а почему тогда при Петре 2-м непосредственные убийцы не понесли никакого наказания, не была эта история сделана достоянием гласности?

Они в любом случае не могли понести серьезного наказания. Был приговор Сената, конфирмованный Государем. Первую половину правления Петра II был всевластен Меншиков, причастный к смерти Алексея не менее Толстого. Он упек Толстого в ссылку, а Петя вообще мало интересовался политикой и не имел еще серьезного влияния. Долгорукие не в счет, они весь период своего фаворитства убили на глупые дрязги. К тому же, Василий Лукич тоже был прямо причастен к "делу Алексея". В общем, сошлись на версии "высшушав отцовские приговор, захворал горячкою и умер, не успев выслушать помилования".