Потом мне вежливо в суппорте объяснили, что биллинг по роумингу запаздывает и по приезду к месту назначения (хоум-нет абонента) тут же биллинговой системой списывается со счета.

Небольшая поправка - запаздывает не биллинг, а выгрузка и оценка TAP-файлов, содержащих записи о разговорах, ибо гуляют эти файлы до домашнего оператора очень долго.

Мало того, что иногда денег может просто не оказаться и остатки списываются со следующего пополнения аккаунта

Все гораздо проще - баланс лицевого счета может быть как положительным, так и отрицательным. Prepaid с его real-time оценкой и строгонеотрицательностью баланса на роуминговые разговоры не распространяется, так как для них невозможно обеспечить прогнозирование.