Ура! Наполовину свершилось. В терминальном виджете vte, который служит основой для gnome-terminal, приделали функцию vte_terminal_set_color_highlight для выбора цвета мышковыделения, о чём мне любезно сообщил главный vteвод Nalin Dahyabhai. И попросил зафайлить баг на gnome-terminal, чтобы там сделали соответствующий пунктик в настройках. Что я и сделал - bug #122413