А есть система, как кого называть? Президент - превосходительство, а, например, министр какой-нибудь?

Нет системы.
"Господин президент" - в современном мире общепринятое обращение.
Если же учитывать, что президент РФ является главнокомандуюшим, то следовало бы все же титуловать его "высокопревосходительством".

Официально употребляется "ваше превосходительство господин президент", впрочем.