По моему, есть два способа разделения на "своих" и "чужих" 1) по национальности (что в крайней форме и приводит к нацизму) 2) по совокупности культурных, политических и т.д. качеств, а точнее, по лояльности к обществу, в которой проводящий разделение хочет жить.

Тоесть упрощенно, если "свои" - это люди той же националььности, то против своих воевать, получается, действительно, странно.
Если же человек - настоящий патриот, стремящийся уничтожить нацистский режим, то он убивает (вооруженного, как правило) сторонника враждебного режима, а то, что он оказывается немцем - лишь повод для стыда и сожаления антифашиста, вероятно. То, что мундир может носить разведчик, например - создает проблемы, но в остальном - отряды вооруженных людей в мундирах и есть атрибут режима.

Разумеется, картинка упрощенная, не все черно-белое, полностью абстрагироваться от нац. принадлежности, думаю, врд ли кто сможет (язык, хотя бы, да и союзники вряд ли полностью доверяли всем немцам), но человек вынужден был определиться, что для него важнее, национальность или убеждения. После того, как выбор сделан, ситуация мало отличается от борьбы с преступниками, например, они ведь тоже, как правило, той же национальности что и сотрудники правоохранительных органов.