Долго ли? В таком случае ситуация была сходна с литовской. Но у нас практичеки ВСЕ пожелали принять гражданство еще во время противостояния советам, путча и т.п. Почему в Эстонии не желавших оказалось так много? На что они надеялись?

"На что они надеялись?"
Теперь уже, наверное, и не вспомнят... На что-то.:)

Мы с мужем получили зелёные карточки сразу, как они появились. Нам это посоветовали в отделе кадров транспортного предприятия, где он работал. Коллектив был эстонский, спортивный и дружный.
Зато мои бывшие коллеги из русской гимназии восприняли мои слова как подрывную работу, и дружно ходили на просоветские митинги Интердвижения. После это не помешало им бороться за получение эстонского гражданства и обвинять меня в том, что не достаточно разъяснила преимущество карточек в своё время. :)
Кстати, проблемы с льготой могли быть только в том случае, если зарегистрировавшийся не пришёл потом на голосование в Конгресс (символическое правительство), где на зелёную карточку ставилась печать об этом.