическая теория информации. М.: Эдиториал-УРСС. 287 с.
Шанцер Е.В. 1966. Очерки учения о генетических типах континентальных образований. М.: Наука. 239 с.
Шестаков С.В. 2003. О ранних этапах биологической эволюции с позиций геномики // Палеонтологический журнал. № 6. С. 50-57.
Шишкин М.А. 1981. Закономерности эволюции онтогенеза // Журнал общей биологии. Т. 42. № 1. С. 38-54.
Шишкин М.А. 1984а. Индивидуальное развитие и естественный отбор // Онтогенез. Т. 15. № 2. С. 115-136.
Шишкин М.А. 1984б. Фенотипические реакции и эволюционный процесс // Экология и эволюционная теория. Л.: Наука. С. 196-216.
Шишкин М.А. 1987. Индивидуальное развитие и эволюционная теория // Эволюция и биоценотические кризисы. М.: Наука. С. 76-124.
Шишкин М.А. 1988а. Эволюция как эпигенетический процесс // Ред. В.В. Меннер, В.П. Макридин. Современная палеонтология. Т. 2. М.: Недра. С. 142-169.
Шишкин М.А. 1988б. Закономерности эволюции онтогенеза // Ред. В.В. Меннер, В.П. Макридин. Современная палеонтология. Т. 2. М.: Недра. С. 169-209.
Шмальгаузен И.И. 1935. Основы сравнительной анатомии позвоночных животных. М.; Л.: Гос. изд-во биол. и мед. лит. 924 с.
Шмальгаузен И.И. 1940. Изменчивость и смена адаптивных норм в процессе эволюции // Журнал общей биологии. Т. 1. № 4. С. 509-525.
Шмальгаузен И.И. 1968. Факторы эволюции. М.: Наука. 451 с.
Шмальгаузен И.И. 1969. Проблемы дарвинизма. Л.: Наука. 493 с.
Шмальгаузен И.И. 1982. Организм как целое в индивидуальном и историческом развитии. Избр. тр. М.: Наука. 382 с.
Шмальгаузен И.И. 1983. Пути и закономерности эволюционного процесса. Избр. тр. М.: Наука. 360 с.
Эшби У.Р. 1959. Введение в кибернетику. М.: Иностранная литература. 430 с.
Abouheif E. 1997. Developmental genetics and homology: A hierarchical approach // Trends Ecol. Evol. V. 12. P. 405-408.
Abouheif E. 1999. Establishing homology criteria for regulatory gene networks: prospects and challenges // In: Bock G.R., Cardew G. (eds). Homology. Novartis Foundation Symp. № 222. Wiley, Chichester, UK. P. 207-221.
Baguna J., Garcia-Fernandez J. 2003. Evo-Devo: the Long and Winding Road // Int. J. Dev. Biol. V. 47. P. 705-713.
Balavoine G., Adoutte A. 2003. The segmented Urbilateria: a testable scenario // Integr. Comp. Biol. V. 43. P. 137-147.
Black D.L. 2000. Protein diversity from alternative splicing: a challenge for bioinformatics and post-genome biology // Cell. V. 103. № 3. P. 367-370.
Bock W.J. 1973. Philosophical foundations of classical evolutionary classifications // Systematic Zoology. V. 22. No. 4. Р. 375-392
Bolker J.A., Raff R.A. 1996. Developmental genetics and traditional homology // Bioessays. V. 18. P. 489-494.
Brigandt I. 2003. Homology in comparative, molecular, and evolutionary developmental biology: The radiation of a concept // J. Exp. Zool. (Mol. Dev. Evol.) V. 299B. P. 9-17.
Butler A.B., Saidel W.M. 2000. Defining sameness: Historical, biological and generative homology // Bioessays. V. 22. P. 846-853.
Cairns-Smith A. G. 1982. Genetic takeover and the mineral origins of life. Cambridge, UK: Cambridge University Press. 477 p.
Campbell D.T. 1974. Evolutionary Epistemology // Ed. Overman S. Methodology and Epistemology for Social Sciences. Chicago: The Univ. of Chicago Press. P. 393-434.
Campbell D.T. 1981. Levels of Organization, selection, and information storage in biological and social evolution // The Behavioral and Brain Sciences. V. 4. № 2. Р. 236-237.
Cohn M.J. 2002. Lamprey Hox genes and the origin of jaws // Nature. V. 416. P. 386-387.
Conway-Morris S. 2003. The Cambrian “explosion” of metazoans and molecular biology: would Darwin be satisfied? // Int. J. Dev. Biol. V. 47. P. 505-515.
Cracraft J. 2005. Phylogeny and evo-devo: Characters, homology, and the historical analysis of the evolution of development // Zoology. V. 108. P. 345-356.
Cycles of Contingency: Developmental Systems and Evolution (Life and Mind: Philosophical Issues in Biology and Psychology). 2001. Oyama S., P.E. Griffiths, R.D. Gray, eds. Cambridge, M.A.: MIT Press. P. 544
Davidson E.H., Peterson K.J., Cameron R.A. 1995. Origin of Bilaterian Body Plans: Evolution of Developmentary Regulatory Mechanisms // Science. V. 270. P. 1319-1325.
Davidson E.H., McClay D.R., Hood L. 2003. Regulatory gene networks and the properties of the developmental process // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. V. 100. P. 1475-1480.
de Beer G. 1971. Homology: An Unsolved Problem. Oxford Biology Reader. № 11. London: Oxford University Press. 61 pp.
de Pinna M.G.G. 1991. Concepts and tests of homology in the cladistic paradigm // Cladistics. V. 7. P. 367-394.
Dickinson W.J. 1995. Molecules and morphology: Where’s the homology? // Trends Genet. V. 11. P. 119-121.
Dillon N. 2003. Position, Please… // Nature, V. 425, P. 457.
Donoghue M.J. 1992. Homology // In: Keller E.F., Lloyd E.A. (eds). Keywords in Evolutionary Biology. Cambridge, MA: Harvard University Press. P. 170-179.
Doolittle W.F. 1998. You are what you eat: a gene transfer rachet could account for bacterial genes in eukaryotic genomes // Trends Genet. V. 14. P. 307-311.
Doolittle W.F. 1999a. Lateral genomics // Trends Cell. Biol. V. 9. P. 5-9.
Doolittle W.F. 1999b. Phylogenetics classification and the universal tree // Science. V. 284. P. 2124-2128.
Duboule D., Wilkins A.S. 1998. The evolution of “bricolage” // Trends Genet. V. 14. P. 54-59.
Ferrier D.E.K., Mingullon C. 2003. Evolution of the Hox/ParaHox gene clusters // Int. J. Dev. Biol. V. 47. P. 605-611.
Finnerty J.R. 2003. The origins of axial patterning in the metazoan: how old is bilateral symmetry? // Int. J. Dev. Biol. V. 47. P. 523-529.
Finnerty J.R., Martindale M.Q. 1999. Ancient origins of axial patterning genes: Hox genes and ParaHox genes in the Cnidaria // Evol. Dev. V. 1. P. 16-23.
Finta C., P.G. Zaphiropoulos. 2001. A Statistical View of Genome Transcription // Journal of Molecular Evolution. V. 53. P. 160-162.
Gerhart J., Kirschner M. 1997. Cells, Embryos, and Evolution. Boston: Blackwell Science.
Ghysen G. 2003. The origin and evolution of nervous system // Int. J. Dev. Biol. V. 47. P. 555-562.
Gilbert S.F. 2003. Opening Darwin’s blach box: teaching evolution through developmental genetics // Nature Rev. Genet. V. 4. P. 735-741.
Gilbert S.F., Opitz J.M., Raff R.A. 1996. Resynthesizing evolutionary and developmental biology // Dev. Biol. V. 173. P. 357-372.
Gilbert W. 1986. The RNA world // Nature. V. 319. P. 618.
Goldschmidt R. 1940. The Material Basis of Evolution. New Haven: Yale Univ. Press. 436 р.
Goodwin B.C. 1985. What are the Causes of Morphogenesis? // Bioessays. V. 3. P. 32-36
Goodwin B.C. 1994. Homology, development, and heredity // In: Hall B.K., ed. Homology: The Hierarchical Basis of Comparative Biology. San Diego: Academic Press. P. 229-247.
Gould S.J. 2002. The Structure of Evolutionary Theory. The Belknap Press of Harvard University Press, Cambridge (Mass.), London (England). 1433 pp.
Graveley B.R. 2001. Alternative splicing: increasing diversity in the proteomic world // Trends. Genet. V. 17. № 2. P. 100-106.
Griffiths P., Gray R.D. 1994. Developmental Systems and Evolutionary Explanations // J. of Philosophy. V. 91. P. 277-304.
Griffiths, P.E. and K. Stotz. 2006. Genes in the Postgenomic Era // Theoretical Medicine and Bioethics. 27 (6): 499-521.
Jain R., Rivera M.C., Lake J.A. 1999. Horizontal transfer among genomes: the complexity hypothesis // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. V. 96. P. 3801-3806.
Joyce G.F., Orgel L.E. 1993. Prospects for understanding the origin of the RNA world // Eds Gesteland R.F., Atkins J.F. The RNA World. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor. P. 1-25.
Hager A.J., Pollard J.D., Szostak J.M. 1996. Ribozymes: aiming at RNA replication and protein synthesis // Chem. Biol. Vol. 3. P. 717-725.
Hall B.K. 1992. Evolutionary Developmental Biology. Chapman and Hall, New York. 491 p.
Hall B.K. 1994a. Introduction // In: Homology: the Hierarchical Basis of Comparative Biology. Academic Press, San Diego, CA. P. 1-19.
Hall B.K. (ed). 1994b. Homology: the Hierarchical Basis of Comparative Biology. Academic Press, San Diego, CA. 483 p.
Hall B.K. 1998. Evolutionary Developmental Biology. London: Chapman & Hall. 491 p.
Hall B.K. 2003. Descent with modification: the unity underlying homology and homoplasy as seen through an analysis of development and evolution // Biol. Rev. V. 78. P. 409-433.
Harold F.M. 2001. The Way of the Cell: Molecules, Organisms and the Order of Life. New York: Oxford University Press. 305 p.
Hayward D.C., Samuel G., Pontynen P.C., Catmull J., Saint R., Miller D.J., Ball E.E. 2002. Localized expression of a dpp/BMP2/4 ortholog in a coral embryo // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. V. 99. P. 8106-8111.
Hinman V.F., Nguyen A.T., Cameron A., Davidson E.H. 2003. Developmental gene regulatory network architecture across 500 million years of chinoderm evolution // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. V. 100. P. 13356-13361.
Hobmayer B., Rentzsch F., Kuhn K., Happel C.M., Von Laue C.C., Snyder P., Rothbacher U., Holstein T.W. 2000. WNT signaling molecules act in axis formation in the diploblastic metazoan Hydra // Nature. V. 407. P. 186-189.
Hoffmeyer J. 1992. Some Semiotic Aspects of the Psycho-Physical Relation: The Endo-Exosemiotic Boundary // Th. A. Sebeok, J. Umiker-Sebeok (eds). Biosemiotics: The Semiotic Web 1991. Berlin: Mouton de Gruyter. P. 101-123.
Hoffmeyer J. 1997. Biosemiotics: Toward a New Synthesis in Biology // European J. for Semiotic Studies. V. 9. № 2. P. 355-376.
Hoffmeyer J., Emmeche C. 1991. Code-duality and the semiotics of nature // Eds M. Anderson, F. Merrell. On Semiotic Modeling. Mouton de Gruyter. P. 117-166.
Kapranov P., J. Drenkow, J. Cheng, J. Long, H. Gregg, S. Dike, and T.R. Gingeras. 2005. Examples of the Complex Architecture of the Human Transcriptome Revealed by Race and High-Density Tiling Arrays // Genome research. V. 15. P. 987-997.
Koonin E.V., Makarova K.S., Arvind L. 2001. Horizontal gene transfer in prokaryotes. Quantification and classification // Ann. Rev. Microbiol. V. 55. P. 709-742.
Kozmik Z., Daube M., Frei E., Norman B., Kos L., Dishaw L.J., Noll M., Piatigorsky J. 2003. Role of Pax genes in eye evolution: cnidarian PaxB gene uniting Pax2 and Pax6 functions // Dev. Cell. V. 5. P. 773-785.
Kull K. 1993. Semiotic Paradigm in Theoretical Biology // Kull K., Tiivel T. (eds) Lectures in Theoretical Biology: Second Stage. Tallinn: Estonian Academy of Sciences. P. 52-62.
Kull K. 1998. Organism as a self-reading text: anticipation and semiosis // Internat. J. of Computing Anticipatory Systems. V. 1. P. 93-104.
Laubichler M. 2000. Homology in development and the development of the homology concept // Am. Zool. V. 40. P. 777-788.
Levine M., Davidson E.H. 2005. Gene regulatory networks for development // Proc.Natl.Acad.Sci. V. 102. P. 4936-4942.
Lewontin R.C. 1992. The dream of the Human Genome // The New York Review, May 28. P. 31-40.
Lorenz K. 1973. Die Ruckseite des Spiegels: Versuch einer Naturgeschichte menschlichen Erkennens. Munchen/Zurich: Piper. 338 p.
Meyer A. 1999. Homology and homoplasy: the retention of genetic programmes // Homology Novartis Foundation Symposium 222. Bock G.R. and Cardew G. (eds). John Wiley & Sons, Chichester. 266 p.
Mitgutsch C. 2003. On Carl Gegenbaur’s theory on head metamerism and the selection of taxa for comparisons // Theory Biosci. V. 122. P. 204-229.
Owen R. 1843. Lectures on the Comparative Anatomy and Physiology of the Invertebrate Animals. Delivered at the Royal College of Surgeons, in 1843. London: Longman, Brown, Green, and Longmans.
Oyama S. 1995. The Accidental Chordate: Contingency in Developmental System // The South Atlantic Quarterly. V. 94. № 2. P. 509-526.
Panchen A.L. 1994. Richard Owen and the concept of homology. In: Hall B.K. (ed.) Homology: The Hierarchical Basis of Comparative Biology. San Diego: Academic Press. P. 21-62.
Patel N., Ball E.E., Goddman C.S. 1992. Changing role of even-skipped during the evolution if insect pattern formation // Nature. V. 357. P. 339-342.
Patterson C.1982. Morphological characters and homology // In: Joysey K.A., Friday A.E., eds. Problems of Phylogenetic Reconstruction. London: Academic Press. P. 21-62.
Petit J.-R., Mounier L., Louzel J., Korotkevich Y.S., Kotliakov V.M., Louris C. 1990. Paleoclimatological and Chronological Implications of the Vostok Core Dust Record // Nature. № 343. P. 56-58.
Plotkin H. 1987. Evolutionary Epistemology and the Synthesis of Biological and Social Science // Eds W. Callebaut, R. Pinxten. Evolutionary Epistemology. A Multiparadigm Program. D. Reidel. P. 75-96.
Plotkin H. 1988. Learning and Evolution // Ed. Plotkin H. The Role of Behavior in Evolution. The MIT Press. P. 133-164.
Pourquie O. 2003. Vertebrate somitogenesis: a novel paradigm for animal segmentation? // Int. J. Dev. Biol. V. 47. P. 597-603.
Queitsch C., Sangster T.A., Lindquist S. 2002. Hsp90 as a capacitor of phenotypic variation // Nature. V. 417. P. 618–624.
Reading H.G. 1996. Sedimentary Environments: Processes, Facies and Stratigraphy. Oxford: Blackwell Science. 688 p.
Remane A. 1952. Die Grundlagen des naturlichen System, der vergleichenden Anatomie und der Phylogenetik. Konigsstein: Otto Koeltz. Leipzig: Akademische Verlagsgesellschaft. 364 p.
Revilla-y-Domingo R., Davidson E.H. 2003. Developmental gene network analysis // Int. J. Dev. Biol. V. 47. P. 695-703.
Roth V.L. 1988. The biological basis of homology // In: Humphries C.J., ed. Ontogeny and Systematics. New York: Columbia University Press. P. 1-26.
Rudel D., Sommer R.J. 2003. The evolution of developmental mechanisms // Dev. Biol. V. 264. P. 15-37.
Rutherford S.L., Lindquist S. 1998. Hsp90 as a capacitor for morphological evolution // Nature. V. 396. P. 336–342.
Scholz C.B., Technau U. 2003. The ancestral role of Brachyury: expression of NemBra1 in the basal cnidarian Nematosella vectensis (Anthozoa) // Dev. Gen. Evol. V. 212. P. 563-570.
Scotland R., Pennington R.T. (eds.) 2000. Homology and Systematics. Taylor & Francis, London.
Smith K.K. 2001. Heterochrony revisited: the evolution of developmental sequences // Biol. J. Linn. Soc. V. 73. P. 169-186.
Seipp S., Schmich J., Leitz T. 2001. Apoptosis – a death-inducing mechanism tightly linked with morphogenesis in Hydractinia echinata (Cnidaria, Hydrozoa) // Development. V. 128. P. 4891-4898.
Snyder M., M. Gerstein. 2003. Defining Genes in the Genomics era // Science. V. 300. P. 258-260.
Sokol D.L., Murrey J.D. 1996. Antisense and ribozyme constructs in transgenic animals // Transgenic. Res. V. 5. P. 363-371.
Sprecher S.G., Reichert H. 2003. The urbilaterian brain: developmental insights into the evolutionary origin of brain in insects and vertebrates // Arthropod Struc. Dev. V. 32. P. 141-156.
Spring J., Yanze N., Josch C., Middel A.M., Winniger B., Schmid V. 2002. Conservation of Brachyury, Mef2, and Snail in the myogenic lineage of jellyfish: a connection to the mesoderm of bilateria // Dev. Biol. V. 244. P. 372-384.
Svensson M.E. 2004. Homology and homocracy revisited: gene expression patterns and hypotheses of homology // Dev. Genes Evol. V. 214. P. 418-421.
Technau U., Scholz C.B. 2003. Origin and evolution of endoderm and mesoderm // Int. J. Dev. Biol. V. 47. P. 531-539.
Todd A. Sangster, Susan Lindquist, and Christine Queitsch. 2004. Under cover: causes, effects and implications of Hsp90-mediated genetic capacitance // BioEssays. V. 26. P. 348–362.
Valentine J.W., Jablonski D. 2003. Morphological and developmental macroevolution: a paleontological perspective // Int. J. Dev. Biol. V. 47. P. 517-522.
Vehkavaara T. 1998. Extended concept of knowledge for evolutionary epistemology and for biosemiotics. Hierarchies of storage and subject of knowledge // Eds G.L. Farra, T. Oksala. Emergence, Complexity, Hierarchy, Organization. Selected and edited papers from ECHO III. Acta Polytechnica Scandinavica: Mathematics, computing and management in engineering series. № 91. Р. 207-216.
Wagner G. 1989. The biological Homology Concept // Annual review of Ecology and Systematics. V. 20. P. 51-69.
Wagner G.P. 2001. What is the promise of developmental evolution? Part II: a causal explanation of evolutionary innovations may be impossible // J. Exp. Zool. (Mol. Dev. Evol.) V. 291. P. 305-309.
Wake D.B. 2003. Homology and homoplasy // In: Hall B.K., Olson W.M. (eds). Keywords and concepts in evolutionary developmental biology. Harvard University Press. Cambridge, Mass., P. 191-201.
Waters C.K. 1994. Genes Made Molecular // Philosophy of Science. V. 61. P. 163-185.
Waters C.K. 2000. Molecules Made Biological // Rev. Int. de Philosophie. V. 4 (214). P. 539-564.
Wells J. 1996. Unseating Naturalism: Recent Insights from Developmental Biology // Presented at a conference on Mere Creation: Reclaiming the Book of Nature, Biola University, Los Angeles.
Wells J. 1997. Homology in Biology. A Problem for Naturalistic Science // Origin and Design. V. 18. N. 2. Conference on Naturalism, Theism and the Scientific Enterprise, University of Texas, Austin, Febrary 1997.
Wells J. 2000. Icons of evolution: science or myth?: why much of what we teach about evolution is wrong // Regnery, Washington DC, 338 p.
Wikramanayake A.H., Hong M., Lee P.N., Pang K., Byrum C.A., Bince J.M., Xu R., Martindale M.Q. 2003. An ancient role for nuclear b-catenin in the evolution of axial polarity and germ layer specification // Nature. V. 426. P. 446-450.
Williams G.C. 1966. Adaptation and Natural Selection: a Critique of Some Current Evolutionary Thought. Princeton, N.J.: Princeton University Press. 291 p.
Woese C.R. 1987. Bacterial evolution // Microbiol.Rev. V. 51. P. 221-271.
Woese C.R. 2000. Interpreting the universal phylogenetic tree // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. V. 97. P. 8392-8396.
Woese C.R., Kandler O., Wheelis L.M. 1990. Towards a natural systems of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria and Eucaria // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. V. 87. P. 4576-4579.
Wray G.A., Abouheif E. 1998. When is homology not homology? // Curr. Op. Genet. Dev. V. 8. P. 675-680.
Yanze N., Spring J., Schmidli C., Schmid V. 2001. Conservation of Hox/ParaHox-relared genes in the early development of a cnidarian // Dev. Biol. V. 236. P. 89-98.
Zuckerkandl E. 1994. Molecular pathways to parallel evolution: 1. Gene nexuses and their morphological correlates // J. Mol. Evol. V.39. P. 661-678.
