jar = это несжатый zip (попробуй, переименуй в .zip). потому как скорость запуска
а gzip, bzip2, compress - это *nix решения

zlib используется на всех платформах, в том числе (насколько я помню) и в софте от Microsoft. Так что он не является чисто *nix-решением. Хотя, конечно, написан на С, а им нужно, чтобы все на Java было...вот и придумали unpack.

Проблема-то не в том, что jar - какой-то неправильный формат. Проблема в том, что они в постинстольном скрипте делают то, что должны делать при сборке rpm. Потому что они создают новые файлы, а файлы, входящие в пакет - удаляют, а за ними удаляют и сам распаковщик. А потом копируют man pages из каталога /usr/java/j2sdk$VERSION/man в /usr/local/man - ну не тупо ли?

В итоге представьте себе, что скажет rpm -V - уверяю вас, ничего хорошего.

Согласен. Бардак. Сжимать при паковке в rpm с последующим разжатием вообще бессмысленно - rpm итак не плохо жмет.

Очевидно, пакет далали виндузятники.
Расстрелять.

jar это как tar - просто сборщик файлов в кучу. Не, вру, он жмет. Но rle. :)
Все эти прелести - это наследие прошлого.